PDB-8ay9: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ay9

タイトル

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, V168A)-ABA-HAB1 TERNARY COMPLEX

要素

Abscisic acid receptor PYL1
Protein phosphatase 2C 16

キーワード

PLANT PROTEIN / CsPYL1_5M / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / signaling receptor activity / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrus sinensis (オレンジ)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.281 Å

データ登録者

Infantes, L. / Albert, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought.
著者: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...

履歴

登録	2022年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity / struct / Item: _entity.pdbx_description / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ay9.cif.gz	257.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ay9.ent.gz	171.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ay9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ay9_validation.pdf.gz	730.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ay9_full_validation.pdf.gz	738.5 KB	表示
XML形式データ	8ay9_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	8ay9_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zucC 8ay3C 8ay6C 8ay7C 8ay8C 8ayaC 5mn0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYL1

B: Protein phosphatase 2C 16

ヘテロ分子

61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.763, 62.923, 187.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYL1 分子量: 23269.889 Da / 分子数: 1 / 変異: V112L, T135L, F137I, T153I, V168A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666
#2: タンパク質	Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1 分子量: 36971.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

#1: タンパク質

Abscisic acid receptor PYL1

分子量: 23269.889 Da / 分子数: 1 / 変異: V112L, T135L, F137I, T153I, V168A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666

#2: タンパク質

Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1

分子量: 36971.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 56分子

#3: 化合物	ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸分子量: 264.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 / 詳細: 30%PEG3350 0.5M CaCl2 Drop 1:1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.281→44.28 Å / Num. obs: 23704 / % possible obs: 95.71 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 45.07 Å² / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1574 / R_rim(I) all: 0.1676 / Net I/σ(I): 7.38
反射シェル	解像度: 2.281→2.362 Å / 冗長度: 1.49 % / R_merge(I) obs: 0.7724 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 1983 / CC_1/2: 0.913 / CC star: 0.977 / R_rim(I) all: 0.8197 / % possible all: 83.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	2018	データ削減
XDS	2018	データスケーリング
PHENIX	1.19.2-4158	位相決定
PHENIX	1.19.2-4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5mn0

5mn0

解像度: 2.281→44.28 Å / SU ML: 0.3033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.44 / 位相誤差: 34.1071
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2596	2077	5.12 %
R_work	0.2025	38528	-
obs	0.2055	23704	91.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.281→44.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3877	0	35	44	3956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	3972
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9458	5377
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0546	606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.529	1467

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.281-2.33	0.3713	104	0.3069	2007	X-RAY DIFFRACTION	71.13
2.33-2.39	0.4507	133	0.2793	2488	X-RAY DIFFRACTION	87.75
2.39-2.46	0.2973	151	0.2879	2574	X-RAY DIFFRACTION	91.91
2.46-2.53	0.395	134	0.2718	2586	X-RAY DIFFRACTION	90.1
2.53-2.61	0.4126	135	0.268	2549	X-RAY DIFFRACTION	92.08
2.61-2.7	0.3083	146	0.254	2520	X-RAY DIFFRACTION	89.52
2.7-2.81	0.2872	137	0.2473	2503	X-RAY DIFFRACTION	89.52
2.81-2.94	0.3003	129	0.2422	2635	X-RAY DIFFRACTION	93.38
2.94-3.09	0.3562	149	0.2424	2651	X-RAY DIFFRACTION	94.34
3.09-3.29	0.3825	120	0.2415	2724	X-RAY DIFFRACTION	95.53
3.29-3.54	0.2457	147	0.2041	2698	X-RAY DIFFRACTION	95.82
3.54-3.9	0.2509	155	0.1903	2639	X-RAY DIFFRACTION	94.42
3.9-4.46	0.176	142	0.158	2670	X-RAY DIFFRACTION	95.13
4.46-5.62	0.2148	126	0.1601	2609	X-RAY DIFFRACTION	92.81
5.62-44.28	0.2144	169	0.1783	2675	X-RAY DIFFRACTION	95.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.134573334286	-0.597275866338	-0.0834490564822	2.43440717289	-0.0131431639552	0.550377095809	-0.324231050477	-0.308708487692	0.0240032713521	0.731532099458	0.426133492959	-0.0994430385349	0.350002784796	0.105128128093	0.0175798920221	1.03190396184	0.0377606276055	-0.101663134966	0.880860180999	0.0679003700961	0.627072746817	8.40239014381	7.81127264913	55.3763202495
2	0.828357649535	0.696924051679	0.375152324805	1.9719738329	-1.29143665329	1.65368027797	0.0293365865441	-0.0543065115865	-0.0193731345244	0.452260180823	-0.161425867105	-0.579310714269	0.2358047229	0.548726566616	0.125809663257	0.690002054362	0.000158127431052	-0.129496198903	0.594489577893	0.100765330084	0.523203830691	9.44335741366	4.82118812857	45.1523108485
3	1.56142508164	0.417876433827	-1.0443946078	1.05937055133	-0.64517607228	2.01190196263	0.119840580924	-0.266240272944	-0.00370217779844	0.209463064203	-0.0658672335161	0.194531398559	0.572853092839	-0.17978311494	-0.0211798579895	0.74129760346	-0.0775020970514	0.0349205185194	0.597115146767	0.00672379190571	0.514148763507	-7.57078127937	2.5996866909	38.1363438979
4	2.7820966048	0.981143833077	-0.140061555832	1.66381075333	0.646192645631	2.68904713498	0.127970965789	-0.0896497304574	0.0263704582029	0.651334531853	-0.135406398038	0.102120454091	0.476875912137	0.104404222403	-0.0113037227255	0.77642207795	-0.0500116115765	-0.0169903623143	0.506887030125	0.0778999740783	0.436744198561	0.950552982884	4.37960528379	42.8953424186
5	4.50446588754	-1.23898309233	-1.64645940697	1.94742009055	0.838487406406	4.31617537189	0.104990930628	0.164210851857	-0.485556362309	0.12142645116	-0.115794987325	0.253111523535	-0.274724148945	-0.0731721953518	0.020499693966	0.612598890058	-0.0428649383153	-0.0933044084811	0.353802773135	0.115366484953	0.446326600889	6.56911704843	7.49236313269	41.9236228277
6	5.73578102739	-0.249051666935	-2.80228369007	3.93974352578	0.222003101609	4.23587281046	0.207955680044	0.315362686452	0.838703915449	0.424494088516	0.0691822516846	-0.0878042353348	0.0888467478883	0.188124440667	-0.231280971028	0.532098901729	-0.0582739474737	-0.0147326219342	0.475365783358	0.00793031902263	0.420811177515	2.27648825093	13.7949266417	39.4454912709
7	0.921265022495	0.614321049298	-1.3771037276	1.76173870182	0.11869721138	1.98031785041	0.100358853914	-0.115752809471	0.2670415142	0.150527956174	-0.132646696211	-0.098881025263	-0.205093808178	0.0113914334334	0.0492280074694	0.264790694615	-0.0128632152677	-0.0374647920409	0.423778818358	-0.0214197573635	0.453705808339	-6.65382455393	27.8367727956	5.81309348707
8	3.29735315084	-0.0729654488034	0.217642569165	1.57919733172	0.668933581801	1.57799978032	0.0352297959601	0.260897043822	0.925161102445	-0.0316088661626	0.00458443520956	0.111516935001	-0.815347051699	0.255165092021	0.0587523175133	0.574915438087	-0.0783769092293	0.0174690336095	0.556364687489	0.00996560413967	0.61957058314	-3.37908160481	39.6705756182	5.27187359931
9	2.43393483767	-0.109697085295	0.760687765836	1.93622554698	-0.381623014323	1.97440157626	-0.104264130687	0.183336413843	0.247830365444	0.230919127321	0.322769952481	-0.227538664271	-0.471102196535	-0.226181553828	-0.220294640963	0.538343657678	-0.0504191027926	0.0485881899852	0.501276694956	-0.0580796857429	0.490026631645	-5.09384303551	37.9108276794	17.1262193611
10	2.34402530075	-1.1913947959	-0.230951568709	5.12347099153	0.348527529167	2.46231276776	-0.474251350951	-0.167494914612	0.132549900459	0.671109867073	0.0479556400655	1.76965769478	-0.21572598221	-0.221879779285	0.321051540677	0.710124253254	0.175918864845	0.00178382115238	1.12453381305	0.0110622936315	0.971426800243	-16.0388206269	32.487059278	27.9707542204
11	0.627246207909	-0.403049216568	0.108299380914	0.449569009238	-0.0439355565606	1.30735558119	0.0361601921452	-0.0319716560288	0.0988462985637	0.10264777494	-0.0300017095271	-0.0958146296606	-0.153568783842	0.21857957708	-0.00157059873423	0.38275799248	-0.0739515472339	0.00266126085634	0.432562981969	-0.00187007740045	0.409976193804	6.71372911776	25.7339915736	10.6821412076
12	1.51501217855	0.562646601758	-0.838831754435	1.94252431293	0.730171086478	1.69600210946	0.0494717683838	0.276036089748	0.149789301593	-0.297753520623	0.0513551667844	0.188806375984	-0.0372711512616	-0.149886642633	-0.0472386478385	0.287853615526	-0.032379852425	-0.00825321262145	0.455092281744	0.0364389855537	0.396652630224	-2.98794655792	21.8170797957	-4.26807634763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 133 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 134 through 162 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 163 through 181 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 182 through 207 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 186 through 219 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 220 through 248 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 249 through 302 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 303 through 322 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 323 through 458 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 459 through 505 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 56分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 56分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 56分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)