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- PDB-8auv: Cryo-EM structure of the plant 40S subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8auv
タイトルCryo-EM structure of the plant 40S subunit
要素
  • 18S rRNA
  • RACK1 (guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein)
  • eS1 (40S ribosomal protein S3a)
  • eS10 (40S ribosomal protein S10)
  • eS12 (40S ribosomal protein S12)
  • eS17 (40S ribosomal protein S17)
  • eS19 (40S ribosomal protein S19)
  • eS21 (40S ribosomal protein S21)
  • eS24 (40S ribosomal protein S24)
  • eS25 (40S ribosomal protein S25)
  • eS26 (40S ribosomal protein S26)
  • eS27 (40S ribosomal protein S27)
  • eS28 (40S ribosomal protein S28)
  • eS30 (40S ribosomal protein S30)
  • eS31 (ubiquitin-40S ribosomal protein S27a)
  • eS4 (40S ribosomal protein S4)
  • eS6 (40S ribosomal protein S6)
  • eS7 (40S ribosomal protein S7)
  • eS8 (40S ribosomal protein S8)
  • mRNA
  • uS10 (40S ribosomal protein S20)
  • uS11 (40S ribosomal protein S14)
  • uS12 (40S ribosomal protein S23)
  • uS13 (40S ribosomal protein S18)
  • uS14 (40S ribosomal protein S29)
  • uS15 (40S ribosomal protein S13)
  • uS17 (40S ribosomal protein S11)
  • uS19 (40S ribosomal protein S15)
  • uS2 (40S ribosomal protein SA)
  • uS3 (40S ribosomal protein S3)
  • uS4 (40S ribosomal protein S9)
  • uS5 (40S ribosomal protein S2)
  • uS7 (40S ribosomal protein S5)
  • uS8 (40S ribosomal protein S15a)
  • uS9 (40S ribosomal protein S16)
キーワードRIBOSOME / Plant / 80S / Modifications
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to abscisic acid stimulus / seed germination / positive regulation of signal transduction / MAP kinase scaffold activity / negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled cytosolic ribosome / protein kinase C binding ...cellular response to abscisic acid stimulus / seed germination / positive regulation of signal transduction / MAP kinase scaffold activity / negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled cytosolic ribosome / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e ...: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SPERMIDINE / SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S14-2 ...: / SPERMIDINE / SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S14-2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S20-2 / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S19-3 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein eS17-like / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein RACK1-like / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S16 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S9-2 / 40S ribosomal protein S11 / 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S3-2 / Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8c / 40S ribosomal protein S15 / 40S ribosomal protein S10-1 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein eS1
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Smirnova, J. / Loerke, J. / Kleinau, G. / Schmidt, A. / Buerger, J. / Meyer, E.H. / Mielke, T. / Scheerer, P. / Bock, R. / Spahn, C.M.T. / Zoschke, R.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)416210002 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 335/588-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structure of the actively translating plant 80S ribosome at 2.2 Å resolution.
著者: Julia Smirnova / Justus Loerke / Gunnar Kleinau / Andrea Schmidt / Jörg Bürger / Etienne H Meyer / Thorsten Mielke / Patrick Scheerer / Ralph Bock / Christian M T Spahn / Reimo Zoschke /
要旨: In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are ...In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are well characterized, high-resolution structures of the eukaryotic 80S ribosomes in the cytosol have been lacking. Here the structure of translating tobacco (Nicotiana tabacum) 80S ribosomes was solved by cryo-electron microscopy with a global resolution of 2.2 Å. The ribosome structure includes two tRNAs, decoded mRNA and the nascent peptide chain, thus providing insights into the molecular underpinnings of the cytosolic translation process in plants. The map displays conserved and plant-specific rRNA modifications and the positions of numerous ionic cofactors, and it uncovers the role of monovalent ions in the decoding centre. The model of the plant 80S ribosome enables broad phylogenetic comparisons that reveal commonalities and differences in the ribosomes of plants and those of other eukaryotes, thus putting our knowledge about eukaryotic translation on a firmer footing.
履歴
登録2022年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: eS4 (40S ribosomal protein S4)
k: eS6 (40S ribosomal protein S6)
h: 18S rRNA
l: eS10 (40S ribosomal protein S10)
C: eS12 (40S ribosomal protein S12)
D: eS17 (40S ribosomal protein S17)
E: eS19 (40S ribosomal protein S19)
F: eS1 (40S ribosomal protein S3a)
G: eS21 (40S ribosomal protein S21)
H: eS24 (40S ribosomal protein S24)
I: eS25 (40S ribosomal protein S25)
J: eS26 (40S ribosomal protein S26)
K: eS27 (40S ribosomal protein S27)
L: eS28 (40S ribosomal protein S28)
M: eS30 (40S ribosomal protein S30)
N: eS31 (ubiquitin-40S ribosomal protein S27a)
O: eS7 (40S ribosomal protein S7)
P: eS8 (40S ribosomal protein S8)
Q: RACK1 (guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein)
R: uS10 (40S ribosomal protein S20)
S: uS11 (40S ribosomal protein S14)
T: uS12 (40S ribosomal protein S23)
U: uS13 (40S ribosomal protein S18)
V: uS14 (40S ribosomal protein S29)
W: uS15 (40S ribosomal protein S13)
X: uS17 (40S ribosomal protein S11)
Y: uS19 (40S ribosomal protein S15)
Z: uS2 (40S ribosomal protein SA)
a: uS3 (40S ribosomal protein S3)
b: uS4 (40S ribosomal protein S9)
c: uS5 (40S ribosomal protein S2)
d: uS7 (40S ribosomal protein S5)
e: uS8 (40S ribosomal protein S15a)
f: uS9 (40S ribosomal protein S16)
B: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,221,466165
ポリマ－1,216,83335
非ポリマー4,633130
水42,7322372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area259430 Å2
ΔGint-2082 kcal/mol
Surface area363680 Å2

-
要素

+
タンパク質 , 33種, 33分子 AklCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabc...

#1: タンパク質 eS4 (40S ribosomal protein S4) / 40S ribosomal protein S4


分子量: 29971.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DQ51
#2: タンパク質 eS6 (40S ribosomal protein S6) / 40S ribosomal protein S6


分子量: 28368.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z3Y7
#4: タンパク質 eS10 (40S ribosomal protein S10)


分子量: 23121.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DHU6
#5: タンパク質 eS12 (40S ribosomal protein S12)


分子量: 15190.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4B129
#6: タンパク質 eS17 (40S ribosomal protein S17) / 40S ribosomal protein S10-1-like


分子量: 16643.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z9G2
#7: タンパク質 eS19 (40S ribosomal protein S19) / 40S ribosomal protein S12


分子量: 16034.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Y949
#8: タンパク質 eS1 (40S ribosomal protein S3a) / 40S ribosomal protein S17-like


分子量: 29782.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: Q285L8
#9: タンパク質 eS21 (40S ribosomal protein S21) / 40S ribosomal protein S19-3


分子量: 9307.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4A3T4
#10: タンパク質 eS24 (40S ribosomal protein S24) / 40S ribosomal protein S3a / Protein cyc07


分子量: 15429.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3ZXI6
#11: タンパク質 eS25 (40S ribosomal protein S25) / 40S ribosomal protein S21


分子量: 11795.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A076L2E2
#12: タンパク質 eS26 (40S ribosomal protein S26) / 40S ribosomal protein S24


分子量: 14540.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CWI7
#13: タンパク質 eS27 (40S ribosomal protein S27) / 40S ribosomal protein S25


分子量: 9613.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XJK0
#14: タンパク質 eS28 (40S ribosomal protein S28) / 40S ribosomal protein S26


分子量: 7481.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4AS05
#15: タンパク質 eS30 (40S ribosomal protein S30) / 40S ribosomal protein S27


分子量: 6953.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XGJ0
#16: タンパク質 eS31 (ubiquitin-40S ribosomal protein S27a) / 40S ribosomal protein S28


分子量: 17739.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4C0C1
#17: タンパク質 eS7 (40S ribosomal protein S7) / 40S ribosomal protein S30


分子量: 22121.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Z906
#18: タンパク質 eS8 (40S ribosomal protein S8) / ubiquitin-40S ribosomal protein S27a-like


分子量: 25164.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4CZK3
#19: タンパク質 RACK1 (guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein) / 40S ribosomal protein S7


分子量: 36061.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4ABX7
#20: タンパク質 uS10 (40S ribosomal protein S20) / 40S ribosomal protein S8


分子量: 13651.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XHL0
#21: タンパク質 uS11 (40S ribosomal protein S14) / guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量: 16375.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XAN1
#22: タンパク質 uS12 (40S ribosomal protein S23) / 40S ribosomal protein S20-2


分子量: 15771.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4C879
#23: タンパク質 uS13 (40S ribosomal protein S18) / 40S ribosomal protein S14-2


分子量: 17578.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3YM01
#24: タンパク質 uS14 (40S ribosomal protein S29) / 40S ribosomal protein S23


分子量: 6455.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DPT4
#25: タンパク質 uS15 (40S ribosomal protein S13) / 40S ribosomal protein S18


分子量: 17099.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3ZRI7
#26: タンパク質 uS17 (40S ribosomal protein S11) / 40S ribosomal protein S29


分子量: 17724.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BW10
#27: タンパク質 uS19 (40S ribosomal protein S15) / 30S ribosomal protein S15 / chloroplastic


分子量: 17274.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DFI4
#28: タンパク質 uS2 (40S ribosomal protein SA) / 40S ribosomal protein S11-like


分子量: 35894.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3Y4M0
#29: タンパク質 uS3 (40S ribosomal protein S3) / 40S ribosomal protein S15-like


分子量: 27758.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BXU2
#30: タンパク質 uS4 (40S ribosomal protein S9) / 40S ribosomal protein SA


分子量: 23103.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4B907
#31: タンパク質 uS5 (40S ribosomal protein S2) / 40S ribosomal protein S3-2-like


分子量: 30652.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S3XAX8
#32: タンパク質 uS7 (40S ribosomal protein S5) / 40S ribosomal protein S9-2-like


分子量: 23373.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4BXT5
#33: タンパク質 uS8 (40S ribosomal protein S15a) / 40S ribosomal protein S2-3-like


分子量: 14815.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4DBQ8
#34: タンパク質 uS9 (40S ribosomal protein S16) / 40S ribosomal protein S5-like


分子量: 16731.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: UniProt: A0A1S4AU23

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 hB

#3: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 583622.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 参照: GenBank: HQ384692
#35: RNA鎖 mRNA / 40S ribosomal protein S15a-1 / 40S ribosomal protein S15a-1 isoform X1


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ)

-
非ポリマー , 6種, 2502分子

#36: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / 40S ribosomal protein S16


分子量: 24.305 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#38: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34)


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#39: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#40: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#41: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 27 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335672 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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