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万見
- PDB-8api: THE S VARIANT OF HUMAN ALPHA1-ANTITRYPSIN, STRUCTURE AND IMPLICAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8api
タイトルTHE S VARIANT OF HUMAN ALPHA1-ANTITRYPSIN, STRUCTURE AND IMPLICATIONS FOR FUNCTION AND METABOLISM
要素(ALPHA-1 ANTITRYPSIN (CHAIN ...) x 2
キーワードPROTEINASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation ...Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / ficolin-1-rich granule lumen / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Alpha-1-antitrypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Loebermann, H. / Tokuoka, R. / Deisenhofer, J. / Huber, R.
引用
ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1989
タイトル: The S variant of human alpha 1-antitrypsin, structure and implications for function and metabolism.
著者: Engh, R. / Lobermann, H. / Schneider, M. / Wiegand, G. / Huber, R. / Laurell, C.B.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Human Alpha1-Proteinase Inhibitor. Crystal Structure Analysis of Two Crystal Modifications, Molecular Model and Preliminary Analysis of the Implications for Function
著者: Loebermann, H. / Tokuoka, R. / Deisenhofer, J. / Huber, R.
#2: ジャーナル: Hoppe-Seyler's Z.Physiol.Chem. / 年: 1982
タイトル: Interaction of Human Alpha1-Proteinase Inhibitor with Chymotrypsinogena and Crystallization of a Proteolytically Modified Alpha1-Proteinase Inhibitor
著者: Loebermann, H. / Lottspeich, F. / Bode, W. / Huber, R.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: The Biosynthesis of Rat Alpha1-Antitrypsin
著者: Carlson, J. / Stenflo, J.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1981
タイトル: Human Alpha1-Antitrypsin. Carbohydrate Attachment and Sequence Homology
著者: Carrell, R.W. / Jeppsson, J.-O. / Vaughan, L. / Brennan, S.O. / Owen, M.C. / Boswell, D.R.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1980
タイトル: Studies on the Oligosaccharide Chains of Human Alpha1-Protease Inhibitor. II. Structure of Oligosaccharides
著者: Mega, T. / Lujan, E. / Yoshida, A.
履歴
登録1988年9月8日処理サイト: BNL
置き換え1990年10月15日ID: 6API
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-1 ANTITRYPSIN (CHAIN A)
B: ALPHA-1 ANTITRYPSIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3386
ポリマ－43,2542
非ポリマー2,0844
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.700, 119.700, 216.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Atom site foot note1: RESIDUE PRO B 361 IS A CIS PROLINE.
2: AN OCCUPANCY AND B VALUE OF 0.0 INDICATES THAT NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS FOUND IN THE FINAL FOURIER MAP.

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要素

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ALPHA-1 ANTITRYPSIN (CHAIN ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ALPHA-1 ANTITRYPSIN (CHAIN A)


分子量: 39114.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01009
#2: タンパク質・ペプチド ALPHA-1 ANTITRYPSIN (CHAIN B)


分子量: 4139.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01009

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 160分子

#5: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細IN THIS ENTRY CHAIN IDENTIFIER *C* IS USED FOR A CYSTEINE RESIDUE WHICH FORMS A DISULFIDE BOND WITH ...IN THIS ENTRY CHAIN IDENTIFIER *C* IS USED FOR A CYSTEINE RESIDUE WHICH FORMS A DISULFIDE BOND WITH CYS A 232. SEE REFERENCE 1 FOR FURTHER DISCUSSION ON THE POSSIBLE ROLE OF CYS A 232 IN THE PROPOSED STRUCTURE FOR THE ACTIVE INHIBITOR.
非ポリマーの詳細THE CARBOHYDRATE CHAINS PRESENTED AT THE END OF THIS ENTRY ARE NOT COMPLETE. SOME OF THE SUGAR ...THE CARBOHYDRATE CHAINS PRESENTED AT THE END OF THIS ENTRY ARE NOT COMPLETE. SOME OF THE SUGAR RESIDUES COULD NOT BE LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.21 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Loebermann, H., (1982) Hoppe-Seyler'S Z.Physiol. Chem., 363, 1377.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.8 Msodium potassium phosphate1reservoir
25 mMsodium phosphate1drop
36-7 mg/mlprotein1drop

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / Num. obs: 15607 / % possible obs: 90 % / Biso Wilson estimate: 276 Å2
反射 シェル
*PLUS
Num. possible: 62

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.215 / 最高解像度: 3.1 Å
詳細: AN OCCUPANCY AND B VALUE OF 0.0 INDICATES THAT NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS FOUND IN THE FINAL FOURIER MAP. ATOMS WITH THERMAL FACTORS WHICH CALCULATE LESS THAN 6.00 ARE ASSIGNED THIS ...詳細: AN OCCUPANCY AND B VALUE OF 0.0 INDICATES THAT NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS FOUND IN THE FINAL FOURIER MAP. ATOMS WITH THERMAL FACTORS WHICH CALCULATE LESS THAN 6.00 ARE ASSIGNED THIS VALUE. THIS IS THE LOWEST VALUE ALLOWED BY THE REFINEMENT PROGRAM.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2989 0 138 159 3286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. reflection obs: 15607 / Rfactor obs: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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