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- PDB-8axi: Sialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8axi
タイトルSialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for rapid growth on colonic mucin and nutrient sharing amongst mucin-associated human gut microbiota
要素Sialidase domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Sialidase / Neuraminidase
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / beta-D-galactopyranose / exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Sakanaka, H. / Nielsen, T.S. / Pichler, M.J. / Nordberg Karlsson, E. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, Iraq, 2件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research1026-00386B デンマーク
Other governmentIraq
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria.
著者: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / ...著者: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / Karlsson, N.G. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2022年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年10月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / struct_asym / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_label_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_label_asym_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Chirality error
詳細: it is a link between GAL and NGA so there should not be a problem
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.22024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase domain-containing protein
B: Sialidase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,73217
ポリマ－128,6412
非ポリマー2,09115
水27,6891537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.920, 51.510, 118.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sialidase domain-containing protein


分子量: 64320.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (バクテリア)
株: ATCC BAA-835 / DSM 22959 / JCM 33894 / BCRC 81048 / CCUG 64013 / CIP 107961 / Muc
遺伝子: Amuc_1547 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2ULI1

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-gulopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGulpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2212h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GulpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1546分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: MgCl2, BIS-TRIS pH 5.5, Polyethylene glycol 3350 / PH範囲: 5 - 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→51.51 Å / Num. obs: 323513 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 14.13 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 16.27
反射 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Num. unique obs: 17780 / CC1/2: 0.85 / Rrim(I) all: 0.713 / % possible all: 69.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold model

解像度: 1.25→50.21 Å / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.4046
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 16212 5.02 %
Rwork0.1608 306997 -
obs0.1616 323209 93.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→50.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9002 0 131 1537 10670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00719465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.050512859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09391382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01131677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.73981317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.260.2753870.24447201X-RAY DIFFRACTION66.18
1.26-1.280.28044090.24597791X-RAY DIFFRACTION71.96
1.28-1.290.26684300.25058819X-RAY DIFFRACTION80.57
1.29-1.310.27975350.254910036X-RAY DIFFRACTION92.44
1.31-1.330.26015350.242710190X-RAY DIFFRACTION93.25
1.33-1.350.27495540.235110171X-RAY DIFFRACTION93.3
1.35-1.370.23245540.219810152X-RAY DIFFRACTION93.64
1.37-1.390.24715590.215810188X-RAY DIFFRACTION93.92
1.39-1.410.21525190.200610309X-RAY DIFFRACTION94.16
1.41-1.430.21325330.19210361X-RAY DIFFRACTION94.42
1.43-1.460.21275060.188110223X-RAY DIFFRACTION94.3
1.46-1.480.21845750.181210297X-RAY DIFFRACTION94.6
1.48-1.510.18165640.166610378X-RAY DIFFRACTION94.88
1.51-1.540.19575770.171310280X-RAY DIFFRACTION95
1.54-1.570.18865620.167610402X-RAY DIFFRACTION95.11
1.57-1.610.18165580.155210421X-RAY DIFFRACTION95.55
1.61-1.650.18245290.154310446X-RAY DIFFRACTION95.77
1.65-1.70.16495550.153910454X-RAY DIFFRACTION96
1.7-1.750.16845620.152210559X-RAY DIFFRACTION96.24
1.75-1.80.16736130.153910435X-RAY DIFFRACTION96.35
1.8-1.870.18185860.156510577X-RAY DIFFRACTION96.67
1.87-1.940.17475360.158510607X-RAY DIFFRACTION96.77
1.94-2.030.1735800.1510600X-RAY DIFFRACTION96.95
2.03-2.140.15865870.146810661X-RAY DIFFRACTION97.34
2.14-2.270.16195040.151110777X-RAY DIFFRACTION97.54
2.27-2.450.17495780.158510778X-RAY DIFFRACTION97.96
2.45-2.690.1745840.16210806X-RAY DIFFRACTION98.07
2.69-3.080.17714990.162510900X-RAY DIFFRACTION98.29
3.08-3.880.16125760.151110933X-RAY DIFFRACTION98.45
3.88-50.210.15145660.14311245X-RAY DIFFRACTION98.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57609066410.01172010404210.4096359559190.7981404617480.1923130079740.904060006751-0.00251230451447-0.00529795766471-0.1513111659550.01886863632580.01135659931760.03637063857460.09049678990970.0153535685867-0.01097959117010.119768580350.01051590828950.01057016066790.09681003317490.003391091830780.14597142901932.6029958554-6.1979700764862.4154468294
21.4435703305-0.4454810881560.9867046895291.38982780446-0.9263469146212.60170889819-0.0758882698796-0.2028698244880.05349608403550.2267033527770.0106415671697-0.07510853344180.002038784392690.05432986137560.05408886452290.1624271365960.01444430054729.78185828804E-50.171234541753-0.01442032822890.13579943626640.7400966343.1973679308776.1470865389
31.829837363460.01882726225350.2028229490430.306987645327-0.02395688865320.268760162935-0.03511393117750.001254568071540.2590571654330.008813579178440.006054551262520.00719163389456-0.04797920243590.01900056712070.0298367625080.112403630439-0.007984032458150.001593939048430.09544755671440.01066361822650.17132940560631.251768223317.367439397456.7980621309
41.58588661918-0.08809143210880.08935819093720.449520673529-0.1232841378480.370193252341-0.0003628718026510.155259567221-0.069967693099-0.0495105556863-0.004731167689510.07132938297840.02296518148870.00185784795712-0.00344942545350.110535524596-0.00322687879279-0.006321467115890.109385153191-0.006762402608570.1375153128413.73873831794.1460310150249.2385330225
51.17241629137-0.0728943174858-0.1178272011930.6610481840920.1369319082451.28176578595-0.008178630089210.3013586835850.0781924514264-0.0756546415044-0.003451245289170.198341570088-0.0355107020932-0.1403649722330.01602041312310.1262484477010.00712203879698-0.04095638768320.1845867303950.03019337418240.207190688627-1.1539789628912.81327966842.1003237925
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 25 through 127 )AA25 - 1271 - 103
22chain 'A' and (resid 128 through 157 )AA128 - 157104 - 133
33chain 'A' and (resid 158 through 271 )AA158 - 271134 - 247
44chain 'A' and (resid 272 through 436 )AA272 - 436248 - 412
55chain 'A' and (resid 437 through 492 )AA437 - 492413 - 468
66chain 'A' and (resid 493 through 595 )AA493 - 595469 - 571
77chain 'B' and (resid 25 through 127 )BG25 - 1271 - 103
88chain 'B' and (resid 128 through 157 )BG128 - 157104 - 133
99chain 'B' and (resid 158 through 271 )BG158 - 271134 - 247
1010chain 'B' and (resid 272 through 436 )BG272 - 436248 - 412
1111chain 'B' and (resid 437 through 535 )BG437 - 535413 - 511
1212chain 'B' and (resid 536 through 596 )BG536 - 596512 - 572

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る