PDB-8ay3: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1-iSB9-HAB1 TERNARY COMPLEX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ay3

タイトル

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1-iSB9-HAB1 TERNARY COMPLEX

要素

CsPYL1
Protein phosphatase 2C 16

キーワード

PLANT PROTEIN / CsPYL1 / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / protein phosphatase inhibitor activity / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrus sinensis (オレンジ)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Infantes, L. / Albert, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought.
著者: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...

履歴

登録	2022年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ay3.cif.gz	258.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ay3.ent.gz	170.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ay3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zucC 8ay6C 8ay7C 8ay8C 8ay9C 8ayaC 5mn0S 7avw C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CsPYL1

B: Protein phosphatase 2C 16

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.702, 62.250, 187.014
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	CsPYL1 分子量: 23293.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666
#2: タンパク質	Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1 分子量: 36971.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

#1: タンパク質

CsPYL1

分子量: 23293.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666

#2: タンパク質

Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1

分子量: 36971.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 177分子

#3: 化合物	ChemComp-OE3 / ~{N}-[(1-ethyl-4-methyl-2-oxidanylidene-quinolin-6-yl)methyl]benzenesulfonamide 分子量: 356.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.05 Å / Num. obs: 39950 / % possible obs: 98.92 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 35.17 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09521 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 11.48
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / R_merge(I) obs: 2.313 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3884 / CC_1/2: 0.502 / CC star: 0.817 / R_rim(I) all: 2.525 / % possible all: 98.25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	2019	データ削減
XDS	2019	データスケーリング
PHENIX	1.19.2-4158	位相決定
PHENIX	1.19.2-4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5MN0

5mn0

解像度: 1.9→44.05 Å / SU ML: 0.2671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 29.4101
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2409	3663	4.9 %
R_work	0.1944	71146	-
obs	0.1967	39950	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3809	0	41	165	4015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	3911
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9294	5291
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0599	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	708
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.6378	1450

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3973	149	0.3996	2461	X-RAY DIFFRACTION	88.59
1.92-1.95	0.4143	155	0.3688	2720	X-RAY DIFFRACTION	97.76
1.95-1.98	0.3713	120	0.316	2768	X-RAY DIFFRACTION	98.63
1.98-2.01	0.3522	125	0.3037	2748	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.01-2.04	0.3412	147	0.2814	2804	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.04-2.07	0.4387	122	0.3013	2651	X-RAY DIFFRACTION	96.82
2.07-2.11	0.3504	141	0.2909	2726	X-RAY DIFFRACTION	97.62
2.11-2.14	0.3114	123	0.2497	2814	X-RAY DIFFRACTION	98.33
2.14-2.19	0.2857	129	0.254	2696	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.19-2.23	0.2708	170	0.2585	2793	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.23-2.28	0.3922	155	0.2976	2602	X-RAY DIFFRACTION	95.04
2.28-2.33	0.2835	147	0.2425	2735	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.33-2.39	0.2899	147	0.2237	2805	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.39-2.45	0.2869	142	0.2149	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.45-2.53	0.255	128	0.2128	2803	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.53-2.61	0.2557	134	0.2045	2726	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.61-2.7	0.2448	158	0.2061	2774	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.7-2.81	0.2753	138	0.2055	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.81-2.94	0.2521	132	0.1964	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.94-3.09	0.2537	142	0.1801	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.09-3.29	0.1843	152	0.1747	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.29-3.54	0.2375	121	0.1595	2745	X-RAY DIFFRACTION	98.49
3.54-3.89	0.169	140	0.1497	2744	X-RAY DIFFRACTION	97.73
3.9-4.46	0.2331	148	0.1503	2702	X-RAY DIFFRACTION	97.24
4.46-5.61	0.1836	151	0.1618	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.11
5.62-44.05	0.2179	147	0.1857	2760	X-RAY DIFFRACTION	98.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.00948934262	-0.763589470629	0.145385495706	2.50141091303	-0.176730629816	1.07938085692	0.0329591022063	-0.27814304712	-0.118427741562	0.675542821154	0.0183825211212	-0.306320312415	0.302915360739	0.283876889343	-0.0271682758164	0.68543937105	-0.0154279894495	-0.142904657852	0.416777911503	0.0568536910436	0.420934309445	8.6677483529	6.26188982942	51.4072572235
2	1.27417400356	0.144262416923	-0.708084789493	1.43923811663	-0.537064692054	2.41107308587	0.0528402213043	0.0114304894674	-0.0973143100366	0.184414158211	0.0881452500652	0.314534539601	0.547059198143	-0.211562225461	-0.129392973958	0.492451220116	-0.0366481313116	-0.0209433875304	0.312963303042	0.0182986286303	0.343312888881	-6.83668246591	1.86786145358	38.1878760377
3	2.10113019209	1.04151046111	0.35202225364	2.53795168069	-0.0136444844462	2.48715395567	0.195772092364	0.0532603307109	-0.0528861296077	0.589730657426	-0.164107347789	-0.207216373007	0.363484130985	0.0175448975604	-0.0249244920199	0.498355620634	0.00890966306722	-0.0689878105564	0.28408663521	0.0530271891279	0.324134872045	3.63370617891	6.55273986656	42.9734531369
4	6.01160374896	0.314117493655	-2.46099851672	2.3472327915	0.0873878405345	2.82195850169	0.253428930959	0.0834756920946	0.816555912032	0.202940174073	0.0884956647739	-0.198366442137	0.0274040586531	0.0908993637203	-0.356393977023	0.445322523066	0.0174506164277	-0.0224105009963	0.340541799497	-0.00533693010573	0.356017892539	1.94538122881	13.6466521918	39.4162020047
5	5.28640433696	-0.729607853962	-0.725897596216	5.80705401653	0.719872897644	5.8051384793	-0.024946931747	-0.20567697839	0.635701199689	0.0818895531177	0.0635139221865	0.00883983087565	-0.660444690675	0.371206723226	0.023582468373	0.329073101784	0.0529801305177	-0.0472718309123	0.322779075811	-0.0135688470714	0.368846639874	-7.08629491499	32.6998474321	-4.67625876925
6	1.70830584858	1.17130393073	-0.703005273069	3.76000927788	-3.75931336434	6.0722514642	0.0584262100208	0.0233970609883	0.0853081215469	-0.172714645378	0.204192189939	-0.173095779537	0.234072510216	0.210026751051	-0.0577867322537	0.17009429734	0.00931234154024	-0.0018509522634	0.260993404977	0.0174836210323	0.287131281518	-6.2867844233	18.0153560031	2.80941412417
7	4.57450612322	-0.247189276094	1.14245135498	4.74187506952	-1.94427661534	8.90768451342	-0.0348141456722	-0.284970171723	-0.460764099462	0.731297662378	0.287998930691	-0.384574767627	0.803037694592	0.216545560769	-0.0666546315201	0.394822743418	0.0205378868699	-0.0235894050228	0.287598160633	0.0437939077244	0.366098581612	-4.63873952052	7.75384020809	12.1100836068
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9	0.855559445833	1.80378423714	-0.338596913772	6.57132014661	2.08006269001	2.88826252631	-0.0306189337378	-0.148773446444	0.423870257223	0.218961262366	0.925194660315	0.0487827085886	-0.703041193255	0.269387739874	-0.6278031536	0.38011293935	0.0917017082705	0.0429226268293	0.509470705609	-0.0150990309394	0.490652410613	-10.2173328897	40.7234931243	4.42272605605
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22	4.95044908545	0.0844996832174	1.99121647295	1.79225744781	-0.135491997669	3.87062783791	-0.0239012229704	0.225715018876	-0.0443103407876	-0.203986979949	-0.0133634395106	-0.227950242099	0.297372979601	-0.00121354458002	-0.0331691903541	0.189448871637	0.00214435256263	0.0263820444041	0.229899670606	0.00629099118833	0.243844921382	3.51805145025	21.2438093728	-10.1653992301
23	0.436513823053	-0.854948824938	0.851412468973	1.73505783869	-1.79137654883	1.78314814028	0.774840742216	0.259569056395	0.222671905622	-1.40865462306	0.0438318926642	1.05871940123	-0.427963061634	-0.368787644283	-0.48725356602	0.611502398206	0.0284558242911	-0.0283620714201	0.37718055222	0.0649055588669	0.57807908753	-11.4523076115	29.7979661412	-11.3773307781
24	1.43377730223	-2.32575297538	1.23332504874	3.88324315036	-2.51304785792	1.94360994328	0.0432857139069	-0.171627714104	-0.263278266535	-0.229350296563	0.12337443343	0.393854782942	0.167377792955	-0.15476287934	-0.15192902255	0.235696950928	-0.0414981032232	-0.0038543436752	0.328976257954	-0.00154570553901	0.328779244186	-1.35564510454	15.1918893582	-3.60831692954
25	1.85864304614	0.246832374067	-0.941196041417	1.71146555555	0.477836150316	1.56494678443	-0.153513013754	0.0844967030754	0.0585676535239	-0.359099605174	0.140542279417	0.0181087568505	0.170389764661	-0.0705719484556	0.0248727713393	0.193827382736	-0.0134301038611	-0.00996851967839	0.277453276586	0.0118520470899	0.277098567613	0.420708663277	21.671818775	-0.600549659114

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 67 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 68 through 141 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 181 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 182 through 207 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 186 through 190 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 191 through 195 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 196 through 200 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 201 through 210 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 211 through 215 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 216 through 221 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 233 through 248 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 249 through 273 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 283 through 302 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 303 through 308 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 314 through 337 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 338 through 368 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 369 through 378 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 379 through 402 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 403 through 413 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 414 through 423 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 424 through 439 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 440 through 458 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 459 through 471 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 472 through 487 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 488 through 505 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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