PDB-8aer: Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aer

タイトル

Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal Y731A variant

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / site-directed mutagenesis / bi-functional enzyme / reductase / malonyl-CoA / 3-hydroxypropionate / 3-HP cycle

機能・相同性

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

機能・相同性情報

生物種

Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/F017324/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/D524840/1	英国
Wellcome Trust	202926/Z/16/Z	英国

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Dynamic lid domain of Chloroflexus aurantiacus Malonyl-CoA reductase controls the reaction.
著者: Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aer.cif.gz	268.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aer.ent.gz	211.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aer.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aer_validation.pdf.gz	434 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aer_full_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示
XML形式データ	8aer_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	8aer_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8aer	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a30SC 8a7sC 8a8tC 8aeoC 8aeqC 8aetC 8aewC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

73.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.710, 124.510, 74.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1450- HOH
2	1	A-1824- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 73229.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア) 株: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 1 M Ammonium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→48 Å / Num. obs: 156726 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.2 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04429 / R_pim(I) all: 0.0449 / R_rim(I) all: 0.06263 / Net I/σ(I): 9.44
反射シェル	解像度: 1.77→1.833 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.3991 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 15751 / CC_1/2: 0.665 / CC star: 0.894 / R_rim(I) all: 0.5644 / R_sym value: 0.3991 / % possible all: 97.09

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8A30

8a30

解像度: 1.77→48 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1964	4118	4.91 %
R_work	0.1736	-	-
obs	0.1748	83836	96.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4806	0	2	432	5240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4894
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	6642
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.882	689
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.024	875

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.79	0.2766	136	0.2605	2792	X-RAY DIFFRACTION	97
1.79-1.81	0.2502	149	0.2448	2703	X-RAY DIFFRACTION	97
1.81-1.84	0.2427	133	0.2338	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
1.84-1.86	0.2377	149	0.2192	2786	X-RAY DIFFRACTION	97
1.86-1.89	0.2697	116	0.2225	2768	X-RAY DIFFRACTION	97
1.89-1.91	0.2668	148	0.2307	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
1.91-1.94	0.2892	129	0.259	2777	X-RAY DIFFRACTION	98
1.94-1.97	0.2963	141	0.2415	2789	X-RAY DIFFRACTION	97
1.97-2	0.2373	141	0.2208	2787	X-RAY DIFFRACTION	98
2-2.04	0.2464	124	0.2051	2787	X-RAY DIFFRACTION	97
2.04-2.07	0.2691	150	0.1973	2804	X-RAY DIFFRACTION	98
2.07-2.11	0.2138	143	0.1834	2788	X-RAY DIFFRACTION	98
2.11-2.16	0.2343	152	0.1888	2762	X-RAY DIFFRACTION	98
2.16-2.2	0.2145	143	0.1817	2802	X-RAY DIFFRACTION	98
2.21-2.26	0.2068	131	0.1859	2774	X-RAY DIFFRACTION	98
2.26-2.31	0.2385	135	0.188	2807	X-RAY DIFFRACTION	97
2.31-2.38	0.2397	133	0.1971	2789	X-RAY DIFFRACTION	97
2.38-2.45	0.213	140	0.1908	2783	X-RAY DIFFRACTION	97
2.45-2.52	0.234	146	0.1882	2726	X-RAY DIFFRACTION	96
2.52-2.61	0.1878	157	0.1854	2736	X-RAY DIFFRACTION	96
2.61-2.72	0.1965	177	0.184	2639	X-RAY DIFFRACTION	94
2.72-2.84	0.2368	150	0.1861	2687	X-RAY DIFFRACTION	94
2.84-2.99	0.2041	140	0.1958	2713	X-RAY DIFFRACTION	95
2.99-3.18	0.2012	128	0.1881	2654	X-RAY DIFFRACTION	93
3.18-3.43	0.1811	158	0.1709	2648	X-RAY DIFFRACTION	93
3.43-3.77	0.1739	139	0.1576	2626	X-RAY DIFFRACTION	92
3.77-4.32	0.1602	134	0.142	2675	X-RAY DIFFRACTION	93
4.32-5.43	0.1573	141	0.1409	2709	X-RAY DIFFRACTION	94
5.44-10	0.179	155	0.1489	2804	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5853	-0.1475	0.9309	4.6295	0.891	3.3445	0.06	-0.0843	-0.3729	0.4468	0.0092	0.2781	0.6638	-0.0447	-0.0519	0.3491	0.0372	0.0566	0.2726	0.0691	0.2954	-8.1297	-5.5168	17.7273
2	2.0229	-1.2604	-0.3174	2.8192	0.7122	1.6138	-0.0506	0.0501	-0.0981	0.0351	0.0071	0.0847	0.0024	0.1134	0.0406	0.2075	0.0143	0.0031	0.2513	0.0086	0.2111	-5.6943	14.3551	15.3394
3	3.9584	-0.3034	1.029	3.4344	1.52	3.7314	-0.0715	0.0393	-0.4829	0.1596	-0.0463	0.6224	-0.0517	-0.2517	0.1426	0.2484	0.0756	0.0334	0.2856	-0.0108	0.4806	-39.1457	32.2798	13.3318
4	2.8926	-0.6107	-1.036	1.4114	0.7435	0.5802	0.1234	0.382	0.1308	-0.1626	-0.3702	0.5296	-0.1573	-0.3551	0.1926	0.2259	0.0752	-0.0333	0.3974	-0.0974	0.4391	-18.8622	9.0384	-0.5614
5	0.3072	-0.6086	-0.6142	1.7671	1.5102	1.3711	0.0767	0.1392	0.0996	-0.5485	0.0022	-0.0648	-0.5923	0.0771	-0.0756	0.5297	-0.0452	-0.0159	0.3935	0.0551	0.3508	-3.7662	36.4747	9.3055
6	1.0621	-0.7587	-0.3941	3.2096	0.9826	1.659	-0.0315	-0.0533	0.1399	-0.0274	0.0741	-0.1671	-0.3182	0.1537	-0.0324	0.3224	-0.0237	-0.0131	0.2814	0.0195	0.2404	-5.2915	36.075	22.364
7	8.5776	1.7638	-1.0066	4.7879	0.3208	4.5262	0.1239	0.5632	0.4661	-0.5222	0.0094	-0.5208	-0.551	0.5705	-0.1	0.6297	-0.0739	0.0581	0.4419	0.0593	0.3438	-1.1468	41.9682	10.0774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 560 through 657 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 658 through 783 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 784 through 898 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 899 through 937 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 938 through 1000 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1001 through 1154 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1155 through 1201 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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