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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8abh | ||||||
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タイトル | Complex III2 from Yarrowia lipolytica, antimycin A bound, b-position | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / oxidoreductase / electron transport chain / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista ...mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / nuclear periphery / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yarrowia lipolytica (酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Wieferig, J.P. / Kuhlbrandt, W. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2023 タイトル: Analysis of the conformational heterogeneity of the Rieske iron-sulfur protein in complex III by cryo-EM. 著者: Jan Philip Wieferig / Werner Kühlbrandt / 要旨: Movement of the Rieske domain of the iron-sulfur protein is essential for intramolecular electron transfer within complex III (CIII) of the respiratory chain as it bridges a gap in the cofactor chain ...Movement of the Rieske domain of the iron-sulfur protein is essential for intramolecular electron transfer within complex III (CIII) of the respiratory chain as it bridges a gap in the cofactor chain towards the electron acceptor cytochrome c. We present cryo-EM structures of CIII from Yarrowia lipolytica at resolutions up to 2.0 Å under different conditions, with different redox states of the cofactors of the high-potential chain. All possible permutations of three primary positions were observed, indicating that the two halves of the dimeric complex act independently. Addition of the substrate analogue decylubiquinone to CIII with a reduced high-potential chain increased the occupancy of the Q site. The extent of Rieske domain interactions through hydrogen bonds to the cytochrome b and cytochrome c subunits varied depending on the redox state and substrate. In the absence of quinols, the reduced Rieske domain interacted more closely with cytochrome b and cytochrome c than in the oxidized state. Upon addition of the inhibitor antimycin A, the heterogeneity of the cd-helix and ef-loop increased, which may be indicative of a long-range effect on the Rieske domain. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8abh.cif.gz | 827.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8abh.ent.gz | 669.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8abh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8abh_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8abh_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8abh_validation.xml.gz | 134.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8abh_validation.cif.gz | 191 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15321MC 8ab6C 8ab7C 8ab8C 8ab9C 8abaC 8abbC 8abeC 8abfC 8abgC 8abiC 8abjC 8abkC 8ablC 8abmC 8ac3C 8ac4C 8ac5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 6種, 12分子 CNFQALDOITJU
#1: タンパク質 | 分子量: 43409.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q9B6D0 #4: タンパク質 | 分子量: 15789.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6C0H4 #5: タンパク質 | 分子量: 52846.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CGY9 #7: タンパク質 | 分子量: 36555.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CGP7 #9: タンパク質 | 分子量: 8038.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CG23 #10: タンパク質 | 分子量: 9114.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CC60 |
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-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 4種, 8分子 PEGRBMHS
#2: タンパク質 | 分子量: 24563.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CI02, quinol-cytochrome-c reductase #3: タンパク質 | 分子量: 14675.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6C3K7 #6: タンパク質 | 分子量: 44277.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6C2E3 #8: タンパク質 | 分子量: 10463.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6C387 |
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-糖 , 1種, 2分子
#17: 糖 |
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-非ポリマー , 8種, 29分子
#11: 化合物 | ChemComp-HEM / #12: 化合物 | ChemComp-PC1 / #13: 化合物 | ChemComp-PTY / #14: 化合物 | ChemComp-CDL / #15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-FES / | #18: 化合物 | #19: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex III2, with antimycin A, b-position / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45247 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 32558 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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