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- PDB-8ay7: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ay7 | ||||||
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Title | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, V168A)-iSB7-HAB1 TERNARY COMPLEX | ||||||
![]() |
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![]() | PLANT PROTEIN / CsPYL1_5M / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / protein phosphatase inhibitor activity / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity ...abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / protein phosphatase inhibitor activity / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Infantes, L. / Albert, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought. Authors: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...Authors: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. / Monteiro, A. / Rodriguez, R. / Cruces, J. / Rodriguez, P.L. / Albert, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 871.1 KB | Display | |
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Data in CIF | ![]() | 28.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zucC ![]() 8ay3C ![]() 8ay6C ![]() 8ay8C ![]() 8ay9C ![]() 8ayaC ![]() 5mn0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23269.889 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 37029.473 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase |
-Non-polymers , 5 types, 92 molecules 








#3: Chemical | ChemComp-S5N / | ||||||
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#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-MN / #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / Details: 30% PEG3350 0.5M CaCl2 Drop 1:1 / PH range: 6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.131→44.21 Å / Num. obs: 28817 / % possible obs: 98.91 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 46.85 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1141 / Rrim(I) all: 0.1255 / Net I/σ(I): 7.37 |
Reflection shell | Resolution: 2.131→2.207 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.306 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 2638 / CC1/2: 0.695 / CC star: 0.906 / Rrim(I) all: 1.443 / % possible all: 92.98 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5mn0 Resolution: 2.131→44.21 Å / SU ML: 0.2965 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.63 / Phase error: 29.0721 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.131→44.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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