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- PDB-8b04: STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC ELASTASE BOUND TO A FRAGMENT OF A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8b04 | ||||||
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Title | STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC ELASTASE BOUND TO A FRAGMENT OF AN ISOXAZOLONE INHIBITOR | ||||||
![]() | Chymotrypsin-like elastase family member 1 | ||||||
![]() | LYASE / CHYMOTRYPSIN FAMILY / SERINE PROTEASE | ||||||
Function / homology | ![]() pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferraroni, M. / Giovannoni, P. / Masini, V. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: X-ray structural study of human neutrophil elastase inhibition with a series of azaindoles, azaindazoles and isoxazolones Authors: Gerace, A. / Masini, V. / Crocetti, L. / Giovannoni, M.P. / Ferraroni, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 65.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 44.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 708.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 708.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8b1yC ![]() 8b49C ![]() 8b53C ![]() 3hgpS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 28845.398 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() | ||||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-OU0 / | #4: Chemical | ChemComp-CA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.88 Å3/Da / Density % sol: 34.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.1 / Details: sodium sulphate, sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9717 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→30 Å / Num. obs: 30354 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 12.307 % / Biso Wilson estimate: 29.181 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.868 / Net I/σ(I): 16.12 / Num. measured all: 373577 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3HGP Resolution: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.572 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.0852 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.079 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.93 Å2 / Biso mean: 24.306 Å2 / Biso min: 13.04 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Rfactor Rfree error: 0
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