PDB-8ah1: BK Polyomavirus VP1 mutant N-Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ah1

タイトル

BK Polyomavirus VP1 mutant N-Q

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Patient-derived VP1 mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Betapolyomavirus hominis (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.006 Å

データ登録者

Sorin, M.N. / Di Maio, A. / Silva, L.M. / Ebert, D. / Delannoy, C. / Nguyen, N.-K. / Guerardel, Y. / Chai, W. / Halary, F. / Renaudin-Autain, K. ...

資金援助

フランス,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of natural capsid variants suggests sialic acid-independent entry of BK polyomavirus.
著者: Sorin, M.N. / Di Maio, A. / Silva, L.M. / Ebert, D. / Delannoy, C.P. / Nguyen, N.K. / Guerardel, Y. / Chai, W. / Halary, F. / Renaudin-Autain, K. / Liu, Y. / Bressollette-Bodin, C. / Stehle, T. / McIlroy, D.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ah1.cif.gz	528.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ah1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ah1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ah1_validation.pdf.gz	513.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ah1_full_validation.pdf.gz	524.5 KB	表示
XML形式データ	8ah1_validation.xml.gz	96.2 KB	表示
CIF形式データ	8ah1_validation.cif.gz	134.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aghC 8agoC 8ah0C 4mj1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

FFF: Major capsid protein VP1

GGG: Major capsid protein VP1

HHH: Major capsid protein VP1

III: Major capsid protein VP1

JJJ: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

299 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
149 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

FFF: Major capsid protein VP1

GGG: Major capsid protein VP1

HHH: Major capsid protein VP1

III: Major capsid protein VP1

JJJ: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
150 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.462, 155.959, 141.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.636, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 29785.416 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Betapolyomavirus hominis (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03088
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1023 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3.350 Lithium Chloride HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.006→50 Å / Num. obs: 164438 / % possible obs: 94.81 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.35
反射シェル	解像度: 2.006→2.082 Å / Num. unique obs: 17100 / CC_1/2: 0.852

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MJ1

4mj1

解像度: 2.006→48.784 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 6.093 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	8246	5 %
R_work	0.18	156673	-
all	0.183	-	-
obs	-	164438	94.538 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.332 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.554 Å²	0 Å²	-0.485 Å²
2-	-	0.338 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.006→48.784 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19642	0	70	1023	20735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	20217
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	18491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.714	1.647	27520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.258	1.575	42539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.982	5	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.535	22.893	999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.31	15	3100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.145	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	23376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	17022
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	9351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	9739
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	823
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.363	2.933	10377
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.362	2.933	10376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.314	4.378	12938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.314	4.378	12939
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.915	3.141	9840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.915	3.142	9841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.195	4.618	14575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.195	4.618	14576
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.35	33.54	20560
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.34	33.471	20469

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.006-2.058	0.332	601	0.299	11419	0.3	12800	0.65	0.662	93.9062	0.29
2.058-2.114	0.374	626	0.355	11892	0.356	12553	0.598	0.616	99.7212	0.354
2.114-2.175	0.278	610	0.248	11608	0.25	12221	0.822	0.827	99.9755	0.232
2.175-2.242	0.29	540	0.246	10242	0.248	11858	0.807	0.829	90.926	0.226
2.242-2.315	0.282	193	0.218	3685	0.221	11443	0.861	0.869	33.8897	0.196
2.315-2.396	0.263	556	0.199	10561	0.203	11117	0.871	0.897	100	0.173
2.396-2.487	0.255	535	0.196	10155	0.199	10691	0.884	0.902	99.9906	0.169
2.487-2.588	0.239	515	0.179	9785	0.182	10300	0.903	0.921	100	0.151
2.588-2.703	0.267	495	0.186	9417	0.19	9913	0.897	0.918	99.9899	0.157
2.703-2.834	0.229	474	0.168	8996	0.172	9471	0.92	0.934	99.9894	0.139
2.834-2.987	0.234	450	0.158	8558	0.162	9008	0.917	0.944	100	0.131
2.987-3.167	0.23	427	0.162	8103	0.165	8531	0.923	0.941	99.9883	0.137
3.167-3.385	0.216	400	0.152	7605	0.155	8007	0.936	0.952	99.975	0.133
3.385-3.655	0.217	373	0.159	7086	0.162	7471	0.933	0.952	99.8394	0.143
3.655-4.001	0.22	343	0.173	6509	0.175	6887	0.932	0.948	99.4918	0.156
4.001-4.47	0.165	310	0.13	5897	0.132	6207	0.967	0.972	100	0.125
4.47-5.154	0.165	276	0.124	5243	0.126	5520	0.971	0.975	99.9819	0.121
5.154-6.295	0.221	234	0.159	4458	0.162	4692	0.953	0.967	100	0.15
6.295-8.829	0.209	183	0.168	3470	0.17	3653	0.947	0.956	100	0.163
8.829-48.784	0.222	105	0.199	1984	0.2	2092	0.94	0.949	99.8566	0.208

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