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Yorodumi- PDB-8axt: Sialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8axt | |||||||||
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Title | Sialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for rapid growth on colonic mucin and nutrient sharing amongst mucin-associated human gut microbiota | |||||||||
Components | Sialidase domain-containing protein | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Sialidase / Neuraminidase | |||||||||
Function / homology | BNR repeat-like domain / Sialidase / Sialidase superfamily / metal ion binding / Sialidase domain-containing protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Akkermansia muciniphila (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.59 Å | |||||||||
Authors | Sakanaka, H. / Nielsen, T.S. / Pichler, M.J. / Nordberg Karlsson, E. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P. | |||||||||
Funding support | Denmark, Iraq, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria. Authors: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / ...Authors: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / Karlsson, N.G. / Abou Hachem, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8axt.cif.gz | 813.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8axt.ent.gz | 556.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8axt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8axt_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8axt_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | |
Data in XML | 8axt_validation.xml.gz | 52.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8axt_validation.cif.gz | 82.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8axiC 8axsC 8ayrC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 65149.410 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Akkermansia muciniphila (bacteria) / Gene: Amuc_1547 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B2ULI1 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 / Details: 25% PEG 3350, 0.1 M Bis tris, 0.2 MgCl2 / PH range: 5 -6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 25, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.59→146.258 Å / Num. obs: 160846 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 15.12 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Rrim(I) all: 0.32 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.59→1.63 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 11798 / CC1/2: 0.32 / R split: 1 / Rpim(I) all: 1 / Rrim(I) all: 1 / Rsym value: 1 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: alpha fold model Resolution: 1.59→72.73 Å / SU ML: 0.1928 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.2374 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.59→72.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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