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- PDB-8aol: Crystal structure of S-layer protein SlpX from Lactobacillus acid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aol
タイトルCrystal structure of S-layer protein SlpX from Lactobacillus acidophilus, domain III (aa 363-499)
要素SlpX
キーワードCELL ADHESION / Surface Layer / SlpX / Cell wall binding
機能・相同性Surface layer protein A domain / Surface layer protein A domain / metal ion binding / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / SlpX
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus acidophilus ATCC 4796 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sagmeister, T. / Damisch, E. / Eder, M. / Dordic, A. / Vejzovic, D. / Pavkov-Keller, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP29432 オーストリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: The molecular architecture of Lactobacillus S-layer: Assembly and attachment to teichoic acids.
著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / ...著者: Sagmeister, T. / Gubensak, N. / Buhlheller, C. / Grininger, C. / Eder, M. / Ðordic, A. / Millan, C. / Medina, A. / Murcia, P.A.S. / Berni, F. / Hynonen, U. / Vejzovic, D. / Damisch, E. / Kulminskaya, N. / Petrowitsch, L. / Oberer, M. / Palva, A. / Malanovic, N. / Codee, J. / Keller, W. / Uson, I. / Pavkov-Keller, T.
履歴
登録2022年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SlpX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,68310
ポリマ－17,0321
非ポリマー6509
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area8310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)133.174, 133.174, 70.572
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-707-

HOH

21A-810-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SlpX


分子量: 17032.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus ATCC 4796 (乳酸菌)
遺伝子: slpX, LBA0512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5FLN0

-
非ポリマー , 6種, 152分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein stock solution of 10 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; Wizard 1/2 screen condition 66 (20 % w/v PEG 3000, 200 mM Ca(OAc)2, 100 mM Tris base/HCl pH 7.0) with protein end ...詳細: Protein stock solution of 10 mg/mL in 20 mM Hepes pH 8 and 100 mM NaCl; Wizard 1/2 screen condition 66 (20 % w/v PEG 3000, 200 mM Ca(OAc)2, 100 mM Tris base/HCl pH 7.0) with protein end concentration of 5 mg/mL corresponding to 50% of protein solution in the 1.0 uL drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.432 Å / Num. obs: 14935 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
8.98-48.4315.80.0923490.9970.0310.097
2.4-2.4919.41.51615180.8440.4961.596

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8ALU

8alu


解像度: 2.4→48.432 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.17 / SU B: 6.849 / SU ML: 0.138 / Average fsc free: 0.8733 / Average fsc work: 0.8785 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 766 5.136 %
Rwork0.1779 14148 -
all0.179 --
obs-14914 99.966 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.069 Å2-1.534 Å2-0 Å2
2---3.069 Å20 Å2
3---9.955 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.432 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1143 0 29 143 1315
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0131225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7771.6771641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.331.5932483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6585137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.37520.95973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67715197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.794159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.21001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2220.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1670.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2380.224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1350.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2120.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7484.568554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6154.553548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1816.834685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.216.84686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.1345.105671
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.1255.106672
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.8697.462956
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.8627.463957
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it16.47551.2621357
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other16.46951.2831358
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.4-2.4620.287670.33110140.32810810.650.6091000.301
2.462-2.530.346500.3389880.33910380.6930.6491000.309
2.53-2.6030.349490.2989750.310240.7210.7571000.268
2.603-2.6830.319590.2769270.2789860.7640.81000.242
2.683-2.770.254450.2379180.2389630.8390.8561000.206
2.77-2.8670.229420.2138830.2149250.9280.9031000.182
2.867-2.9750.201450.2018660.2019110.9210.9281000.178
2.975-3.0960.246460.1748300.1778760.9170.9421000.159
3.096-3.2330.236360.1977980.1998340.9230.9351000.184
3.233-3.390.214440.1967640.1978080.9540.9451000.184
3.39-3.5730.175480.1717120.1717600.9690.9661000.164
3.573-3.7880.201390.1596950.1617340.970.9731000.153
3.788-4.0480.156360.1486550.1486910.9710.9731000.144
4.048-4.370.166420.136030.1326450.9740.981000.136
4.37-4.7830.126260.1175700.1175970.9790.98299.83250.126
4.783-5.3410.224250.1245270.1295520.9690.981000.135
5.341-6.1550.125240.1464650.1454890.9830.9741000.156
6.155-7.5080.196190.1484090.154280.9690.9771000.162
7.508-10.4920.176160.1563320.1573480.9680.9751000.183
10.492-48.4320.28180.1932170.1962250.9360.9711000.236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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