PDB-8ago: BK Polyomavirus VP1 mutant E73Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ago

タイトル

BK Polyomavirus VP1 mutant E73Q

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Patient-derived VP1 mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Betapolyomavirus hominis (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.853 Å

データ登録者

Sorin, M.N. / Di Maio, A. / Silva, L.M. / Ebert, D. / Delannoy, C. / Nguyen, N.-K. / Guerardel, Y. / Chai, W. / Halary, F. / Renaudin-Autain, K. ...

資金援助

フランス,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of natural capsid variants suggests sialic acid-independent entry of BK polyomavirus.
著者: Sorin, M.N. / Di Maio, A. / Silva, L.M. / Ebert, D. / Delannoy, C.P. / Nguyen, N.K. / Guerardel, Y. / Chai, W. / Halary, F. / Renaudin-Autain, K. / Liu, Y. / Bressollette-Bodin, C. / Stehle, T. / McIlroy, D.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ago.cif.gz	281.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ago.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ago.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8ago ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8ago	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aghC 8ah0C 8ah1C 4mj1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

149 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.253, 153.039, 62.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 29800.494 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Betapolyomavirus hominis (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03088
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 841 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3.350 Lithium Chloride HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.853→50 Å / Num. obs: 119532 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.99
反射シェル	解像度: 1.853→1.919 Å / Num. unique obs: 11509 / CC_1/2: 0.737

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MJ1

4mj1

解像度: 1.853→48.545 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.197 / WR_factor R_work: 0.161 / SU B: 3.857 / SU ML: 0.107 / Average fsc free: 0.8837 / Average fsc work: 0.8959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	5959	5.001 %
R_work	0.1902	113188	-
all	0.192	-	-
obs	-	119147	99.602 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.682 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.062 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.152 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.089 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.853→48.545 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9766	0	23	841	10630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	10078
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	9246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.601	1.648	13726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.307	1.576	21292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.679	5	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.74	22.928	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.943	15	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.902	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	8686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.339	2.957	5151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.339	2.957	5150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.233	4.411	6422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.232	4.411	6423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.744	3.141	4927
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.744	3.142	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.958	4.628	7292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.958	4.629	7293
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.173	34.421	10721
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.123	34.153	10569

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.853-1.901	0.522	424	0.497	8040	0.499	8772	0.601	0.624	96.4888	0.556
1.901-1.953	0.411	424	0.414	8045	0.414	8470	0.767	0.768	99.9882	0.414
1.953-2.009	0.285	413	0.245	7859	0.247	8276	0.848	0.865	99.9517	0.218
2.009-2.071	0.248	403	0.214	7651	0.216	8054	0.891	0.9	100	0.189
2.071-2.139	0.229	392	0.199	7444	0.201	7836	0.908	0.917	100	0.172
2.139-2.213	0.273	375	0.242	7120	0.244	7534	0.888	0.899	99.4823	0.201
2.213-2.297	0.398	362	0.365	6879	0.367	7340	0.809	0.826	98.6512	0.338
2.297-2.39	0.253	351	0.196	6682	0.198	7036	0.92	0.937	99.9574	0.156
2.39-2.496	0.239	339	0.171	6424	0.175	6763	0.923	0.943	100	0.141
2.496-2.618	0.205	324	0.155	6171	0.158	6495	0.946	0.955	100	0.129
2.618-2.759	0.216	308	0.151	5850	0.154	6158	0.943	0.96	100	0.128
2.759-2.926	0.204	292	0.155	5543	0.158	5835	0.947	0.96	100	0.133
2.926-3.127	0.222	277	0.161	5255	0.164	5532	0.94	0.957	100	0.142
3.127-3.376	0.171	257	0.158	4894	0.159	5151	0.963	0.964	100	0.144
3.376-3.697	0.229	238	0.177	4518	0.18	4762	0.941	0.958	99.874	0.161
3.697-4.13	0.191	215	0.149	4093	0.151	4312	0.957	0.968	99.9072	0.138
4.13-4.764	0.159	192	0.125	3643	0.126	3835	0.972	0.98	100	0.126
4.764-5.82	0.193	165	0.143	3131	0.145	3296	0.973	0.978	100	0.145
5.82-8.172	0.177	129	0.165	2464	0.165	2593	0.967	0.97	100	0.166
8.172-48.545	0.209	79	0.215	1483	0.214	1564	0.957	0.95	99.8721	0.222

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関連情報:EMDBヘッダ

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