PDB-8ay6: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ay6

タイトル

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, V168A)-SB-HAB1 TERNARY COMPLEX

要素

Abscisic acid receptor PYL1
Protein phosphatase 2C 16

キーワード

PLANT PROTEIN / CsPYL1 / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrus sinensis (オレンジ)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Infantes, L. / Albert, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought.
著者: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...

履歴

登録	2022年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / struct_ref Item: _entity.pdbx_description / _struct.title / _struct_ref.pdbx_align_begin

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ay6.cif.gz	264.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ay6.ent.gz	174.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ay6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zucC 8ay3C 8ay7C 8ay8C 8ay9C 8ayaC 5mn0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYL1

B: Protein phosphatase 2C 16

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.987, 62.909, 186.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYL1 分子量: 23269.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666
#2: タンパク質	Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1 分子量: 37029.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

#1: タンパク質

Abscisic acid receptor PYL1

分子量: 23269.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666

#2: タンパク質

Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1

分子量: 37029.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 277分子

#3: 化合物	ChemComp-QPZ / 1,4-dimethyl-2-oxidanylidene-~{N}-(phenylmethyl)quinoline-6-sulfonamide 分子量: 342.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG3350 0.5M CaCl2 Drop 1:1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→44.23 Å / Num. obs: 44864 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.57 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05283 / R_rim(I) all: 0.05783 / Net I/σ(I): 18.89
反射シェル	解像度: 1.84→1.906 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.6554 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 4420 / CC_1/2: 0.895 / CC star: 0.972 / R_rim(I) all: 0.7165 / % possible all: 99.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	2018	データ削減
XDS	2018	データスケーリング
PHENIX	1.19.2-4158	位相決定
PHENIX	1.19.2-4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5mn0

5mn0

解像度: 1.84→44.23 Å / SU ML: 0.1757 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 20.2248
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	4342	5.14 %
R_work	0.1684	80214	-
obs	0.17	44864	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→44.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3915	0	38	267	4220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	4017
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8029	5436
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0552	610
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.673	1474

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.86	0.3304	137	0.304	2345	X-RAY DIFFRACTION	86.33
1.86-1.88	0.2868	147	0.2608	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.9	0.274	134	0.2353	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.9-1.93	0.2441	171	0.2318	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.93-1.95	0.2811	107	0.2205	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.95-1.98	0.2396	147	0.2074	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.01	0.2299	139	0.1952	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.01-2.04	0.216	175	0.1867	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.04-2.07	0.2032	136	0.1842	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.07-2.1	0.2422	127	0.1824	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.1-2.14	0.1902	154	0.1729	2665	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.14-2.18	0.1863	138	0.1805	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.18-2.22	0.2429	152	0.1669	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.22-2.27	0.2178	157	0.1675	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.27-2.31	0.2335	132	0.165	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.31-2.37	0.1729	142	0.1631	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.37-2.43	0.2324	157	0.1595	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.43-2.49	0.1597	129	0.1678	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.49-2.57	0.243	142	0.1705	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.57-2.65	0.2054	171	0.1744	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.65-2.74	0.2213	178	0.1777	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.74-2.85	0.259	135	0.1675	2714	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.85-2.98	0.1832	135	0.1617	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.98-3.14	0.1758	139	0.1538	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.14-3.34	0.1855	142	0.1579	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.34-3.6	0.1735	131	0.1503	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.6-3.96	0.1658	136	0.1545	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.96-4.53	0.1576	139	0.1429	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.54
4.53-5.7	0.2008	143	0.1661	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.71-44.23	0.2143	170	0.1838	2650	X-RAY DIFFRACTION	98.95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9392174343	-1.72254224793	-0.0874124561695	5.52906752512	0.781027105324	2.60764075586	-0.0804849601233	-0.692301206191	-0.129705396308	0.355996459494	0.215703846476	-0.0063138001428	-0.0859443744214	-0.0505469243829	-0.107888916951	0.412695546663	0.0192924597842	-0.0594372236253	0.346546038648	0.0661779915411	0.237401916763	8.59582702442	7.88081004436	55.1554114151
2	2.88101144096	-0.125939287602	-0.172030013022	2.42788311031	-0.57288773927	2.31771143301	-0.0207957968585	0.0707997073019	-0.0925898953426	0.301469890239	-0.236244640674	-0.451921226552	0.370425255874	0.269179374064	0.224900051247	0.325536775023	-0.00356976427127	-0.033783352627	0.239797214993	0.0551459243948	0.233032331784	9.09526675447	4.69817070922	44.9296095614
3	1.67148379602	-0.215067955724	-0.663294718751	1.21876586354	0.0963340436956	2.76837465858	0.0602486944993	-0.121392504871	-0.210115626551	0.229162320938	-0.00197106066896	0.218128032213	0.436413424321	-0.269436923833	-0.10056177079	0.36854485041	-0.0699588988907	-0.00746559789233	0.275294590018	0.045928745128	0.282706151666	-7.15622175999	2.22363133664	38.4325864137
4	3.41324762817	0.853357704988	-0.295233790495	1.50687346089	-0.706813845083	2.97299704592	0.124210668814	0.110853336837	0.0210880488808	0.169818665586	-0.110513258558	-0.011520496183	0.0595327123201	-0.254236050532	-0.0527144961292	0.335003929491	-0.00239120873231	-0.0192589631703	0.206452684753	0.0518867250354	0.239806322272	3.54784802135	6.7595362325	43.0690593621
5	9.96923746503	-0.959310758706	-3.87928692341	1.92481709338	0.152976549725	3.00180048048	0.275809115871	-0.28209996596	0.391293453111	-0.00487040116227	0.00327156281955	-0.0545695964361	-0.0228724535202	0.199513016268	-0.299531773544	0.309381432813	-0.00971182360658	0.00822906848687	0.255696446814	0.0250782979326	0.202539525065	1.76681296734	13.7215998307	39.4027152596
6	2.25359998862	-0.207825114395	-0.0151504226351	2.2770814623	-1.13914962001	2.91920640225	0.115351638151	0.0544996560244	0.522244632046	0.161117150151	-0.0462236715955	0.132475281097	-0.533070084201	-0.0402417113177	-0.0813733983518	0.174230918486	0.00664655736114	0.0415353667051	0.151621586114	-0.00278827860122	0.253079197478	-5.53428762781	33.0931798418	5.37429555641
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8	1.62330275066	2.82680734916	-1.51609009024	6.89278797534	-3.96374429876	2.76228922645	0.0805250301009	-0.125822157666	0.465812258927	0.193235130186	0.0475928679122	-0.216017295758	-0.627216043072	0.121972507989	-0.0374572195502	0.411226513846	-0.0452701851062	0.0491258197628	0.242798357823	-0.0782503606935	0.371001221071	-0.224715679262	40.7498885841	16.947290491
9	1.65732973065	-0.895250611252	0.804433262005	1.48462631193	-0.103493549496	1.57323647196	-0.090636286138	-0.539527926175	0.235372385986	0.123887094298	0.186308196666	0.340677489909	-0.0282894023018	-0.435597590254	-0.0954157897924	0.244701232578	-0.0232932772252	0.0322398963234	0.372084406983	-0.0522738209906	0.327616967297	-8.70762153887	30.4736963552	21.465621564
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15	2.32446237061	0.216760313287	-1.22953032576	3.40385556632	-0.463997427067	2.61415665602	0.0302352512727	0.170624981344	0.0369521162731	-0.263734055224	0.0739259382616	0.278332137413	0.0172644860749	-0.183071615399	-0.055037253799	0.120350078898	-0.0280701415401	-0.0275162201806	0.203712055137	-0.00131092178527	0.199229749418	0.135409108084	21.70946907	-0.617948877481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 141 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 207 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 186 through 248 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 249 through 271 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 272 through 301 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 302 through 337 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 338 through 368 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 369 through 387 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 388 through 439 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 440 through 458 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 459 through 487 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 488 through 505 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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