PDB-8ahi: PAC-FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ahi

タイトル

PAC-FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded fragments for hit discovery

要素

Serine/threonine-protein kinase PAK 4

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN KINASE / PAK4 / ATP-BINDING / TECHNOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOQ GTPase cycle / cellular response to organic cyclic compound / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Baker, L.M. / Murray, J.B. / Hubbard, R.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022
タイトル: PAC-FragmentDEL - photoactivated covalent capture of DNA-encoded fragments for hit discovery.
著者: Ma, H. / Murray, J.B. / Luo, H. / Cheng, X. / Chen, Q. / Song, C. / Duan, C. / Tan, P. / Zhang, L. / Liu, J. / Morgan, B.A. / Li, J. / Wan, J. / Baker, L.M. / Finnie, W. / Guetzoyan, L. / ...

履歴

登録	2022年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ahi.cif.gz	133.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ahi.ent.gz	100.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ahi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ahi_validation.pdf.gz	669.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ahi_full_validation.pdf.gz	674.4 KB	表示
XML形式データ	8ahi_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	8ahi_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aheC 8ahfC 8ahgC 8ahhC 2bvaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (8) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (8)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.913, 61.913, 181.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4 分子量: 33380.742 Da / 分子数: 1 / 変異: L310A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-M56 / ~{N}-methyl-1,3-benzothiazole-6-carboxamide 分子量: 192.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.72 % / 解説: Prisms
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.8M Na/K tartrate 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→25.603 Å / Num. obs: 18685 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 14.25 % / R_merge(I) obs: 0.2074 / Net I/σ(I): 10.07
反射シェル	解像度: 2.69→2.73 Å / 冗長度: 14.25 % / R_merge(I) obs: 0.5548 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique obs: 435 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SAINT	V8.40A	データ削減
SADABS	V2014/5	データスケーリング
Coot	0.9.8	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BVA

2bva

解像度: 2.69→25.603 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 12.652 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.341 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	515	4.947 %
R_work	0.1552	9895	-
all	0.16	-	-
obs	-	10410	99.237 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.915 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.154 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.154 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.308 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→25.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2310	0	13	152	2475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.027	1.64	3214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.628	1.552	5244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.041	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.48	9.773	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.498	10	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.519	10	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.399	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.2	3.023	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.191	3.023	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.881	4.524	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.88	4.528	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.044	3.443	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.043	3.443	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.994	4.989	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.992	4.99	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.027	59.134	9797
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.023	59.14	9715

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.69-2.759	0.255	36	0.227	695	0.228	731	0.952	0.958	100	0.207
2.759-2.834	0.338	45	0.222	691	0.229	736	0.904	0.96	100	0.2
2.834-2.915	0.382	31	0.21	663	0.218	694	0.898	0.965	100	0.187
2.915-3.004	0.306	39	0.195	664	0.201	703	0.939	0.968	100	0.173
3.004-3.101	0.314	23	0.181	652	0.186	675	0.928	0.974	100	0.163
3.101-3.208	0.273	37	0.184	592	0.189	633	0.942	0.975	99.3681	0.164
3.208-3.327	0.321	30	0.166	591	0.173	626	0.935	0.978	99.2013	0.149
3.327-3.46	0.225	36	0.162	576	0.166	617	0.956	0.98	99.1896	0.146
3.46-3.611	0.286	30	0.171	551	0.177	586	0.944	0.98	99.1468	0.158
3.611-3.784	0.284	32	0.161	512	0.169	549	0.952	0.981	99.0893	0.15
3.784-3.984	0.185	22	0.16	516	0.161	545	0.975	0.981	98.7156	0.15
3.984-4.219	0.177	28	0.126	473	0.129	511	0.98	0.989	98.0431	0.124
4.219-4.501	0.096	22	0.101	465	0.101	492	0.994	0.993	98.9837	0.099
4.501-4.85	0.184	26	0.094	426	0.099	454	0.975	0.994	99.5595	0.096
4.85-5.293	0.29	19	0.115	398	0.121	421	0.97	0.991	99.0499	0.113
5.293-5.887	0.297	19	0.138	371	0.145	392	0.977	0.987	99.4898	0.132
5.887-6.738	0.237	10	0.139	348	0.142	360	0.979	0.984	99.4444	0.133
6.738-8.114	0.245	15	0.132	291	0.138	307	0.96	0.986	99.6743	0.136
8.114-10.938	0.211	12	0.11	243	0.114	256	0.976	0.991	99.6094	0.128
10.938-25.603	0.306	3	0.21	177	0.213	182	0.996	0.971	98.9011	0.244

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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