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- PDB-8axs: Sialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8axs
タイトルSialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for rapid growth on colonic mucin and nutrient sharing amongst mucin-associated human gut microbiota
要素(Exo-alpha-sialidase) x 2
キーワードHYDROLASE / Sialidase / Neuraminidase
機能・相同性BNR repeat-like domain / Sialidase / Sialidase superfamily / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / IMIDAZOLE / N-acetyl-beta-neuraminic acid / Exo-alpha-sialidase
機能・相同性情報
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Sakanaka, H. / Nielsen, T.S. / Pichler, M.J. / Nordberg Karlsson, E. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, Iraq, 2件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research1026-00386B デンマーク
Other governmentIraq
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria.
著者: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / ...著者: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / Karlsson, N.G. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2022年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exo-alpha-sialidase
B: Exo-alpha-sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,62020
ポリマ－128,6412
非ポリマー1,97918
水25,5091416
1
A: Exo-alpha-sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,44311
ポリマ－64,3631
非ポリマー1,08110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exo-alpha-sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1769
ポリマ－64,2781
非ポリマー8988
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.070, 51.780, 118.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Exo-alpha-sialidase


分子量: 64362.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (バクテリア)
遺伝子: HXS70_08015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G6DVF6
#2: タンパク質 Exo-alpha-sialidase


分子量: 64278.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (バクテリア)
遺伝子: HXS70_08015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G6DVF6

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糖 , 2種, 4分子

#3: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8

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非ポリマー , 6種, 1430分子

#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 18% PEG 3350,0.1 M BIS TRIS, 0.2 M MgCl2 / PH範囲: 5 - 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→59.135 Å / Num. obs: 308465 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 16.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 22149 / CC1/2: 0.44 / Rrim(I) all: 1 / Rsym value: 1.7 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold model

解像度: 1.3→50.25 Å / SU ML: 0.1984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.893
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1876 14930 5.03 %
Rwork0.1661 563497 -
obs0.1672 296679 97.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→50.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8999 0 130 1416 10545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01169566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.223812996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09561375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01441713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.17421313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.310.46637840.443315396X-RAY DIFFRACTION80.19
1.31-1.330.410910190.414317933X-RAY DIFFRACTION93.09
1.33-1.350.39219310.391618250X-RAY DIFFRACTION94.87
1.35-1.360.37149490.371918558X-RAY DIFFRACTION96.06
1.36-1.380.35379110.35718606X-RAY DIFFRACTION96.7
1.38-1.40.35179930.339818800X-RAY DIFFRACTION97.35
1.4-1.420.33299850.325518811X-RAY DIFFRACTION98.08
1.42-1.440.319710040.314518879X-RAY DIFFRACTION98.31
1.44-1.460.30710730.301718803X-RAY DIFFRACTION98.3
1.46-1.490.306310840.286818849X-RAY DIFFRACTION98.24
1.49-1.510.283510300.267518889X-RAY DIFFRACTION98.29
1.51-1.540.25489130.259418876X-RAY DIFFRACTION98.09
1.54-1.570.243810250.233919157X-RAY DIFFRACTION98.79
1.57-1.60.234410350.206618882X-RAY DIFFRACTION98.78
1.6-1.640.2229660.191619082X-RAY DIFFRACTION98.98
1.64-1.680.2198530.185719173X-RAY DIFFRACTION98.91
1.68-1.720.19619580.170219049X-RAY DIFFRACTION98.94
1.72-1.760.186210970.164318918X-RAY DIFFRACTION98.82
1.76-1.820.175710680.159518915X-RAY DIFFRACTION98.7
1.82-1.870.17179660.154618998X-RAY DIFFRACTION98.8
1.87-1.940.1749840.151419067X-RAY DIFFRACTION98.89
1.94-2.020.180210580.149118991X-RAY DIFFRACTION98.85
2.02-2.110.162210990.140218868X-RAY DIFFRACTION98.69
2.11-2.220.167510410.135919061X-RAY DIFFRACTION99.25
2.22-2.360.16759400.132719229X-RAY DIFFRACTION99.33
2.36-2.540.153610940.130618947X-RAY DIFFRACTION99.34
2.54-2.80.16129360.137819211X-RAY DIFFRACTION99.51
2.8-3.210.163610500.141319080X-RAY DIFFRACTION99.14
3.21-4.040.162310760.138119077X-RAY DIFFRACTION99.45
4.04-50.250.15259390.137519142X-RAY DIFFRACTION99.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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