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- PDB-8ac5: Complex III2 from Yarrowia lipolytica, with decylubiquinol, oxidi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ac5
タイトルComplex III2 from Yarrowia lipolytica, with decylubiquinol, oxidised, b-position
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 4
  • Complex III subunit 9
  • Cytochrome b
  • YALI0A14806p
  • YALI0A17468p
  • YALI0C12210p
  • YALI0F24673p
キーワードMEMBRANE PROTEIN / oxidoreductase / electron transport chain
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista ...mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / nuclear periphery / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / YALI0F24673p / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 ...CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / YALI0F24673p / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / YALI0C12210p / Complex III subunit 9 / quinol--cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wieferig, J.P. / Kuhlbrandt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2023
タイトル: Analysis of the conformational heterogeneity of the Rieske iron-sulfur protein in complex III by cryo-EM.
著者: Jan Philip Wieferig / Werner Kühlbrandt /
要旨: Movement of the Rieske domain of the iron-sulfur protein is essential for intramolecular electron transfer within complex III (CIII) of the respiratory chain as it bridges a gap in the cofactor chain ...Movement of the Rieske domain of the iron-sulfur protein is essential for intramolecular electron transfer within complex III (CIII) of the respiratory chain as it bridges a gap in the cofactor chain towards the electron acceptor cytochrome c. We present cryo-EM structures of CIII from Yarrowia lipolytica at resolutions up to 2.0 Å under different conditions, with different redox states of the cofactors of the high-potential chain. All possible permutations of three primary positions were observed, indicating that the two halves of the dimeric complex act independently. Addition of the substrate analogue decylubiquinone to CIII with a reduced high-potential chain increased the occupancy of the Q site. The extent of Rieske domain interactions through hydrogen bonds to the cytochrome b and cytochrome c subunits varied depending on the redox state and substrate. In the absence of quinols, the reduced Rieske domain interacted more closely with cytochrome b and cytochrome c than in the oxidized state. Upon addition of the inhibitor antimycin A, the heterogeneity of the cd-helix and ef-loop increased, which may be indicative of a long-range effect on the Rieske domain.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification ..._em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Cytochrome b
P: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
F: YALI0F24673p
A: YALI0A14806p
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
D: YALI0A17468p
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
I: Complex III subunit 9
J: YALI0C12210p
N: Cytochrome b
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
R: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
Q: YALI0F24673p
L: YALI0A14806p
M: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
O: YALI0A17468p
S: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
T: Complex III subunit 9
U: YALI0C12210p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)547,32251
ポリマ－519,47220
非ポリマー27,85031
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21N
12P
22E
13G
23R
14F
24Q
15A
25L
16B
26M
17D
27O
18H
28S
19I
29T
110J
210U

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEUCA1 - 3831 - 383
21METMETLEULEUNK1 - 3831 - 383
12GLYGLYASPASPPB39 - 9639 - 96
22GLYGLYASPASPEL39 - 9639 - 96
13ALAALAVALVALGC2 - 1252 - 125
23ALAALAVALVALRM2 - 1252 - 125
14PROPROLEULEUFD76 - 14666 - 136
24PROPROLEULEUQN76 - 14666 - 136
15VALVALTRPTRPAE26 - 47426 - 474
25VALVALTRPTRPLO26 - 47426 - 474
16PHEPHELEULEUBF15 - 41615 - 416
26PHEPHELEULEUMP15 - 41615 - 416
17METMETPROPRODG85 - 32885 - 328
27METMETPROPROOQ85 - 32885 - 328
18TYRTYRLEULEUHH9 - 937 - 91
28TYRTYRLEULEUSR9 - 937 - 91
19ALAALATYRTYRII4 - 574 - 57
29ALAALATYRTYRTS4 - 574 - 57
110TYRTYRPHEPHEJJ8 - 828 - 82
210TYRTYRPHEPHEUT8 - 828 - 82

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

-
タンパク質 , 6種, 12分子 CNFQALDOITJU

#1: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 43409.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q9B6D0
#4: タンパク質 YALI0F24673p


分子量: 15789.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6C0H4
#5: タンパク質 YALI0A14806p


分子量: 52846.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CGY9
#7: タンパク質 YALI0A17468p


分子量: 36555.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CGP7
#9: タンパク質 Complex III subunit 9


分子量: 8038.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CG23
#10: タンパク質 YALI0C12210p


分子量: 9114.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CC60

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 4種, 8分子 PEGRBMHS

#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 24563.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6CI02, quinol-cytochrome-c reductase
#3: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 14 kDa protein


分子量: 14675.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6C3K7
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2


分子量: 44277.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6C2E3
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII


分子量: 10463.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CLIB 122 / E 150 / 参照: UniProt: Q6C387

-
糖 , 1種, 4分子

#15: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 27分子

#11: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物 ChemComp-XP4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 591.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H60O8P / コメント: DMPA, リン脂質*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Complex III2, with decylubiquinone, oxidised, b-position
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10REFMACモデル精密化
11RELION初期オイラー角割当
12RELION最終オイラー角割当
13RELION分類
14RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25944 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.1→162.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / SU B: 17.721 / SU ML: 0.292 / ESU R: 0.644
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.23388 --
obs0.23388 171304 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 90.014 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20.22 Å20.1 Å2
2--0.56 Å20.07 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 32527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01233359
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7081.6645344
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.73753975
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg35.78122.3361588
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg18.038155138
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg17.6215166
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1120.24330
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.0225132
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.8138.39615966
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it9.47112.61119919
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it9.5459.6117393
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined23.18323.183138820
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C267860.05
12N267860.05
21P33000.06
22E33000.06
31G82140.06
32R82140.06
41F45480.08
42Q45480.08
51A292060.07
52L292060.07
61B254400.09
62M254400.09
71D157460.03
72O157460.03
81H51620.01
82S51620.01
91I36680.01
92T36680.01
101J44840.05
102U44840.05
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.568 12661 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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