PDB-8aew: Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - N-terminal Apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aew

タイトル

Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - N-terminal Apo

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / bi-functional enzyme / reductase / malonyl-CoA / 3-hydroxypropionate / 3-HP cycle

機能・相同性

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

機能・相同性情報

生物種

Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/F017324/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/D524840/1	英国
Wellcome Trust	202926/Z/16/Z	英国

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Dynamic lid domain of Chloroflexus aurantiacus Malonyl-CoA reductase controls the reaction.
著者: Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aew.cif.gz	416.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aew.ent.gz	345.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aew_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aew_full_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示
XML形式データ	8aew_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	8aew_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a30C 8a7sC 8a8tC 8aeoC 8aeqC 8aerC 8aetC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.761, 86.787, 260.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 58830.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア) 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Sodium cacodylate, pH 6.5, 40% (w/v) MPD 5% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日
放射	モノクロメーター: Se / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→82.34 Å / Num. obs: 68074 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 58.25 Å² / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1095 / R_pim(I) all: 0.1095 / R_rim(I) all: 0.1548 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.72→2.817 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 1.273 / Num. unique obs: 6553 / CC_1/2: 0.478 / CC star: 0.804 / R_pim(I) all: 1 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 96.09

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.72→82.34 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2904	1708	5.05 %
R_work	0.2437	-	-
obs	0.2462	33849	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→82.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8019	0	0	0	8019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8157
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	11099
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.531	1165
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	1477

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.72-2.8	0.4526	147	0.4043	2532	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8-2.89	0.4342	132	0.3932	2594	X-RAY DIFFRACTION	96
2.89-2.99	0.4035	141	0.3826	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.99-3.11	0.4465	139	0.3674	2604	X-RAY DIFFRACTION	97
3.11-3.26	0.4407	149	0.329	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
3.26-3.43	0.3717	138	0.3152	2660	X-RAY DIFFRACTION	98
3.43-3.64	0.3234	122	0.2745	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
3.64-3.92	0.2734	137	0.2442	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
3.92-4.32	0.2627	147	0.2056	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
4.32-4.94	0.2128	134	0.1814	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-6.23	0.26	166	0.2166	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
6.23-10	0.223	156	0.1717	2921	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2801	-0.598	0.7428	2.1153	3.6196	7.9525	-0.3927	0.0723	0.3351	-0.7976	-0.2101	0.2862	-1.7402	-0.1369	0.513	0.6906	-0.0588	-0.1724	0.4705	0.0283	0.6017	-1.8811	27.4944	-27.5487
2	6.3105	0.6649	-2.2078	2.0642	-2.9846	6.7413	-0.3051	0.6415	0.9045	0.0683	0.3351	0.9431	-1.1955	-1.9353	-0.0789	1.1498	0.1114	-0.1677	1.3456	0.0247	0.8471	-25.9533	22.8145	-36.9983
3	0.8563	-0.2346	-1.4146	0.4438	-0.0684	4.0273	-0.2337	0.2273	-0.0628	-0.2788	-0.0656	0.1205	0.0313	-0.1623	0.298	0.6892	-0.0639	-0.0044	0.5852	-0.069	0.6141	-8.2144	10.1902	-40.6047
4	3.9409	0.2514	-0.2726	2.3488	-0.1503	6.1314	1.17	-0.2658	-0.5937	-1.927	0.2003	-1.0212	-0.8212	1.549	0.0239	1.092	-0.3125	0.1451	1.2892	0.0882	0.9098	12.8664	13.0049	-67.4886
5	2.0146	0.635	0.5269	3.9669	1.8059	8.7909	-0.3429	0.2936	0.0764	-0.6105	-0.0711	0.1771	-0.7248	0.116	0.3305	0.4924	0.0035	-0.0311	0.5708	-0.0434	0.5114	-3.6756	12.8683	-53.1221
6	2.196	-0.7674	-0.7606	2.6442	2.3628	4.6731	-0.3322	-0.1395	-0.2695	0.9206	-0.0761	0.1385	1.9701	0.1976	0.3573	1.0737	0.0918	0.2123	0.4884	0.0277	0.5583	-12.7488	-5.2409	-8.2341
7	5.6198	1.366	2.5747	2.7262	-1.4328	3.0325	-0.4838	-1.115	-0.88	0.2984	0.6432	-1.1141	1.2989	0.591	-0.0619	1.519	0.2389	0.0049	0.7697	-0.0554	0.8781	10.6303	-11.4544	-16.3168
8	7.9657	0.1491	-1.2755	1.9567	-0.2481	4.2674	-0.0403	-0.3675	-0.1629	0.224	-0.1883	0.033	0.6273	0.4277	0.2679	0.6152	0.007	0.0253	0.4227	-0.0223	0.4793	1.282	8.12	-13.6985
9	0.9292	1.6591	1.5578	3.6835	1.2414	5.149	-0.2526	0.3409	-0.0634	-0.431	0.1885	0.2392	1.5496	0.2067	0.0424	1.112	0.0767	0.1465	0.6072	-0.095	0.6783	-12.0528	-18.7746	-39.7263
10	0.6198	0.6595	0.617	5.8624	3.0084	3.857	0.0373	0.2873	-0.2263	1.5395	-0.724	1.1932	3.1216	-1.0142	0.801	2.0398	-0.3051	0.407	0.8398	-0.2307	0.9292	-21.648	-27.3925	-31.3813
11	2.8451	-0.5603	0.4446	6.8014	2.5571	4.2138	-1.1247	0.3562	-0.851	1.8609	0.5014	-0.0104	2.4574	0.3855	-0.4565	1.886	0.2986	0.206	0.6038	-0.1124	0.6572	-7.3765	-24.2699	-33.3919
12	1.5789	0.3288	0.3973	5.6308	1.7511	5.1322	-0.0197	0.2704	-0.2289	0.0757	0.0648	-0.4073	1.4235	0.6265	0.0463	0.9975	0.149	0.0998	0.5739	-0.0531	0.5506	-7.1281	-16.3406	-37.4738

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 4 through 206 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 207 through 233 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 234 through 339 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 340 through 370 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 371 through 548 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 4 through 206 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 207 through 233 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 234 through 274 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 275 through 339 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 340 through 424 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 425 through 466 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 467 through 548 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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