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- PDB-8aq4: In surfo structure of the membrane integral lipoprotein N-acyltra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aq4
タイトルIn surfo structure of the membrane integral lipoprotein N-acyltransferase Lnt from E. coli in complex with TITC and lyso-PE
要素Apolipoprotein N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Lnt / apolipoprotein N-acyltransferase / Bacterial lipoproteins.
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipoprotein biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein N-acyltransferase / Apolipoprotein N-acyltransferase, N-terminal / Apolipoprotein N-acyltransferase N-terminal domain / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OU / ACETATE ION / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Chem-PG6 / ~{N}-tridecylmethanethioamide / Apolipoprotein N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Huang, C.-Y. / Weichert, D. / Boland, C. / Smithers, L. / Olieric, V. / Wang, M. / Caffrey, M.
資金援助 アイルランド, 2件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland16/IA/4435 アイルランド
Irish Research CouncilGOIPD/2021/40 アイルランド
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure snapshots reveal the mechanism of a bacterial membrane lipoprotein -acyltransferase.
著者: Luke Smithers / Oksana Degtjarik / Dietmar Weichert / Chia-Ying Huang / Coilín Boland / Katherine Bowen / Abraham Oluwole / Corinne Lutomski / Carol V Robinson / Eoin M Scanlan / Meitian ...著者: Luke Smithers / Oksana Degtjarik / Dietmar Weichert / Chia-Ying Huang / Coilín Boland / Katherine Bowen / Abraham Oluwole / Corinne Lutomski / Carol V Robinson / Eoin M Scanlan / Meitian Wang / Vincent Olieric / Moran Shalev-Benami / Martin Caffrey /
要旨: Bacterial lipoproteins (BLPs) decorate the surface of membranes in the cell envelope. They function in membrane assembly and stability, as enzymes, and in transport. The final enzyme in the BLP ...Bacterial lipoproteins (BLPs) decorate the surface of membranes in the cell envelope. They function in membrane assembly and stability, as enzymes, and in transport. The final enzyme in the BLP synthesis pathway is the apolipoprotein -acyltransferase, Lnt, which is proposed to act by a ping-pong mechanism. Here, we use x-ray crystallography and cryo-electron microscopy to chart the structural changes undergone during the progress of the enzyme through the reaction. We identify a single active site that has evolved to bind, individually and sequentially, substrates that satisfy structural and chemical criteria to position reactive parts next to the catalytic triad for reaction. This study validates the ping-pong mechanism, explains the molecular bases for Lnt's substrate promiscuity, and should facilitate the design of antibiotics with minimal off-target effects.
履歴
登録2022年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,99423
ポリマ－59,2811
非ポリマー5,71322
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area20790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.111, 160.111, 90.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 A

#1: タンパク質 Apolipoprotein N-acyltransferase / ALP N-acyltransferase / Copper homeostasis protein CutE


分子量: 59280.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lnt, cutE, b0657, JW0654 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23930, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#9: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 9種, 41分子

#2: 化合物
ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-QGT / ~{N}-tridecylmethanethioamide / Tetradecyl-1-isothiocyanate (reacted form) / TITC (reacted form)


分子量: 243.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H29NS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 50 mM sodium acetate pH 5.0, 50 mM magnesium acetate and 28-36 %(v/v) PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→55.13 Å / Num. obs: 24528 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.26 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.66→3.01 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1226 / CC1/2: 0.53 / Rrim(I) all: 1.55 / % possible all: 60.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3600精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N6H

5n6h


解像度: 2.62→55.13 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 1350 5.5 %
Rwork0.205 --
obs0.206 24528 60.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.79 Å2 / Biso mean: 56.3 Å2 / Biso min: 9.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→55.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4001 0 306 22 4329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.62-2.710.350790.3648842
2.71-2.820.5357140.36042396
2.82-2.950.3488110.311951413
2.95-3.10.3223620.2984104227
3.1-3.30.2931440.2608209155
3.3-3.550.23942280.2408364795
3.55-3.910.25492430.20773823100
3.91-4.470.1972060.1813854100
4.47-5.630.21572250.17273883100
5.63-55.130.21612080.2096400199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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