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- PDB-7zuk: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with lactone 7A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zuk
タイトルPENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with lactone 7Az - Streptococcus pneumoniae R6
要素Penicillin-binding protein 1b
キーワードTRANSFERASE / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS ENZYME / INFECTION / DRUG-BINDING PROTEIN / LACTAM ANTIBIOTICS
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space ...peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KQI / Penicillin-binding protein 1b
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.631 Å
データ登録者Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Martins, A. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Nauta, K.M. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.
資金援助 フランス, 米国, 6件
組織認可番号
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-0005-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)R01 GM128439 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)K12 GM119955 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)TL1R002493 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)UL1TR002494 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / : 2022
タイトル: Combined Structural Analysis and Molecular Dynamics Reveal Penicillin-Binding Protein Inhibition Mode with beta-Lactones.
著者: Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Martins, A. / Nauta, K.N. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.
履歴
登録2022年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Penicillin-binding protein 1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,74426
ポリマ-89,4611
非ポリマー1,28325
8,917495
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.608, 148.936, 99.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-916-

CL

21AAA-1486-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 1b


分子量: 89461.227 Da / 分子数: 1 / 変異: N656G R686Q R687Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ENGINEERED RESIDUE ASN 656 TO GLY ENGINEERED RESIDUE ARG 686 TO GLN ENGINEERED RESIDUE ARG 687 TO GLN
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: pbp1b, spr1909 / プラスミド: PGEX-Amp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7CRA4, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-KQI / 6-azido-N-[(2S)-1-oxidanylidene-1-[[(2S,3R)-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-3-phenyl-propan-2-yl]hexanamide / Beta-lactone antibacterial agent (open form)


分子量: 389.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C19H27N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 50MM HEPES PH 7.2, 3M NACL, 0.6-0.9M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.631→44.16 Å / Num. obs: 86692 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 36.378 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.16
反射 シェル解像度: 1.631→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 13556 / CC1/2: 0.275 / Rsym value: 1.628 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDS20210323データ削減
XSCALE20210323データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BG1 WITHOUT RESIDUES 654 TO 660
解像度: 1.631→44.156 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 4.502 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1873 2169 2.502 %
Rwork0.1684 84523 -
all0.169 --
obs-86692 96.985 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.777 Å2-0 Å20 Å2
2--0.449 Å2-0 Å2
3---0.328 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.631→44.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3506 0 55 495 4056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133655
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2091.6434965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0381.5797728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3455466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16723.545189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35715599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4161516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0290.024262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0250.02858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.23132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21799
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.090.21602
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1080.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2240.215
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1530.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0882.8061832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0882.8061833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7134.2052290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7124.2062291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5543.2021823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5533.2031824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.244.6382668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2394.6392669
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.15635.9884364
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.08934.7914267
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.631-1.6740.4761560.44159860.44265380.2630.26893.94310.449
1.674-1.7190.3681500.38359040.38263770.4850.4894.93490.386
1.719-1.7690.3061600.33658760.33561900.7320.6897.51210.331
1.769-1.8240.2461520.27457320.27360350.8580.84997.49790.259
1.824-1.8830.2791350.25955830.25958790.8470.85197.26140.239
1.883-1.9490.3121220.27753020.27756360.8250.84796.23850.251
1.949-2.0230.2161290.20652380.20654730.9250.92698.06320.182
2.023-2.1050.2131310.20649260.20652660.9370.9396.03110.181
2.105-2.1980.2191380.15948360.16150590.9420.9698.31980.138
2.198-2.3050.1721100.16545190.16548440.9590.95995.56150.143
2.305-2.430.195950.13443590.13646170.9570.9796.46960.12
2.43-2.5770.1681120.14342080.14443680.9590.96998.90110.133
2.577-2.7540.1671130.14939240.1541040.9620.96898.36740.143
2.754-2.9740.192830.16137340.16238540.9480.95999.040.161
2.974-3.2560.202810.16634280.16635440.9450.95999.01240.175
3.256-3.6380.158710.13730880.13732140.9650.97398.28870.155
3.638-4.1960.13780.13426840.13428730.9790.9796.13640.153
4.196-5.1270.188540.13422820.13524380.9680.97695.81620.162
5.127-7.2020.15630.15818320.15819200.9740.9798.69790.187
7.202-44.1560.172360.17710810.17711510.9790.97497.04610.214
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.18080.6782-2.40171.3393-0.92132.2304-0.187-0.06210.18710.05040.06910.1043-0.0482-0.00170.11790.2442-0.0651-0.00570.15150.02980.16119.036439.442656.9863
23.07650.06980.95378.41054.90828.9479-0.0202-0.08780.09790.2536-0.1127-0.0953-0.04430.26870.1330.1875-0.08690.01080.15140.07690.160918.229438.773564.9605
316.41963.613-11.68231.2575-4.40415.599-0.49860.1607-0.784-0.22480.0596-0.12630.8112-0.19890.4390.2905-0.07370.05270.0929-0.03850.250624.901332.850141.4431
41.6660.0360.00951.12250.23150.7797-0.05310.0501-0.06740.06870.0006-0.05870.12930.02440.05250.2235-0.00210.02170.08460.01550.119739.189142.687140.0933
58.4861-7.43493.547112.1843-3.11289.3776-0.0442-0.7475-0.20290.58980.0898-0.35670.54350.6534-0.04560.273-0.0075-0.00720.24380.07270.150140.947640.770252.1074
60.67080.0223-0.24981.1110.12760.58650.0356-0.02130.12710.0414-0.02280.0109-0.096-0.0292-0.01280.18240.00640.00930.0667-0.00050.12330.076965.696238.6603
75.0757.1718-6.137517.3273-9.45957.6149-0.18850.51740.2975-0.19870.72340.84270.0795-0.6796-0.53490.2324-0.02780.07370.26330.05990.232512.533936.016347.2995
81.4561-0.5135-0.26881.22950.32790.59080.01450.12030.0495-0.0903-0.01990.0402-0.0301-0.09960.00540.2068-0.0078-0.00410.0990.01010.086633.814555.045227.2856
93.90420.1921.75372.01410.41823.7807-0.0718-0.05960.12970.15390.0417-0.1268-0.09110.17630.03010.2424-0.00430.01620.0987-0.00310.147940.916153.75640.6173
101.0243-0.2647-0.10471.24780.06270.8360.01330.20990.0878-0.2205-0.03040.1182-0.0918-0.15680.01720.2368-0.0019-0.01090.13440.01250.092931.751156.934924.3971
117.2393.2464-0.009244.992610.79798.4853-0.1336-0.01671.4149-0.92990.51750.7391-0.6570.2202-0.38390.3560.01950.01740.29870.19150.443129.948989.48815.7681
122.53231.04480.52553.6790.53431.83340.14690.19830.486-0.217-0.09480.3083-0.3831-0.2554-0.05220.25880.09460.01190.09020.0940.196326.280378.996824.9364
1317.697-1.2374-2.80165.8457-3.09852.37680.57340.91330.05080.3776-0.56950.1564-0.52440.3004-0.00381.1357-0.5883-0.1180.58440.31240.374137.175387.780419.8882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA337 - 364
2X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA365 - 388
3X-RAY DIFFRACTION3ALLAAA389 - 397
4X-RAY DIFFRACTION4ALLAAA398 - 442
5X-RAY DIFFRACTION5ALLAAA443 - 450
6X-RAY DIFFRACTION6ALLAAA451 - 587
7X-RAY DIFFRACTION7ALLAAA588 - 603
8X-RAY DIFFRACTION8ALLAAA604 - 656
9X-RAY DIFFRACTION9ALLAAA657 - 689
10X-RAY DIFFRACTION10ALLAAA690 - 740
11X-RAY DIFFRACTION11ALLAAA741 - 752
12X-RAY DIFFRACTION12ALLAAA753 - 779
13X-RAY DIFFRACTION13ALLAAA780 - 790

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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