PDB-8agh: BK Polyomavirus VP1 mutant E73A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8agh

タイトル

BK Polyomavirus VP1 mutant E73A

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Patient-derived VP1 mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Betapolyomavirus hominis (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.887 Å

データ登録者

Sorin, M.N. / Di Maio, A. / Silva, L.M. / Ebert, D. / Delannoy, C. / Nguyen, N.-K. / Guerardel, Y. / Chai, W. / Halary, F. / Renaudin-Autain, K. ...

資金援助

フランス,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of natural capsid variants suggests sialic acid-independent entry of BK polyomavirus.
著者: Sorin, M.N. / Di Maio, A. / Silva, L.M. / Ebert, D. / Delannoy, C.P. / Nguyen, N.K. / Guerardel, Y. / Chai, W. / Halary, F. / Renaudin-Autain, K. / Liu, Y. / Bressollette-Bodin, C. / Stehle, T. / McIlroy, D.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8agh.cif.gz	277.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8agh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8agh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8agoC 8ah0C 8ah1C 4mj1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

149 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.488, 152.305, 62.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 29743.443 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Betapolyomavirus hominis (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03088
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3.350 Lithium Chloride HEPES / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.887→50 Å / Num. obs: 111193 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.63
反射シェル	解像度: 1.887→1.935 Å / Num. unique obs: 17862 / CC_1/2: 0.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MJ1

4mj1

解像度: 1.887→47.898 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.575 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	5587	5 %
R_work	0.1745	106147	-
all	0.176	-	-
obs	-	111193	99.888 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.446 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.532 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.887→47.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9792	0	35	626	10453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	10115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	9214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.62	1.646	13783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.329	1.573	21191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.686	5	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.614	22.889	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.2	15	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.263	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	8801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	4792
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4951
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	566
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.024	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.6	3.185	5231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.599	3.185	5230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.539	4.754	6528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.538	4.754	6529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.092	3.372	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.092	3.372	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.423	4.963	7252
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.422	4.964	7253
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.686	36.943	10567
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.668	36.808	10477

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.887-1.935	0.291	403	0.283	7666	0.284	8177	0.804	0.807	98.6792	0.268
1.935-1.988	0.283	398	0.25	7560	0.251	7958	0.849	0.855	100	0.227
1.988-2.046	0.247	387	0.219	7350	0.22	7737	0.897	0.905	100	0.193
2.046-2.109	0.254	377	0.208	7164	0.21	7542	0.896	0.915	99.9867	0.18
2.109-2.178	0.243	366	0.202	6946	0.204	7312	0.909	0.922	100	0.171
2.178-2.254	0.233	354	0.192	6725	0.194	7080	0.925	0.929	99.9859	0.16
2.254-2.339	0.224	340	0.183	6461	0.185	6801	0.929	0.937	100	0.149
2.339-2.434	0.218	329	0.179	6260	0.181	6589	0.933	0.943	100	0.148
2.434-2.542	0.245	316	0.182	6008	0.185	6324	0.923	0.943	100	0.147
2.542-2.666	0.215	303	0.176	5751	0.178	6054	0.939	0.947	100	0.145
2.666-2.81	0.206	290	0.165	5505	0.167	5795	0.949	0.955	100	0.136
2.81-2.979	0.24	273	0.176	5187	0.179	5460	0.925	0.949	100	0.15
2.979-3.184	0.231	256	0.171	4874	0.174	5130	0.934	0.954	100	0.15
3.184-3.438	0.211	242	0.169	4589	0.171	4831	0.946	0.959	100	0.155
3.438-3.764	0.215	222	0.17	4216	0.172	4438	0.949	0.959	100	0.161
3.764-4.205	0.17	203	0.143	3856	0.145	4059	0.967	0.972	100	0.141
4.205-4.85	0.144	179	0.125	3412	0.126	3591	0.979	0.98	100	0.126
4.85-5.925	0.192	153	0.152	2911	0.154	3064	0.963	0.971	100	0.153
5.925-8.315	0.211	122	0.172	2312	0.174	2434	0.957	0.966	100	0.172
8.315-47.898	0.187	74	0.208	1394	0.207	1472	0.948	0.953	99.7283	0.216

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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