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万見
- PDB-7zq0: Room temperature SSX structure of GH11 xylanase from Nectria haem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zq0
タイトルRoom temperature SSX structure of GH11 xylanase from Nectria haematococca (1000 frames)
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / Xylanase / SSX / TapeDrive / room temperature
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium haematococcum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Oberthuer, D. / Andaleeb, H. / Betzel, C. / Perbandt, M. / Yefanov, O. / Zielinski, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Rapid and efficient room-temperature serial synchrotron crystallography using the CFEL TapeDrive.
著者: Zielinski, K.A. / Prester, A. / Andaleeb, H. / Bui, S. / Yefanov, O. / Catapano, L. / Henkel, A. / Wiedorn, M.O. / Lorbeer, O. / Crosas, E. / Meyer, J. / Mariani, V. / Domaracky, M. / White, ...著者: Zielinski, K.A. / Prester, A. / Andaleeb, H. / Bui, S. / Yefanov, O. / Catapano, L. / Henkel, A. / Wiedorn, M.O. / Lorbeer, O. / Crosas, E. / Meyer, J. / Mariani, V. / Domaracky, M. / White, T.A. / Fleckenstein, H. / Sarrou, I. / Werner, N. / Betzel, C. / Rohde, H. / Aepfelbacher, M. / Chapman, H.N. / Perbandt, M. / Steiner, R.A. / Oberthuer, D.
履歴
登録2022年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5751
ポリマ－20,5751
非ポリマー00
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.550, 38.850, 53.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-369-

HOH

21A-435-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 20575.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium haematococcum (菌類)
株: ATCC MYA-4622 / CBS 123669 / FGSC 9596 / NRRL 45880 / 77-13-4
遺伝子: NECHADRAFT_106153 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7YSL3, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: For crystallization, the original conditions were modified to obtain microcrystals. Initial crystals obtained from hanging drops under the precipitant condition: 1 M ammonium sulfate, 100 mM ...詳細: For crystallization, the original conditions were modified to obtain microcrystals. Initial crystals obtained from hanging drops under the precipitant condition: 1 M ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate pH 5.5 were crushed under a stereomicroscope, using a crystal crusher tool (Hampton research). The reservoir solution was pipetted to the drop and the seed stock was collected by washing the drop with reservoir solution. The seed stock was transferred to a seed bead tube (Molecular Dimensions Ltd., UK), vortexed three times for 30 s each, with an interval of 30 s between each vortex, to get the final seed stock. Protein solution 15 mg/mL, precipitant solution, and seed stock were mixed with a ratio of 1:1:0.5. The mixture was vortexed for 30 s in ten-minute intervals. After 30 min, the microcrystals were centrifuged at 200 rpm and the supernatant was replaced with a precipitant solution. Applying the same protocol, microcrystals were obtained under two precipitant conditions i.e. Precipitant 1: 1M (NH4)2SO4, 100 mM sodium citrate pH 5.5, and Precipitant 2: 200 mM (NH4)2SO4, 100 mM sodium citrate pH 5.5 and 20% PEG 6000. Microcrystals obtained under both precipitant conditions were tested for diffraction data collection

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→16.92 Å / Num. obs: 13235 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 20.98 % / Biso Wilson estimate: 20.42 Å2 / CC1/2: 0.751 / CC star: 0.926 / R split: 0.52 / Net I/σ(I): 1.91
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 1325 / CC1/2: 0.185 / CC star: 0.559 / R split: 1.698 / % possible all: 99.33
Serial crystallography sample delivery解説: TapeDrive / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: TapeDrive / Power by: ElveFlow
Serial crystallography data reductionFrames total: 1000 / Lattices indexed: 1161

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y0H

6y0h


解像度: 1.9→16.92 Å / SU ML: 0.252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.4009
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 1021 7.76 %
Rwork0.2257 12142 -
obs0.2284 13163 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→16.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1459 0 0 246 1705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00431631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62622258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3806252
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-20.35711350.30831697X-RAY DIFFRACTION97.55
2-2.130.33961490.28971703X-RAY DIFFRACTION98.56
2.13-2.290.29931470.26471733X-RAY DIFFRACTION99.47
2.29-2.520.26291430.25231726X-RAY DIFFRACTION99.84
2.52-2.880.26291470.23071736X-RAY DIFFRACTION99.52
2.88-3.620.24421470.18831744X-RAY DIFFRACTION99.95
3.62-16.920.21741530.19291803X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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