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Yorodumi- PDB-7zuh: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) Streptococcus pneumoniae R6 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zuh | |||||||||||||||||||||
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Title | PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) Streptococcus pneumoniae R6 | |||||||||||||||||||||
Components | Penicillin-binding protein 1b | |||||||||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS ENZYME / INFECTION / DRUG-BINDING PROTEIN / LACTAM ANTIBIOTICS | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / acyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region / membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae R6 (bacteria) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.467 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Martins, A. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Nauta, K.M. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A. | |||||||||||||||||||||
Funding support | France, United States, 6items
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Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2022 Title: Combined Structural Analysis and Molecular Dynamics Reveal Penicillin-Binding Protein Inhibition Mode with beta-Lactones. Authors: Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Martins, A. / Nauta, K.N. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zuh.cif.gz | 209.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zuh.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7zuh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zuh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7zuiC 7zujC 7zukC 7zulC 2bg1S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 89461.227 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N656G R686Q R687Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ENGINEERED RESIDUE ASN 656 TO GLY ENGINEERED RESIDUE ARG 686 TO GLN ENGINEERED RESIDUE ARG 687 TO GLN Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae R6 (bacteria) / Strain: ATCC BAA-255 / R6 / Gene: pbp1b, spr1909 / Plasmid: PGEX-Amp / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q7CRA4, Transferases; Acyltransferases; Aminoacyltransferases, peptidoglycan glycosyltransferase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 61.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 50MM HEPES PH 7.2, 3M NACL, 0.6-0.9M AMMONIUM SULFATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.965459 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 10, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.965459 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.467→43.06 Å / Num. obs: 117495 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 30.38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 11.77 |
Reflection shell | Resolution: 1.467→1.55 Å / Redundancy: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / Num. unique obs: 17059 / CC1/2: 0.298 / Rsym value: 1.973 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2BG1 WITHOUT RESIDUES 654 TO 660 Resolution: 1.467→43.051 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.587 / SU ML: 0.046 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.057 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.129 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.467→43.051 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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