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- PDB-8ayr: Sialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ayr
タイトルSialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for rapid growth on colonic mucin and nutrient sharing amongst mucin-associated human gut microbiota
要素Coagulation factor 5/8 type domain protein
キーワードHYDROLASE / Sialidase / Neuraminidase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor 5/8 type domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sakanaka, H. / Nielsen, T.S. / Pichler, M.J. / Nordberg Karlsson, E. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, Iraq, 2件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research1026-00386B デンマーク
Other governmentIraq
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria.
著者: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / ...著者: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / Karlsson, N.G. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年3月15日Group: Advisory / Atomic model / カテゴリ: atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / Item: _atom_site.occupancy
改定 2.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年4月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.32024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor 5/8 type domain protein
B: Coagulation factor 5/8 type domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,5546
ポリマ－155,3942
非ポリマー1604
水36020
1
A: Coagulation factor 5/8 type domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7773
ポリマ－77,6971
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Coagulation factor 5/8 type domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7773
ポリマ－77,6971
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.190, 76.450, 84.500
Angle α, β, γ (deg.)88.410, 89.080, 88.230
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 30 through 128 or resid 130...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 30 through 128 or resid 130...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1CYSGLYA2 - 100
d_12ens_1GLYSERA102 - 109
d_13ens_1ALAGLYA111 - 220
d_14ens_1ALALEUA222 - 235
d_15ens_1ALASERA237 - 449
d_16ens_1ALAVALA451 - 465
d_17ens_1LEUALAA467 - 485
d_18ens_1VALTYRA488 - 506
d_19ens_1ASNTRPA508 - 543
d_110ens_1VALALAA545 - 627
d_111ens_1GLYILEA629 - 634
d_112ens_1ALALYSA636 - 659
d_113ens_1VALLYSA661 - 677
d_21ens_1CYSGLYB1 - 99
d_22ens_1GLYSERB101 - 108
d_23ens_1ALAGLYB110 - 219
d_24ens_1ALALEUB221 - 234
d_25ens_1ALASERB236 - 448
d_26ens_1ALAVALB450 - 464
d_27ens_1LEUALAB466 - 484
d_28ens_1VALTYRB487 - 505
d_29ens_1ASNTRPB507 - 542
d_210ens_1VALALAB544 - 626
d_211ens_1GLYILEB628 - 633
d_212ens_1ALALYSB635 - 658
d_213ens_1VALLYSB660 - 676

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.994644931747, -0.0699476186579, 0.0760841007926), (-0.0744662726535, -0.0254566162435, -0.996898557992), (0.0716675239311, -0.997225797567, 0.0201115558835) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.994644931747, -0.0699476186579, 0.0760841007926), (-0.0744662726535, -0.0254566162435, -0.996898557992), (0.0716675239311, -0.997225797567, 0.0201115558835)
ベクター: 10.6800079712, 38.0084737161, 30.6521295221)

-
要素

#1: タンパク質 Coagulation factor 5/8 type domain protein


分子量: 77696.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (バクテリア)
遺伝子: Amuc_0846 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2UQE4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.7 / 詳細: 0.1 M Hepes, 16% PEG10k, / PH範囲: 7.2 -7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→34.51 Å / Num. obs: 99265 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 59.93 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08178 / Rpim(I) all: 0.04795 / Rrim(I) all: 0.09486 / Net I/σ(I): 9.93
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.745 / Num. unique obs: 2720 / CC1/2: 0.843 / Rrim(I) all: 0.812 / % possible all: 71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alpha fold

解像度: 2.7→34.51 Å / SU ML: 0.4434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 38.0663
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 2450 5.19 %
Rwork0.2331 44730 -
obs0.2353 47180 90.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10602 0 4 20 10626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004610902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.861914843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05081556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.74411511
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.61691827221 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.750.44891090.44581901X-RAY DIFFRACTION68.55
2.75-2.810.45721220.39232362X-RAY DIFFRACTION85.01
2.81-2.870.45571110.3612508X-RAY DIFFRACTION91.16
2.87-2.940.3771560.3442536X-RAY DIFFRACTION92
2.94-3.010.43851520.33452461X-RAY DIFFRACTION91.24
3.01-3.090.40831450.32992483X-RAY DIFFRACTION91.22
3.09-3.180.40251530.33112540X-RAY DIFFRACTION91.66
3.18-3.290.3561760.30112444X-RAY DIFFRACTION91
3.29-3.40.35331710.2762471X-RAY DIFFRACTION90.76
3.4-3.540.31871440.26842521X-RAY DIFFRACTION92.06
3.54-3.70.27321000.24732612X-RAY DIFFRACTION93.87
3.7-3.90.28241290.22922544X-RAY DIFFRACTION92.36
3.9-4.140.23551150.20952563X-RAY DIFFRACTION92.5
4.14-4.460.22541420.19632525X-RAY DIFFRACTION91.68
4.46-4.910.20751440.17162482X-RAY DIFFRACTION90.96
4.91-5.610.21571430.18932595X-RAY DIFFRACTION93.99
5.61-7.060.19961010.20492631X-RAY DIFFRACTION93.98
7.06-34.510.19981370.17132551X-RAY DIFFRACTION92.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.105067062860.779076858570.7732010394231.144091750741.249314711362.84255776843-0.181064989876-0.06713630913890.149804084092-0.115724173361-0.1955490636860.215245453447-0.222649773184-0.507840649818-0.0001404745108840.734149857930.1161040951290.003294721858010.69381946887-0.02119329523560.772672303299-12.058291592934.9904584973-40.6449129974
20.2064725960390.139211393686-0.1742663144580.197528551367-0.2046780928580.218929955261-0.2947311336050.295624857378-0.57394977626-0.391686930340.350051256262-0.2540543049480.185461779291-0.3200976250540.000193133999160.914624399354-0.1348366224190.1694144998621.02888161084-0.2768855229361.31824942995-26.06182186990.559773127634-39.6352762289
30.8801220876430.7936895908550.2948428309771.083761995990.7802551582230.8121788379170.429068581764-0.740822807493-0.1899360931070.381473974311-0.44970674289-0.362710110325-0.4509176069430.2946927707770.0004218566731860.895293158677-0.1384056520890.006452165104170.8643504514470.05615368947671.27039387967-37.2078403524-6.15328819469-14.406314052
41.00514432834-0.152359400408-0.07318647478431.958969816290.911183006391.257719507080.044846786983-0.1581408311580.001960879134910.04497551090530.0497946814076-0.1729312199410.0285651596780.0312508746822-1.26946685151E-50.717220571031-0.07921757954557.8267542835E-50.7467551844230.08619302414340.5909728796330.546682759518-3.302149694122.18737959778
50.157375792590.040051191468-0.1773821224310.125631837233-0.06151035621370.2011976810820.3318893344770.6184130713390.0950021132385-0.5122245878650.017103761461-0.04744260821360.07587787915410.2100384245350.0006180126736771.13467010475-0.09675022815480.2788690559321.1793025830.02706044709010.98005603784912.7076209128-1.58378013435-33.8934489604
60.3223676206820.379053500547-0.1353620282190.492026517605-0.0531660610330.2643819980970.120125280222-0.05486021362290.6717825609810.07928202957190.412302582876-0.134538170892-0.2452478412050.09521872974020.0003779364688311.301692117870.03078041619710.3443779832311.66579351969-0.08960700009841.3859577892225.456926463921.1339850095-41.6601611636
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 29 through 484 )AA29 - 4841 - 456
22chain 'A' and (resid 485 through 536 )AA485 - 536457 - 508
33chain 'A' and (resid 537 through 705 )AA537 - 705509 - 677
44chain 'B' and (resid 30 through 484 )BB30 - 4841 - 455
55chain 'B' and (resid 485 through 536 )BB485 - 536456 - 507
66chain 'B' and (resid 537 through 705 )BB537 - 705508 - 676

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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