PDB-8a8t: Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a8t

タイトル

Malonyl-CoA reductase from Chloroflexus aurantiacus - C-terminal NADP and malonate bound

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Malonyl-CoA / Chloroflexus aurantiacus / reductase / 3-hydroxypropionate / 3-HP cycle / bi-functional enzyme / carbon fixation

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/F017324/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/D524840/1	英国
Wellcome Trust	202926/Z/16/Z	英国

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Dynamic lid domain of Chloroflexus aurantiacus Malonyl-CoA reductase controls the reaction.
著者: Kabasakal, B.V. / Cotton, C.A.R. / Murray, J.W.

履歴

登録	2022年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a8t.cif.gz	272.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a8t.ent.gz	215.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a8t_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a8t_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8a8t_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	8a8t_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a30SC 8a7sC 8aeoC 8aeqC 8aerC 8aetC 8aewC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

74.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.960, 126.290, 74.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.84, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1535- HOH
2	1	A-1666- HOH
3	1	A-1677- HOH

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 73321.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア) 遺伝子: Caur_2614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WIU3
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.8 M succinic acid, pH 7.0, 0.5 mM NADPH co-crystallised

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→63.15 Å / Num. obs: 100168 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 42.78 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.03785 / R_pim(I) all: 0.03785 / R_rim(I) all: 0.05353 / Net I/σ(I): 11.14
反射シェル	解像度: 2.11→2.185 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.5348 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 5221 / CC_1/2: 0.624 / CC star: 0.877 / R_pim(I) all: 0.5348 / R_rim(I) all: 0.7564 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8A30

8a30

解像度: 2.11→63.15 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2183	4964	4.96 %
R_work	0.1815	-	-
obs	0.1833	100168	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→63.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4898	0	55	282	5235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5092
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	6926
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.596	1900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	789
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	910

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.13	0.3561	125	0.3214	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.3656	188	0.304	3219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.319	148	0.3035	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.21	0.3188	154	0.3051	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.3515	174	0.3515	3304	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.27	0.4562	167	0.4075	3142	X-RAY DIFFRACTION	98
2.27-2.31	0.3244	187	0.2951	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.3104	178	0.2493	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.38	0.2977	188	0.2458	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.42	0.2325	174	0.2256	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.46	0.2379	177	0.2265	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.274	159	0.2205	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.55	0.2744	215	0.2167	3154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.6	0.2796	177	0.2119	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.66	0.2116	164	0.2073	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.72	0.2099	150	0.2039	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.79	0.2527	184	0.1985	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.86	0.2301	180	0.1981	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.95	0.2426	146	0.2065	3162	X-RAY DIFFRACTION	99
2.95-3.04	0.2505	146	0.2044	3254	X-RAY DIFFRACTION	99
3.04-3.15	0.2912	177	0.2154	3182	X-RAY DIFFRACTION	98
3.15-3.28	0.2466	145	0.21	3081	X-RAY DIFFRACTION	96
3.28-3.43	0.2259	151	0.1797	3123	X-RAY DIFFRACTION	96
3.43-3.61	0.2185	145	0.1645	3085	X-RAY DIFFRACTION	94
3.61-3.83	0.1903	159	0.1575	3026	X-RAY DIFFRACTION	93
3.83-4.13	0.1681	154	0.15	3000	X-RAY DIFFRACTION	94
4.13-4.54	0.1542	170	0.1303	3025	X-RAY DIFFRACTION	93
4.55-5.2	0.1637	170	0.1301	3004	X-RAY DIFFRACTION	94
5.2-6.55	0.1743	166	0.1502	3045	X-RAY DIFFRACTION	94
6.55-10	0.1741	146	0.1231	3163	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5465	-0.6874	0.0208	3.2054	0.5067	1.7576	-0.0631	-0.1524	-0.3583	0.3466	0.0856	0.1567	0.2697	0.0514	-0.0211	0.2846	0.0289	0.0092	0.334	0.072	0.2988	-7.1661	5.1761	16.9324
2	2.7226	-2.6926	-0.5764	3.1669	0.8174	0.4832	-0.1019	0.1192	-0.549	0.0861	-0.1625	0.8119	-0.0725	-0.1936	0.2812	0.3402	0.0408	0.0109	0.3972	0.0223	0.5438	-30.6504	24.0042	9.6005
3	1.0889	-0.6511	-0.2877	2.786	1.1508	1.8987	0.0103	-0.0237	0.1659	-0.0944	0.1015	-0.1687	-0.5316	0.1411	-0.0926	0.3951	-0.0405	0.0324	0.3312	0.0371	0.2468	-4.4298	36.2463	18.4608
4	9.0809	1.2457	-0.5514	8.3131	0.4804	6.1468	0.1833	0.634	0.299	-0.5188	-0.1312	-0.9564	-0.6452	0.6499	-0.0178	0.7015	-0.0871	0.1062	0.4775	0.0666	0.3446	-0.5216	42.0923	9.9822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 560 through 755 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 756 through 937 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 938 through 1154 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1155 through 1201 )

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