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- PDB-7zui: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with lactone 5A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zui | |||||||||||||||||||||
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Title | PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with lactone 5Az - Streptococcus pneumoniae R6 | |||||||||||||||||||||
![]() | Penicillin-binding protein 1b | |||||||||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS ENZYME / INFECTION / DRUG-BINDING PROTEIN / LACTAM ANTIBIOTICS | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / acyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Martins, A. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Nauta, K.M. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Combined Structural Analysis and Molecular Dynamics Reveal Penicillin-Binding Protein Inhibition Mode with beta-Lactones. Authors: Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Martins, A. / Nauta, K.N. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 783.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 788.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7zuhC ![]() 7zujC ![]() 7zukC ![]() 7zulC ![]() 2bg1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 89461.227 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N656G R686Q R687Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ENGINEERED RESIDUE ASN 656 TO GLY ENGINEERED RESIDUE ARG 686 TO GLN ENGINEERED RESIDUE ARG 687 TO GLN Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q7CRA4, Transferases; Acyltransferases; Aminoacyltransferases, peptidoglycan glycosyltransferase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-K2O / | ||||||
#3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-DMS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 50MM HEPES PH 7.2, 3M NACL, 0.6-0.9M AMMONIUM SULFATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 10, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.965459 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.568→48.02 Å / Num. obs: 98508 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 34.821 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 10.62 |
Reflection shell | Resolution: 1.568→1.66 Å / Redundancy: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 15029 / CC1/2: 0.447 / Rsym value: 1.221 / % possible all: 99.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2BG1 WITHOUT RESIDUES 654 TO 660 Resolution: 1.57→48.013 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.915 / SU ML: 0.05 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.06 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.839 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.57→48.013 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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