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- PDB-8aed: Broadly neutralizing DARPin bnD.9 in complex with the HIV-1 envel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aed
タイトルBroadly neutralizing DARPin bnD.9 in complex with the HIV-1 envelope variable loop 3 peptide V3 (BG505)
要素
  • Broadly neutralizing DARPin bnD.9
  • Envelope glycoprotein gp160
キーワードDE NOVO PROTEIN / DARPin / HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRIC ACID / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Mittl, P. / Gloegl, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Trapping the HIV-1 V3 loop in a helical conformation enables broad neutralization.
著者: Matthias Glögl / Nikolas Friedrich / Gabriele Cerutti / Thomas Lemmin / Young D Kwon / Jason Gorman / Liridona Maliqi / Peer R E Mittl / Maria C Hesselman / Daniel Schmidt / Jacqueline Weber ...著者: Matthias Glögl / Nikolas Friedrich / Gabriele Cerutti / Thomas Lemmin / Young D Kwon / Jason Gorman / Liridona Maliqi / Peer R E Mittl / Maria C Hesselman / Daniel Schmidt / Jacqueline Weber / Caio Foulkes / Adam S Dingens / Tatsiana Bylund / Adam S Olia / Raffaello Verardi / Thomas Reinberg / Nicolas S Baumann / Peter Rusert / Birgit Dreier / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / Andreas Plückthun / Alexandra Trkola /
要旨: The third variable (V3) loop on the human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) envelope glycoprotein trimer is indispensable for virus cell entry. Conformational masking of V3 within the trimer allows ...The third variable (V3) loop on the human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) envelope glycoprotein trimer is indispensable for virus cell entry. Conformational masking of V3 within the trimer allows efficient neutralization via V3 only by rare, broadly neutralizing glycan-dependent antibodies targeting the closed prefusion trimer but not by abundant antibodies that access the V3 crown on open trimers after CD4 attachment. Here, we report on a distinct category of V3-specific inhibitors based on designed ankyrin repeat protein (DARPin) technology that reinstitute the CD4-bound state as a key neutralization target with up to >90% breadth. Broadly neutralizing DARPins (bnDs) bound V3 solely on open envelope and recognized a four-turn amphipathic α-helix in the carboxy-terminal half of V3 (amino acids 314-324), which we termed 'αV3C'. The bnD contact surface on αV3C was as conserved as the CD4 binding site. Molecular dynamics and escape mutation analyses underscored the functional relevance of αV3C, highlighting the potential of αV3C-based inhibitors and, more generally, of postattachment inhibition of HIV-1.
履歴
登録2022年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Broadly neutralizing DARPin bnD.9
B: Broadly neutralizing DARPin bnD.9
C: Envelope glycoprotein gp160
D: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,38015
ポリマ－39,5574
非ポリマー82411
水8,881493
1
A: Broadly neutralizing DARPin bnD.9
C: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2619
ポリマ－19,7782
非ポリマー4837
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8580 Å2
手法PISA
2
B: Broadly neutralizing DARPin bnD.9
D: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1196
ポリマ－19,7782
非ポリマー3414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.795, 55.233, 58.032
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Broadly neutralizing DARPin bnD.9


分子量: 17211.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 2566.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9Q714

-
非ポリマー , 5種, 504分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM trisodium citrate, pH 4.31 165 mM magnesium acetate 20% PEG smear broad (PSB)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→57.39 Å / Num. obs: 79970 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 10.56 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.17→1.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3995 / CC1/2: 0.635 / % possible all: 43.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QYJ

2qyj


解像度: 1.17→50.23 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1839 3993 4.99 %
Rwork0.1541 75973 -
obs0.1556 79966 74.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.1 Å2 / Biso mean: 15.9323 Å2 / Biso min: 5.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.17→50.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2716 0 93 493 3302
Biso mean--22.49 29.43 -
残基数----362
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.17-1.180.2761270.255345348013
1.18-1.190.3058250.222554857316
1.19-1.210.2356340.219764968318
1.21-1.230.3312360.216578782322
1.23-1.240.2726500.204793298227
1.24-1.260.2422640.20671112117632
1.26-1.280.2836740.19991365143939
1.28-1.30.2761900.19571670176047
1.3-1.320.24921090.18772139224861
1.32-1.340.21641220.1772411253368
1.34-1.370.21391400.17212645278576
1.37-1.390.23721530.16712923307683
1.39-1.420.21971720.16343193336591
1.42-1.450.19131780.16373369354795
1.45-1.490.1781760.15093337351396
1.49-1.520.17421780.14653384356296
1.52-1.570.16991780.14333381355996
1.57-1.610.18481780.14223389356796
1.61-1.660.16671810.1483427360896
1.66-1.720.17551790.14573392357197
1.72-1.790.19891820.14383432361497
1.79-1.870.18151800.15043470365097
1.87-1.970.19661810.14553431361298
1.97-2.10.16771810.13653471365298
2.1-2.260.15691820.14113477365998
2.26-2.490.16981820.14313502368498
2.49-2.840.17421850.14713529371499
2.85-3.580.15811860.15323540372699
3.58-50.230.2011900.17023615380599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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