PDB-8a48: Less crystallisable" IgG1 Fc fragment (E382S variant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a48

タイトル

Less crystallisable" IgG1 Fc fragment (E382S variant)

要素

IgG1 Fc

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / IgG / Fc / Fragment crystallisable

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.044 Å

データ登録者

Sudol, A.S.L. / Tews, I. / Crispin, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Extensive substrate recognition by the streptococcal antibody-degrading enzymes IdeS and EndoS.
著者: Sudol, A.S.L. / Butler, J. / Ivory, D.P. / Tews, I. / Crispin, M.

履歴

登録	2022年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a48.cif.gz	450.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a48.ent.gz	294 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a48_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a48_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8a48_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	8a48_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a47C 8a49C 3aveS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IgG1 Fc

B: IgG1 Fc

ヘテロ分子

54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.780, 106.780, 104.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-511- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 237 - 443 / Label seq-ID: 17 - 223

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: 抗体

IgG1 Fc

分子量: 25570.982 Da / 分子数: 2 / 変異: E382S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFUSE-hIgG1-Fc / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.25 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris (pH 7.5), 25 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.04→47.543 Å / Num. obs: 13476 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.034 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 3.04→3.25 Å / R_merge(I) obs: 1.117 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2358 / R_pim(I) all: 1.117 / R_rim(I) all: 1.58 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AVE

3ave

解像度: 3.044→47.543 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.205 / WR_factor R_work: 0.181 / SU B: 50.271 / SU ML: 0.362 / Average fsc free: 0.9435 / Average fsc work: 0.9454 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.355 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	654	4.853 %
R_work	0.1966	12822	-
all	0.198	-	-
obs	-	13476	99.682 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 136.227 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.364 Å²	0.682 Å²	0 Å²
2-	-	1.364 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.424 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.044→47.543 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3331	0	189	29	3549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	3631
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.797	1.707	4974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.308	1.634	7580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.839	5	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.323	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.075	10	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.999	10	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.039	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	644
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.169	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.073	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.586	10.526	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.585	10.526	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.755	15.787	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.754	15.789	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.57	10.988	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.562	10.977	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.783	16.415	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.778	16.399	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.004	205.615	13897
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.001	205.61	13894
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.121	0.05	6106

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12078	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12078	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.044-3.122	0.46	38	0.391	896	0.394	973	0.815	0.824	95.9918	0.389
3.122-3.207	0.357	42	0.367	910	0.366	952	0.869	0.87	100	0.365
3.207-3.3	0.315	27	0.345	890	0.344	917	0.911	0.899	100	0.34
3.3-3.401	0.351	53	0.33	862	0.332	915	0.905	0.914	100	0.312
3.401-3.512	0.289	43	0.286	812	0.286	855	0.947	0.94	100	0.266
3.512-3.635	0.308	45	0.256	819	0.259	864	0.937	0.957	100	0.234
3.635-3.771	0.276	47	0.242	781	0.244	828	0.937	0.959	100	0.218
3.771-3.924	0.194	30	0.231	763	0.229	793	0.979	0.966	100	0.202
3.924-4.097	0.235	39	0.201	725	0.203	764	0.964	0.974	100	0.181
4.097-4.295	0.204	34	0.18	694	0.182	728	0.973	0.98	100	0.164
4.295-4.526	0.176	35	0.169	666	0.169	701	0.986	0.982	100	0.153
4.526-4.798	0.199	36	0.154	619	0.156	655	0.974	0.985	100	0.146
4.798-5.125	0.148	19	0.158	608	0.158	627	0.99	0.984	100	0.15
5.125-5.53	0.181	50	0.151	535	0.153	585	0.98	0.985	100	0.145
5.53-6.05	0.223	29	0.167	507	0.17	536	0.972	0.982	100	0.162
6.05-6.75	0.21	30	0.185	467	0.186	497	0.977	0.978	100	0.177
6.75-7.769	0.267	19	0.182	421	0.185	440	0.951	0.979	100	0.19
7.769-9.452	0.211	16	0.146	367	0.148	383	0.975	0.986	100	0.161
9.452-13.11	0.146	13	0.167	293	0.166	306	0.988	0.983	100	0.189
13.11-47.543	0.263	9	0.256	187	0.256	196	0.962	0.958	100	0.292

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1569	1.0896	-1.156	1.6648	-0.9462	3.914	0.0872	-0.1995	0.5326	0.2796	0.0515	0.3454	-0.3368	-0.5286	-0.1388	0.2984	0.1845	-0.088	0.2715	-0.0399	0.2465	56.7034	-20.9469	0.8806
2	4.585	-0.5181	1.1175	1.6127	0.1318	2.1876	0.0771	0.2764	0.2184	0.0532	-0.1829	0.0596	0.0467	-0.1151	0.1058	0.2721	-0.0594	0.0183	0.0952	0.063	0.1208	51.5203	-10.76	-21.8581

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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