PDB-8ay8: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ay8

タイトル

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, V168A)-iSB9-HAB1 TERNARY COMPLEX

要素

Abscisic acid receptor PYL1
Protein phosphatase 2C 16

キーワード

PLANT PROTEIN / CsPYL1_5M / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / signaling receptor activity / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrus sinensis (オレンジ)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Infantes, L. / Albert, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought.
著者: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...

履歴

登録	2022年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ay8.cif.gz	261.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ay8.ent.gz	172.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ay8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ay8_validation.pdf.gz	852.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ay8_full_validation.pdf.gz	858.6 KB	表示
XML形式データ	8ay8_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	8ay8_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zucC 8ay3C 8ay6C 8ay7C 8ay9C 8ayaC 5mn0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYL1

B: Protein phosphatase 2C 16

ヘテロ分子

61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.778, 62.699, 187.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYL1 分子量: 23269.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666
#2: タンパク質	Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1 分子量: 37031.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

#1: タンパク質

Abscisic acid receptor PYL1

分子量: 23269.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666

#2: タンパク質

Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1

分子量: 37031.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 6種, 252分子

#3: 化合物	ChemComp-VAL / VALINE / バリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂
#4: 化合物	ChemComp-OE3 / ~{N}-[(1-ethyl-4-methyl-2-oxidanylidene-quinolin-6-yl)methyl]benzenesulfonamide 分子量: 356.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 35% PEG3350 0.5M CaCl2 Drop 1:1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→46.83 Å / Num. obs: 91313 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 32.82 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07953 / Net I/σ(I): 12.87
反射シェル	解像度: 1.784→1.848 Å / R_merge(I) obs: 1.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 4445 / CC_1/2: 0.463

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
XDS	2019	データ削減
XDS	2019	データスケーリング
PHENIX	1.19.2-4158	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5mn0

5mn0

解像度: 1.78→46.83 Å / SU ML: 0.2896 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.5759
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2257	2456	5.06 %
R_work	0.1927	46108	-
obs	0.1943	48564	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→46.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3789	0	59	238	4086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	3905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8301	5278
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0564	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4977	1453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.82	0.4226	116	0.4663	2153	X-RAY DIFFRACTION	85.95
1.82-1.86	0.4244	146	0.4064	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.3781	143	0.3504	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.94	0.3424	133	0.3175	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.94-1.99	0.2776	139	0.2621	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.322	151	0.2126	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.04-2.1	0.2925	143	0.23	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.1-2.17	0.2736	126	0.2382	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.17-2.25	0.2299	122	0.2166	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.25-2.34	0.2419	149	0.1857	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.34-2.44	0.2286	157	0.1872	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.44-2.57	0.2179	141	0.1824	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.57-2.73	0.2235	117	0.1866	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.73-2.95	0.2271	129	0.1866	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.95-3.24	0.2236	134	0.1825	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.24-3.71	0.1758	126	0.1668	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.71-4.67	0.2024	128	0.1501	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.54
4.68-46.83	0.1959	156	0.1881	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.55434754645	-2.10569628409	-0.525016102816	5.02295977979	0.838386182524	1.75432644337	-0.122233041755	-0.196643380655	-0.0147327700264	0.479472655663	0.273361526796	-0.533960811142	0.14821332142	0.233556956696	-0.130704725042	0.50557157964	0.010500678059	-0.0601714664835	0.340912927181	0.0104893441966	0.357018947195	12.5613410538	6.14155006505	51.9071351715
2	1.9405640553	-1.47097885278	-0.32198681225	9.47424644632	2.65013162796	3.54947078811	-0.276594522698	-0.692245867663	0.0509528483151	1.12110271116	0.117597779018	0.222945675115	0.351902577503	0.138314007806	-0.0336647169018	0.555718501147	0.0132686937762	-0.0185995652457	0.529251852212	0.0742325812854	0.275300985848	5.21628341234	7.97369581529	58.4252535228
3	3.43994367719	0.0635990088596	-0.206091831236	3.04504439129	-0.673411393896	2.25513605595	0.0890806157776	0.0362522841182	0.0666759218755	0.349050108022	-0.10724275023	-0.158274907168	0.332150833154	0.0337498019903	-0.0091673236735	0.430297305345	-0.0337288886769	-0.0388994439973	0.269998861128	0.0181569554074	0.201110242476	1.80716127486	6.42869994854	46.8890756272
4	1.46005483679	0.396378728173	-0.934838104168	4.54791323604	-1.61358894564	3.54379856418	0.154990884659	0.143080263464	0.0161881040573	-0.379935589076	0.0627046231015	0.549290215899	0.332912210615	-0.492826792993	-0.116594093985	0.432032573054	-0.0232300678208	0.0146888693623	0.33130453356	0.027528338814	0.282364600569	-9.18338492499	6.1137365997	37.2476165917
5	1.15801537608	-0.657700942082	0.333838026627	3.86301056873	-2.89785499729	5.17116487062	0.121494028359	0.0508981858607	-0.233174630572	-0.0731721312387	0.180674044223	0.550301118558	0.772884815922	-0.506844504964	-0.312605342559	0.397931091973	-0.0563934191429	-0.051952483264	0.264028882492	0.0131161428479	0.302110959611	-7.3751721778	-0.176897904545	31.0413026837
6	1.52652508107	-0.0599401949996	-0.687683930768	1.52583587923	0.673056250656	3.07626483693	0.0707341692987	-0.247654658108	-0.212958431828	0.298269987129	0.045664673103	0.1614843958	0.802562474204	-0.0930053916927	-0.0301044827267	0.564848533642	-0.0767674547438	-0.0245676246159	0.293288387088	0.0364525805959	0.287834803396	-3.16151822678	-2.61404480716	42.1359601796
7	4.1297450141	0.430187111786	-0.074314152229	3.52209863619	0.348962526556	3.95890783203	-0.179945410485	0.42321948851	-0.458412402069	-0.356855300423	-0.0391671243809	-0.178163362142	0.291091859712	0.0291404372467	-0.0318986930336	0.37257998883	0.0236126087731	0.000631031345	0.322954741471	0.00254407411398	0.275561190143	6.91380942019	0.813921226895	30.0302507072
8	4.75377102914	1.06497120827	-1.22199965763	1.59009603598	-0.414841871772	2.99099213507	0.192994475434	-0.106762358653	0.163885050149	0.320179635661	-0.108992793402	-0.0214629597155	0.23736182768	-0.284132104078	-0.0608101136832	0.385758231141	0.0137145830835	-0.030643447849	0.257402460865	0.0361186632462	0.253470600133	2.60317087149	8.28051556648	47.1488545612
9	2.94478086244	-2.57753669115	-3.55049800213	4.99858629414	1.36651177204	5.82681186916	0.308505871525	-0.204136218669	0.510973943689	0.0528070238885	-0.0144892183758	-0.169390331907	0.0351749406905	0.328472952815	-0.256638557811	0.338251297284	-0.0235081212194	-0.0233652653859	0.291864891465	0.00390832586629	0.222027869449	1.86259705895	13.4634978639	39.6349160862
10	9.01027835841	1.99978316235	0.356826018068	2.00000590791	2.00008074202	1.99997964535	0.48587423886	0.437759475933	0.184897428873	-1.47100844803	-0.474512512943	-0.376850379859	0.284498408306	-0.625928850922	-0.0849219976738	0.721886432509	0.212967676857	0.156237347675	1.13765542085	0.405414794238	0.408707642156	-16.0902992713	18.2483321661	50.2546045589
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23	2.53978646836	1.05898073445	-2.76759819696	3.39805074601	-0.633892855172	3.39390037565	-0.0857077436459	0.191645146116	0.0733025026554	-0.193397007654	0.132020851187	0.124735544596	0.0575051576071	-0.254051358274	-0.0739339268335	0.110440991734	-0.0218029185097	-0.0509203004098	0.229821813259	-0.0070279728368	0.215370554482	0.219762265278	21.728569078	-0.591987763693

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 20 through 35 )	A	A	20 - 35	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 36 through 49 )	A	A	36 - 49	17 - 30
3	3	chain 'A' and (resid 50 through 78 )	A	A	50 - 78	31 - 59
4	4	chain 'A' and (resid 79 through 90 )	A	A	79 - 90	60 - 71
5	5	chain 'A' and (resid 91 through 119 )	A	A	91 - 119	72 - 100
6	6	chain 'A' and (resid 120 through 141 )	A	A	120 - 141	101 - 122
7	7	chain 'A' and (resid 142 through 149 )	A	A	142 - 149	123 - 130
8	8	chain 'A' and (resid 150 through 181 )	A	A	150 - 181	131 - 162
9	9	chain 'A' and (resid 182 through 207 )	A	A	182 - 207	163 - 188
10	10	chain 'A' and (resid 208 through 208 )	A	B	208	1
11	11	chain 'B' and (resid 186 through 203 )	B	D	186 - 203	1 - 18
12	12	chain 'B' and (resid 204 through 248 )	B	D	204 - 248	19 - 53
13	13	chain 'B' and (resid 249 through 272 )	B	D	249 - 272	54 - 77
14	14	chain 'B' and (resid 273 through 302 )	B	D	273 - 302	78 - 100
15	15	chain 'B' and (resid 303 through 337 )	B	D	303 - 337	101 - 130
16	16	chain 'B' and (resid 338 through 368 )	B	D	338 - 368	131 - 161
17	17	chain 'B' and (resid 369 through 387 )	B	D	369 - 387	162 - 180
18	18	chain 'B' and (resid 388 through 402 )	B	D	388 - 402	181 - 195
19	19	chain 'B' and (resid 403 through 423 )	B	D	403 - 423	196 - 216
20	20	chain 'B' and (resid 424 through 439 )	B	D	424 - 439	217 - 232
21	21	chain 'B' and (resid 440 through 458 )	B	D	440 - 458	233 - 251
22	22	chain 'B' and (resid 459 through 487 )	B	D	459 - 487	252 - 280
23	23	chain 'B' and (resid 488 through 505 )	B	D	488 - 505	281 - 298

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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