PDB-8ah0: BK Polyomavirus VP1 mutant VQQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ah0

タイトル

BK Polyomavirus VP1 mutant VQQ

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Patient-derived VP1 mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Betapolyomavirus hominis (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Sorin, M.N. / Di Maio, A. / Silva, L.M. / Ebert, D. / Delannoy, C. / Nguyen, N.-K. / Guerardel, Y. / Chai, W. / Halary, F. / Renaudin-Autain, K. ...

資金援助

フランス,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of natural capsid variants suggests sialic acid-independent entry of BK polyomavirus.
著者: Sorin, M.N. / Di Maio, A. / Silva, L.M. / Ebert, D. / Delannoy, C.P. / Nguyen, N.K. / Guerardel, Y. / Chai, W. / Halary, F. / Renaudin-Autain, K. / Liu, Y. / Bressollette-Bodin, C. / Stehle, T. / McIlroy, D.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ah0.cif.gz	279.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ah0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ah0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aghC 8agoC 8ah1C 4mj1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

150 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.691, 152.596, 62.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 29827.561 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Betapolyomavirus hominis (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03088
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3.350 Lithium Chloride HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.798→50 Å / Num. obs: 129677 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.798→1.862 Å / Num. unique obs: 12697 / CC_1/2: 0.576

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MJ1

4mj1

解像度: 1.798→48.463 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.189 / WR_factor R_work: 0.154 / SU B: 2.907 / SU ML: 0.086 / Average fsc free: 0.9186 / Average fsc work: 0.9268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	6484	5 %
R_work	0.1716	123189	-
all	0.173	-	-
obs	-	129673	99.921 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.359 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.024 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.335 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.798→48.463 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9839	0	53	666	10558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10183
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	9371
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.646	13867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.356	1.575	21565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.482	5	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.991	22.834	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.2	15	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.176	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	8898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	5060
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.083	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.399	2.735	5203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.397	2.735	5202
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.318	4.077	6493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.317	4.078	6494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.073	2.981	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.073	2.982	4981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.517	4.359	7364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.516	4.36	7365
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.736	31.831	10608
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.715	31.669	10512

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.798-1.844	0.288	469	0.286	8917	0.286	9469	0.804	0.801	99.1235	0.273
1.844-1.895	0.296	463	0.259	8786	0.261	9250	0.845	0.849	99.9892	0.237
1.895-1.949	0.264	447	0.234	8507	0.235	8955	0.873	0.884	99.9888	0.208
1.949-2.009	0.237	438	0.209	8318	0.21	8757	0.912	0.917	99.9886	0.181
2.009-2.075	0.247	424	0.201	8048	0.203	8472	0.911	0.918	100	0.171
2.075-2.148	0.238	412	0.186	7837	0.189	8250	0.917	0.936	99.9879	0.158
2.148-2.229	0.208	395	0.181	7507	0.182	7902	0.94	0.942	100	0.152
2.229-2.32	0.214	383	0.166	7274	0.168	7657	0.944	0.954	100	0.138
2.32-2.422	0.194	368	0.166	6992	0.167	7360	0.951	0.955	100	0.136
2.422-2.54	0.23	351	0.173	6660	0.176	7011	0.934	0.951	100	0.143
2.54-2.677	0.217	334	0.161	6352	0.164	6686	0.946	0.958	100	0.134
2.677-2.839	0.213	318	0.162	6035	0.164	6353	0.94	0.957	100	0.138
2.839-3.035	0.197	298	0.166	5677	0.168	5975	0.952	0.956	100	0.146
3.035-3.277	0.205	280	0.169	5315	0.171	5595	0.949	0.956	100	0.153
3.277-3.588	0.22	258	0.168	4890	0.171	5148	0.943	0.961	100	0.159
3.588-4.008	0.179	234	0.152	4455	0.153	4689	0.965	0.97	100	0.148
4.008-4.623	0.154	208	0.127	3958	0.128	4166	0.975	0.98	100	0.129
4.623-5.649	0.16	179	0.135	3402	0.136	3583	0.976	0.98	99.9442	0.14
5.649-7.936	0.235	141	0.181	2667	0.184	2808	0.944	0.959	100	0.183
7.936-48.463	0.236	84	0.195	1592	0.197	1679	0.932	0.955	99.8213	0.206

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関連情報:EMDBヘッダ

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