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- PDB-8b1r: RecBCD in complex with the phage protein gp5.9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b1r
タイトルRecBCD in complex with the phage protein gp5.9
要素
  • Probable RecBCD inhibitor gp5.9
  • RecBCD enzyme subunit RecB
  • RecBCD enzyme subunit RecC
  • RecBCD enzyme subunit RecD
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Homologous recombination / DNA repair / phage / Helicase / Nuclease / Inhibitor / Protein complex / Enzyme / DNA mimic
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / DNA helicase activity / isomerase activity ...exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / DNA helicase activity / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / response to radiation / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RecBCD complex, subunit RecD, N-terminal domain / RecBCD enzyme subunit RecB / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecC / RecC, C-terminal / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain / : / Exodeoxyribonuclease V, gamma subunit / RecC C-terminal domain / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain ...RecBCD complex, subunit RecD, N-terminal domain / RecBCD enzyme subunit RecB / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecC / RecC, C-terminal / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain / : / Exodeoxyribonuclease V, gamma subunit / RecC C-terminal domain / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / AAA domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Restriction endonuclease type II-like / : / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RecBCD enzyme subunit RecB / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecC / Probable RecBCD inhibitor gp5.9
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia phage T7 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wilkinson, M. / Wilkinson, O.J. / Feyerherm, C. / Fletcher, E.E. / Wigley, D.B. / Dillingham, M.S.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust100401/Z/12/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007261/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structures of RecBCD in complex with phage-encoded inhibitor proteins reveal distinctive strategies for evasion of a bacterial immunity hub.
著者: Martin Wilkinson / Oliver J Wilkinson / Connie Feyerherm / Emma E Fletcher / Dale B Wigley / Mark S Dillingham /
要旨: Following infection of bacterial cells, bacteriophage modulate double-stranded DNA break repair pathways to protect themselves from host immunity systems and prioritise their own recombinases. Here, ...Following infection of bacterial cells, bacteriophage modulate double-stranded DNA break repair pathways to protect themselves from host immunity systems and prioritise their own recombinases. Here, we present biochemical and structural analysis of two phage proteins, gp5.9 and Abc2, which target the DNA break resection complex RecBCD. These exemplify two contrasting mechanisms for control of DNA break repair in which the RecBCD complex is either inhibited or co-opted for the benefit of the invading phage. Gp5.9 completely inhibits RecBCD by preventing it from binding to DNA. The RecBCD-gp5.9 structure shows that gp5.9 acts by substrate mimicry, binding predominantly to the RecB arm domain and competing sterically for the DNA binding site. Gp5.9 adopts a parallel coiled-coil architecture that is unprecedented for a natural DNA mimic protein. In contrast, binding of Abc2 does not substantially affect the biochemical activities of isolated RecBCD. The RecBCD-Abc2 structure shows that Abc2 binds to the Chi-recognition domains of the RecC subunit in a position that might enable it to mediate the loading of phage recombinases onto its single-stranded DNA products.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RecBCD enzyme subunit RecB
C: RecBCD enzyme subunit RecC
D: RecBCD enzyme subunit RecD
P: Probable RecBCD inhibitor gp5.9
Q: Probable RecBCD inhibitor gp5.9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,1996
ポリマ－342,1745
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RecBCD enzyme subunit RecB / Exonuclease V subunit RecB / ExoV subunit RecB / Helicase/nuclease RecBCD subunit RecB


分子量: 134110.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: recB, BHS81_16925, BJI68_00835, BON89_01565, BON93_20715, BvCmsHHP056_02020, C5N07_06355, C5Y87_19730, C9114_10810, DAH36_05180, DAH37_01130, E2134_07940, E5M02_13555, E5P30_22870, E5P31_ ...遺伝子: recB, BHS81_16925, BJI68_00835, BON89_01565, BON93_20715, BvCmsHHP056_02020, C5N07_06355, C5Y87_19730, C9114_10810, DAH36_05180, DAH37_01130, E2134_07940, E5M02_13555, E5P30_22870, E5P31_10440, E5P32_13260, E5P36_03520, E5P40_11525, E5P51_08340, E5S39_06465, E5S44_07560, EI021_14360, ELX85_18530, EYV17_10125, EYV18_15060, F0L67_06605, F2N31_08115, F9V24_07045, FOI11_01100, FOI11_022080, GF699_18635, GKF89_09600, GRW05_08565, HMV95_04145, HX136_04845, IH772_15520, JNP96_21695, NCTC13216_00866, NCTC9117_01550, NCTC9706_03254, RG28_07470
プラスミド: pETduet / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024LB08, exodeoxyribonuclease V
#2: タンパク質 RecBCD enzyme subunit RecC / Exodeoxyribonuclease V 125 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V gamma chain / Exonuclease V ...Exodeoxyribonuclease V 125 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V gamma chain / Exonuclease V subunit RecC / ExoV subunit RecC


分子量: 128974.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recC, b2822, JW2790 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P07648, exodeoxyribonuclease V
#3: タンパク質 RecBCD enzyme subunit RecD / Exodeoxyribonuclease V 67 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V alpha chain / Exonuclease V ...Exodeoxyribonuclease V 67 kDa polypeptide / Exodeoxyribonuclease V alpha chain / Exonuclease V subunit RecD / ExoV subunit RecD / Helicase/nuclease RecBCD subunit RecD


分子量: 66990.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: recD, hopE, b2819, JW2787 / プラスミド: pCDFduet / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P04993, exodeoxyribonuclease V
#4: タンパク質 Probable RecBCD inhibitor gp5.9 / Gene product 5.9 / Gp5.9


分子量: 6049.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T7 (ファージ) / 遺伝子: 5.9 / プラスミド: pACEBAC1 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P20406
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of gp5.9 bound to RecBCDCOMPLEXt7 gp5.9 purified separately and then mixed with RecBCD complex#1-#40MULTIPLE SOURCES
2RecBCD enzyme subunit RecB, RecC and RecDCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3Probable RecBCD inhibitor gp5.9COMPLEX#41RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia phage T7 (ファージ)10760
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli BL21 (大腸菌)511693
33Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris-HCl1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
30.5 mMTCEP1
45 mMMagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: RecBCD mixed with T7 gp5.9 protein prior to making grids
試料支持詳細: Mixture of graphene oxide with 0.3 mM DDM detergent applied directly to grids twice before application of sample
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 詳細: 1.5s blot time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5064

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9cryoSPARC2初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13REFMACモデル精密化Refmac jelly-body refinement
14PHENIX1.17モデル精密化real-space refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1458124
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141458 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 89.5 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 5MBV

5mbv


Accession code: 5MBV / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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