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万見
- PDB-7zvb: Crystal Structure of the mature form of the glutamic-class prolyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zvb
タイトルCrystal Structure of the mature form of the glutamic-class prolyl-endopeptidase neprosin at 2.35 A resolution.
要素C-terminal peptidase
キーワードHYDROLASE / glutamic endopeptidase / coeliac disease therapy / plant protease / pitcher plant
機能・相同性TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種Nepenthes ventricosa x Nepenthes alata (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Del Amo-Maestro, L. / Eckhard, U. / Rodriguez-Banqueri, A. / Mendes, S.R. / Guevara, T. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular and in vivo studies of a glutamate-class prolyl-endopeptidase for coeliac disease therapy.
著者: Del Amo-Maestro, L. / Mendes, S.R. / Rodriguez-Banqueri, A. / Garzon-Flores, L. / Girbal, M. / Rodriguez-Lagunas, M.J. / Guevara, T. / Franch, A. / Perez-Cano, F.J. / Eckhard, U. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2022年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-terminal peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2395
ポリマ－28,6441
非ポリマー1,5954
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.760, 49.950, 59.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 C-terminal peptidase


分子量: 28644.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mature form (S129-Q380) of the glutamic endopeptidase neprosin after autolytic removal of the N-terminal pro-domain at low pH. Of note, N-terminus after maturation was confirmed by Edman degradation.
由来: (組換発現) Nepenthes ventricosa x Nepenthes alata (植物)
プラスミド: pCMV-Sport 6
Cell (発現宿主): Suspension-adapted 293 human embryonic kidney (HEK) cells
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 1000, 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→52.5 Å / Num. obs: 13077 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.46 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.434 Å / Num. unique obs: 1292 / CC1/2: 0.653 / % possible all: 98.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3 (20-MAY-2020)精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZU8

7zu8


解像度: 2.35→52.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.383 / SU Rfree Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.241
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2456 479 3.66 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1972 13077 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 68.64 Å2 / Biso mean: 39.57 Å2 / Biso min: 23.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9262 Å20 Å2-5.6874 Å2
2--11.1402 Å20 Å2
3----8.214 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→52.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2011 0 106 171 2288
Biso mean--52.93 43.33 -
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d920SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes371HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2195HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion296SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1980SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2195HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3011HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.67
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3932 18 3.16 %
Rwork0.2415 551 -
all0.2455 569 -
obs--97.78 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.6497 Å / Origin y: 9.2656 Å / Origin z: -6.6764 Å
111213212223313233
T-0.0571 Å2-0.0142 Å20.028 Å2--0.1563 Å2-0.039 Å2--0.0027 Å2
L0.7249 °2-0.2306 °2-0.0071 °2-1.2822 °2-0.6026 °2--0.8145 °2
S-0.0348 Å °-0.0253 Å °0.0726 Å °-0.0703 Å °0.0642 Å °-0.1152 Å °0.0685 Å °0.0282 Å °-0.0294 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|132 - 380}A132 - 380
2X-RAY DIFFRACTION1{A|401 - 409}A401 - 409
3X-RAY DIFFRACTION1{A|501 - 501}A501
4X-RAY DIFFRACTION1{B|1 - 6}B1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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