PDB-8a49: Endoglycosidase S in complex with IgG1 Fc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a49

タイトル

Endoglycosidase S in complex with IgG1 Fc

要素

IgG1 Fc
Secreted endoglycosidase EndoS

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Endoglycosidase / antibody / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / symbiont-mediated evasion of host immune response / toxin activity / host extracellular space / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Sudol, A.S.L. / Tews, I. / Crispin, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Extensive substrate recognition by the streptococcal antibody-degrading enzymes IdeS and EndoS.
著者: Sudol, A.S.L. / Butler, J. / Ivory, D.P. / Tews, I. / Crispin, M.

履歴

登録	2022年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a49.cif.gz	836.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a49.ent.gz	666 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/8a49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a47C 8a48C 6en3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IgG1 Fc

C: Secreted endoglycosidase EndoS

D: Secreted endoglycosidase EndoS

B: IgG1 Fc

ヘテロ分子

257 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.529, 174.294, 193.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	238 - 444
2	1	1	1	A	238 - 444
3	2	2	1	A	103 - 990
4	2	2	1	A	103 - 990

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: 抗体

IgG1 Fc

分子量: 25641.098 Da / 分子数: 2 / 変異: E382R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFUSE-hIgG1-Fc / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: タンパク質

Secreted endoglycosidase EndoS

分子量: 102372.328 Da / 分子数: 2 / 変異: D233A, E235L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: ndoS / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9APG4

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.09 M halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M buffer system 2 (Sodium HEPES; MOPS (acid)), pH 7.5, 37.5 % v/v precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG ...詳細: 0.09 M halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M buffer system 2 (Sodium HEPES; MOPS (acid)), pH 7.5, 37.5 % v/v precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350) - condition B8 from Morpheus crystallisation screen (Molecular Dimensions)

結晶

マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.62 %

結晶化

温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.09 M halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide), 0.1 M buffer system 2 (Sodium HEPES; MOPS (acid)), pH 7.5, 37.5 % v/v precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→49.78 Å / Num. obs: 43678 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 3.45→3.51 Å / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 1.951 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2124 / CC_1/2: 0.599 / R_pim(I) all: 0.532 / R_rim(I) all: 2.023 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EN3

6en3

解像度: 3.45→49.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.747 / SU B: 55.56 / SU ML: 0.758 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.701 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3112	2116	4.852 %
R_work	0.2525	41497	-
all	0.255	-	-
obs	-	43613	99.954 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 146.604 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.654 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.667 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.322 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→49.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16920	0	99	68	17087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	17401
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	15561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.604	1.66	23656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.234	1.575	36380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.912	5	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.107	5	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.905	10	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.047	10	773
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.028	0.2	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.017	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	19678
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.159	0.2	3570
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	15729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	8650
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	8845
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.217	15.753	8701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.217	15.753	8701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.593	23.629	10864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.593	23.629	10865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.402	15.684	8700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.402	15.684	8701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.388	23.508	12792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.388	23.508	12793
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.76	196.369	19214
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.76	196.37	19215
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.087	0.05	6058
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.069	0.05	27045

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08713	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08713	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06933	0.05011
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06933	0.05011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.45-3.539	0.397	140	0.375	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.539-3.636	0.358	138	0.368	2936	X-RAY DIFFRACTION	99.9675
3.636-3.741	0.364	161	0.343	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.741-3.855	0.388	131	0.32	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.855-3.981	0.328	136	0.298	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.981-4.119	0.33	111	0.295	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.119-4.274	0.27	116	0.255	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
4.274-4.447	0.275	121	0.254	2436	X-RAY DIFFRACTION	100
4.447-4.643	0.295	139	0.241	2330	X-RAY DIFFRACTION	100
4.643-4.867	0.259	121	0.22	2234	X-RAY DIFFRACTION	100
4.867-5.128	0.304	119	0.234	2141	X-RAY DIFFRACTION	100
5.128-5.436	0.318	109	0.266	2007	X-RAY DIFFRACTION	100
5.436-5.806	0.382	106	0.245	1916	X-RAY DIFFRACTION	100
5.806-6.264	0.33	87	0.257	1775	X-RAY DIFFRACTION	100
6.264-6.851	0.356	87	0.239	1677	X-RAY DIFFRACTION	100
6.851-7.642	0.255	80	0.215	1508	X-RAY DIFFRACTION	100
7.642-8.789	0.229	74	0.204	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
8.789-10.682	0.25	63	0.184	1147	X-RAY DIFFRACTION	100
10.682-14.771	0.211	51	0.196	926	X-RAY DIFFRACTION	100
14.771-49.78	0.654	26	0.319	601	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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