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- PDB-8a5q: Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a5q
タイトルStructure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of Chaetomium thermophilum INO80 on straight DNA
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Actin
  • Actin related protein 4 (Arp4)
  • Actin-related protein 8
  • Ies4
  • Ino80 ATPase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / chromatin remodeler / INO80 / Actin-related protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Ino80 complex / cytoskeleton / hydrolase activity / chromatin remodeling / DNA repair / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
INO80 complex, subunit Ies4 / INO80 complex subunit Ies4 / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Actin-related protein 8 / Actin-related protein 4 / INO80 complex subunit 4 / Actin
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kunert, F. / Metzner, F.J. / Eustermann, S. / Jung, J. / Woike, S. / Schall, K. / Kostrewa, D. / Hopfner, K.P.
資金援助European Union, ドイツ, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)833613 INO3DEuropean Union
German Research Foundation (DFG)CRC1064 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1361 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG1721 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Gottfried-Wilhelm-Leibniz Prize ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural mechanism of extranucleosomal DNA readout by the INO80 complex.
著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian ...著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian Eustermann / Karl-Peter Hopfner /
要旨: The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which ...The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which is proposed to be the result of an ATP-dependent nucleosome sliding activity that is regulated by extranucleosomal DNA features. Here, we use cryo-electron microscopy and functional assays to reveal how INO80 binds and is regulated by extranucleosomal DNA. Structures of the regulatory A-module bound to DNA clarify the mechanism of linker DNA binding. The A-module is connected to the motor unit via an HSA/post-HSA lever element to chemomechanically couple the motor and linker DNA sensing. Two notable sites of curved DNA recognition by coordinated action of the four actin/actin-related proteins and the motor suggest how sliding by INO80 can be regulated by extranucleosomal DNA features. Last, the structures clarify the recruitment of YY1/Ies4 subunits and reveal deep architectural similarities between the regulatory modules of INO80 and SWI/SNF complexes.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / refine
Item: _em_admin.last_update / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Ino80 ATPase
K: DNA (26-MER)
L: DNA (26-MER)
U: Actin-related protein 8
V: Actin
W: Actin related protein 4 (Arp4)
X: Ies4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)558,87713
ポリマ－557,2837
非ポリマー1,5946
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area29190 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area70950 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 GUVWX

#1: タンパク質 Ino80 ATPase


分子量: 210443.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: タンパク質 Actin-related protein 8


分子量: 84139.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0023770 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0S519
#5: タンパク質 Actin


分子量: 41735.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0062070 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0SE15
#6: タンパク質 Actin related protein 4 (Arp4)


分子量: 51761.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0055020 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0SBW4
#7: タンパク質 Ies4


分子量: 29015.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0051540 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0SDE9

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DNA鎖 , 2種, 2分子 KL

#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 69840.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 70347.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#8: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA) on straight DNACOMPLEX#1-#70MULTIPLE SOURCES
2INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)COMPLEX#1, #4-#71RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#2-#31MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Thermochaetoides thermophila (菌類)209285
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影電子線照射量: 42.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0352 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.3→3.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / SU B: 16.512 / SU ML: 0.266 / ESU R: 0.368
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.28351 --
obs0.28351 133748 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 127.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 13537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.01213946
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01612207
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.721.66119121
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5251.55628511
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.35251543
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg10.65510106
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.014102212
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0950.22077
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0215119
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.022722
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it13.96410.2086199
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other13.96410.2086199
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it20.84915.3167733
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other20.84715.3227734
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it17.49415.9517747
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other17.49215.9547748
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other28.43623.42211389
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined39.09254086
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other39.09254087
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.766 9875 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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