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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8axs | |||||||||
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タイトル | Sialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for rapid growth on colonic mucin and nutrient sharing amongst mucin-associated human gut microbiota | |||||||||
要素 | (Exo-alpha-sialidase) x 2 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Sialidase / Neuraminidase | |||||||||
機能・相同性 | BNR repeat-like domain / Sialidase / Sialidase superfamily / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / IMIDAZOLE / N-acetyl-beta-neuraminic acid / Exo-alpha-sialidase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Akkermansia muciniphila (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Sakanaka, H. / Nielsen, T.S. / Pichler, M.J. / Nordberg Karlsson, E. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P. | |||||||||
資金援助 | デンマーク, Iraq, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria. 著者: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / ...著者: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / Karlsson, N.G. / Abou Hachem, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8axs.cif.gz | 588.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8axs.ent.gz | 388.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8axs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8axs_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8axs_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8axs_validation.xml.gz | 56.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8axs_validation.cif.gz | 88.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8axiC 8axtC 8ayrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 64362.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (バクテリア) 遺伝子: HXS70_08015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G6DVF6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 64278.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (バクテリア) 遺伝子: HXS70_08015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G6DVF6 |
-糖 , 2種, 4分子
#3: 糖 | #9: 糖 | ChemComp-DAN / | |
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-非ポリマー , 6種, 1430分子
#4: 化合物 | ChemComp-IMD / | ||||||||
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#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 18% PEG 3350,0.1 M BIS TRIS, 0.2 M MgCl2 / PH範囲: 5 - 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976254 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→59.135 Å / Num. obs: 308465 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 16.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.14 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 22149 / CC1/2: 0.44 / Rrim(I) all: 1 / Rsym value: 1.7 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: alphafold model 解像度: 1.3→50.25 Å / SU ML: 0.1984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.893 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→50.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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