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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b1y | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC ELASTASE BOUND TO A FRAGMENT OF A 5-AZAINDAZOLE INHIBITOR | ||||||
要素 | Chymotrypsin-like elastase family member 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CHYMOTRYPSIN FAMILY (キモトリプシン) / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.12 Å | ||||||
データ登録者 | Ferraroni, M. / Giovannoni, P. / Gerace, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Struct. / 年: 2023 タイトル: X-ray structural study of human neutrophil elastase inhibition with a series of azaindoles, azaindazoles and isoxazolones 著者: Gerace, A. / Masini, V. / Crocetti, L. / Giovannoni, M.P. / Ferraroni, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b1y.cif.gz | 125.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b1y.ent.gz | 93.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/8b1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/8b1y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 28845.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase |
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-非ポリマー , 5種, 357分子
#2: 化合物 | ChemComp-OTO / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-CA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.99 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: SODIUM SULFATE, SODIUM ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.12→30 Å / Num. obs: 83858 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.816 % / Biso Wilson estimate: 14.089 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 17.84 / Num. measured all: 907029 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3HGP 解像度: 1.12→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.792 / SU ML: 0.017 / SU R Cruickshank DPI: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.44 Å2 / Biso mean: 12.634 Å2 / Biso min: 4.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.12→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.12→1.147 Å / Rfactor Rfree error: 0
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