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- PDB-8aau: LIM Domain Kinase 1 (LIMK1) bound to LIMKi3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aau
タイトルLIM Domain Kinase 1 (LIMK1) bound to LIMKi3
要素LIM domain kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase Small-molecule inhibitor CFL-1 Actin cytoskeleton dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament bundle assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / axon extension / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / ubiquitin ligase inhibitor activity / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / Rho protein signal transduction ...positive regulation of actin filament bundle assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / axon extension / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / ubiquitin ligase inhibitor activity / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / Rho protein signal transduction / positive regulation of axon extension / positive regulation of stress fiber assembly / heat shock protein binding / EPHB-mediated forward signaling / male germ cell nucleus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / nervous system development / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / neuron projection / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LH0 / LIM domain kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Mathea, S. / Salah, E. / Hanke, T. / Knapp, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Development and Characterization of Type I, Type II, and Type III LIM-Kinase Chemical Probes.
著者: Hanke, T. / Mathea, S. / Woortman, J. / Salah, E. / Berger, B.T. / Tumber, A. / Kashima, R. / Hata, A. / Kuster, B. / Muller, S. / Knapp, S.
履歴
登録2022年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8017
ポリマ－35,9951
非ポリマー8066
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)85.668, 85.668, 182.108
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-884-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 L

#1: タンパク質 LIM domain kinase 1 / LIMK-1


分子量: 35994.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK1, LIMK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53667, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 105分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-LH0 / ~{N}-[5-[2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-5-[bis(fluoranyl)methyl]pyrazol-3-yl]-1,3-thiazol-2-yl]-2-methyl-propanamide


分子量: 431.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14Cl2F2N4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M acetate pH 4.5, 0.2 M lithium sulfate, 12% PEG8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→68.71 Å / Num. obs: 41448 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 33.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.01899 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2391 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4039 / CC1/2: 0.913 / % possible all: 99.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NXD

5nxd


解像度: 1.74→68.71 Å / SU ML: 0.1721 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3019
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 2043 4.93 %
Rwork0.2114 39405 -
obs0.2128 41448 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→68.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2273 0 47 99 2419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01012390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0783247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0687351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6024344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.780.28721170.29012580X-RAY DIFFRACTION99.96
1.78-1.820.29291340.25662575X-RAY DIFFRACTION99.96
1.82-1.870.28981280.23042570X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.930.27041290.22372574X-RAY DIFFRACTION99.96
1.93-1.990.24481480.23312584X-RAY DIFFRACTION99.96
1.99-2.060.29551490.24812564X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.140.2541410.22812585X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.240.22371260.21412597X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.360.22341220.2132619X-RAY DIFFRACTION99.96
2.36-2.510.27631360.22862620X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.70.2681250.23012634X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.970.23541670.23342621X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.40.23891380.21942660X-RAY DIFFRACTION100
3.4-4.290.21251420.19142722X-RAY DIFFRACTION100
4.29-68.710.23291410.19092900X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.13696179659-1.24311520015-0.4456124911441.79819390453-0.6281239826330.447993424215-0.05953138057540.4811024494230.2963756146990.01375720825090.03604112246620.0683210639205-0.0662639188352-0.11489349190.008169822317740.336706008162-0.0566560357672-0.007863641249420.3529848745830.06530908020780.21778885291-19.920878789844.5774757444-12.8924163535
24.1671348922-0.03020764882731.469600921021.58641985484-0.2573109077012.32079671964-0.1287038966660.142634051973-0.4445702814640.02885056485130.08156067992670.012621845531-0.007295422400060.1064767965240.04536759178510.270799100645-0.02352757592210.03787940998680.2319228037830.003642544121450.238241048818-3.7030472014426.6781379916-4.86130710267
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: L / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'L' and (resid 328 through 433 )328 - 4331 - 106
22chain 'L' and (resid 434 through 634 )434 - 634107 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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