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万見
- PDB-7zvc: Second crystal form of the mature glutamic-class prolyl-endopepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zvc
タイトルSecond crystal form of the mature glutamic-class prolyl-endopeptidase neprosin at 1.85 A resolution.
要素
  • C-terminal peptidase
  • GLY-GLY-GLY-GLY
キーワードHYDROLASE / glutamic endopeptidase / mature form / coeliac disease therapy / plant protease / pitcher plant
機能・相同性GLYCINE / NICKEL (II) ION
機能・相同性情報
生物種Nepenthes ventricosa x Nepenthes alata (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Del Amo-Maestro, L. / Mendes, S.R. / Guevara, T. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular and in vivo studies of a glutamate-class prolyl-endopeptidase for coeliac disease therapy.
著者: Del Amo-Maestro, L. / Mendes, S.R. / Rodriguez-Banqueri, A. / Garzon-Flores, L. / Girbal, M. / Rodriguez-Lagunas, M.J. / Guevara, T. / Franch, A. / Perez-Cano, F.J. / Eckhard, U. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2022年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-terminal peptidase
C: GLY-GLY-GLY-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1209
ポリマ－28,8902
非ポリマー1,2307
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.86, 40.63, 64.63
Angle α, β, γ (deg.)90, 107.98, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 C-terminal peptidase


分子量: 28644.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mature form (S129-Q380) of the glutamic endopeptidase neprosin after autolytic removal of the N-terminal pro-domain at low pH. Of note, N-terminus after maturation was confirmed by Edman degradation.
由来: (組換発現) Nepenthes ventricosa x Nepenthes alata (植物)
プラスミド: pCMV-Sport 6
Cell (発現宿主): Suspension-adapted 293 human embryonic kidney (HEK) cells
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質・ペプチド GLY-GLY-GLY-GLY


分子量: 246.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nepenthes ventricosa x Nepenthes alata (植物)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 255分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H5NO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic pH 5.6, 0.5 M ammonium sulphate, 1 M lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→61.5 Å / Num. obs: 24437 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.55 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / Num. unique obs: 2007 / CC1/2: 0.729

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZU8

7zu8


解像度: 1.85→20.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Blow DPI: 0.121 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.117
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2026 690 -RANDOM
Rwork0.1728 ---
obs0.1736 24416 97.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.3054 Å20 Å21.4056 Å2
2--0.7278 Å20 Å2
3---7.5776 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 0 91 250 2334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.072968HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d893SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes376HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2161HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion282SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1996SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.39
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.88 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4625 14 -
Rwork0.3055 --
obs0.3079 719 74.72 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94040.00420.73790.67610.00341.83590.02140.00360.00070.00360.0137-0.14410.0007-0.1441-0.0351-0.0803-0.01080.0234-0.06350.0062-0.06331.87827.10820.4769
27.6862-3.64594.03571.0016-5.340512.18520.06360.1948-0.57480.19480.3832-0.3681-0.5748-0.3681-0.44690.1459-0.01770.0190.08740.00340.0796-11.316625.7763-7.3719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|132 - 379 }A132 - 379
2X-RAY DIFFRACTION2{A|380 - 380 A|401 - 408}A380 - 408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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