+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8aya | ||||||
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Title | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1-A10-HAB1 TERNARY COMPLEX | ||||||
Components |
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Keywords | PLANT PROTEIN / CsPYL1 / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Citrus sinensis (sweet orange) Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.742 Å | ||||||
Authors | Infantes, L. / Albert, A. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2023 Title: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought. Authors: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...Authors: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. / Monteiro, A. / Rodriguez, R. / Cruces, J. / Rodriguez, P.L. / Albert, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8aya.cif.gz | 258.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8aya.ent.gz | 170.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8aya.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8aya_validation.pdf.gz | 822.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8aya_full_validation.pdf.gz | 829.9 KB | Display | |
Data in XML | 8aya_validation.xml.gz | 22.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8aya_validation.cif.gz | 32.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8aya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8aya | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6zucC 8ay3C 8ay6C 8ay7C 8ay8C 8ay9C 5mn0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23250.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Citrus sinensis (sweet orange) / Gene: CISIN_1g046151mg / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A067E666 |
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#2: Protein | Mass: 36987.391 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase |
-Non-polymers , 5 types, 280 molecules
#3: Chemical | ChemComp-A1O / | ||||
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#4: Chemical | ChemComp-GOL / | ||||
#5: Chemical | ChemComp-MN / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / Details: PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 31, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.742→42.23 Å / Num. obs: 53459 / % possible obs: 99.61 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 29.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rrim(I) all: 0.03818 / Net I/σ(I): 11.69 |
Reflection shell | Resolution: 1.742→1.804 Å / Rmerge(I) obs: 0.8206 / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 5108 / CC1/2: 0.541 / Rrim(I) all: 1.16 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 5mn0 Resolution: 1.742→42.23 Å / SU ML: 0.234 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / Phase error: 24.054 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.742→42.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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