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万見
- PDB-8a71: Crystal structure of right-handed Z-DNA containing 2'-deoxy-L-rib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a71
タイトルCrystal structure of right-handed Z-DNA containing 2'-deoxy-L-ribose in complex with the polyamine cadaverine and potassium cations at ultrahigh resolution
要素Right-handed Z-DNA
キーワードDNA / Z-DNA / Right-handed Z-DNA / Cadaverine / Potassium / Cadaverinium cation / Biogenic polyamines / 2-deoxy-L-ribose
機能・相同性: / 5-azaniumylpentylazanium / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.69 Å
データ登録者Drozdzal, P. / Manszewski, T. / Gilski, M. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2013/10/M/NZ1/00251 ポーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Right-handed Z-DNA at ultrahigh resolution: a tale of two hands and the power of the crystallographic method.
著者: Drozdzal, P. / Manszewski, T. / Gilski, M. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Right-handed Z-DNA
B: Right-handed Z-DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7644
ポリマ－3,6202
非ポリマー1432
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area2500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)17.914, 31.127, 44.106
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 Right-handed Z-DNA


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Since oligonucleotides contained the enantiomeric 2-deoxy-L-ribose, the Z-DNA duplex is right-handed.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-LB9 / 5-azaniumylpentylazanium / cadaverine (protonated)


分子量: 104.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H16N2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.57 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.5 MM DNA WATER SOLUTION MIXED 1:1 V/ V WITH 10% MPD, 14 MM CADAVERINE DI-HCL, 12 MM NACL, 80 MM KCL, 40 MM SODIUM CACODYLATE AND EQUILIBRATED AGAINST 80% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.7085 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.69→25.43 Å / Num. obs: 73968 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 5.963 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 7.92
反射 シェル解像度: 0.69→0.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 10347 / CC1/2: 0.786 / Rrim(I) all: 0.486

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7atg

7atg


解像度: 0.69→25.43 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. ANISOTROPIC ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE USED. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITION. THE FINAL REFINEMENT WAS ...詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. ANISOTROPIC ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE USED. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITION. THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL- MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE AND ALL REFLECTIONS. CONFORMATION-DEPENDENT GEOMETRICAL RESTRAINTS ON BOND LENGTHS AND BOND ANGLES FOR THE POLYNUCLEOTIDE CHAINS WERE GENERATED USING THE RESTRAINLIB SERVER: http://achesym.ibch.poznan.pl/restraintlib/) AS DESCRIBED BY Kowiel et al. (2016, 2020) AND Gilski et al. (2019).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1283 1880 2.54 %
Rwork0.1054 --
obs0.1059 72088 96.3 %
原子変位パラメータBiso max: 52.73 Å2 / Biso mean: 7.0004 Å2 / Biso min: 3.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.69→25.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 8 121 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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