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- PDB-7zo1: SpCas9 bound to CD34 off-target9 DNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zo1
タイトルSpCas9 bound to CD34 off-target9 DNA substrate
要素
  • (CD34 off-target9 DNA ...) x 2
  • CD34 sgRNA
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
キーワードHYDROLASE / CRISPR / Cas9 / off-target / ternary / deletion
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 RuvC domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 RuvC domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pacesa, M. / Jinek, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_182567 スイス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis for Cas9 off-target activity.
著者: Pacesa, M. / Lin, C.H. / Clery, A. / Saha, A. / Arantes, P.R. / Bargsten, K. / Irby, M.J. / Allain, F.H. / Palermo, G. / Cameron, P. / Donohoue, P.D. / Jinek, M.
履歴
登録2022年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CD34 sgRNA
B: CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
C: CD34 off-target9 DNA target strand
D: CD34 off-target9 DNA non-target strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,66014
ポリマ－198,2984
非ポリマー36110
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21330 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area68620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.410, 69.200, 188.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
CD34 off-target9 DNA ... , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 CD34 off-target9 DNA target strand


分子量: 8394.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 CD34 off-target9 DNA non-target strand


分子量: 3716.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 CD34 sgRNA


分子量: 27598.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 / SpCas9 / SpyCas9


分子量: 158588.781 Da / 分子数: 1 / Mutation: D10A, H840A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 3種, 294分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 % / 解説: Plates
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.51 Å / Num. obs: 83421 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 57.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1336 / Net I/σ(I): 10.29
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 2.538 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 8284 / CC1/2: 0.385 / % possible all: 99.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FQ5

5fq5


解像度: 2.4→46.51 Å / SU ML: 0.3974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.1692
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 4161 4.99 %
Rwork0.2118 79174 -
obs0.2137 83335 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 90.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9553 2554 21 273 12401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002412604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.513117548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03622011
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371793
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.22025115
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.430.34651320.34452600X-RAY DIFFRACTION99.67
2.43-2.460.38761330.36432642X-RAY DIFFRACTION99.64
2.46-2.490.43591440.3652615X-RAY DIFFRACTION99.67
2.49-2.520.36351390.3492598X-RAY DIFFRACTION99.89
2.52-2.550.38281280.33842627X-RAY DIFFRACTION99.86
2.55-2.590.38261330.32592633X-RAY DIFFRACTION99.96
2.59-2.620.34571540.31872610X-RAY DIFFRACTION99.82
2.62-2.660.39711240.3032648X-RAY DIFFRACTION99.82
2.66-2.70.37131370.3022574X-RAY DIFFRACTION99.89
2.7-2.750.34041420.29832649X-RAY DIFFRACTION99.96
2.75-2.790.33021420.28852646X-RAY DIFFRACTION99.86
2.79-2.850.32211430.2772588X-RAY DIFFRACTION99.85
2.85-2.90.35461280.28342662X-RAY DIFFRACTION99.96
2.9-2.960.34641430.28932624X-RAY DIFFRACTION99.89
2.96-3.020.30841310.2882630X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.090.30811480.27042623X-RAY DIFFRACTION99.82
3.09-3.170.34091390.23552647X-RAY DIFFRACTION99.79
3.17-3.260.24611390.20892612X-RAY DIFFRACTION99.78
3.26-3.350.24571330.20392627X-RAY DIFFRACTION99.78
3.35-3.460.23731480.21712640X-RAY DIFFRACTION99.86
3.46-3.580.26171300.20732649X-RAY DIFFRACTION99.64
3.58-3.730.24551420.19632613X-RAY DIFFRACTION99.89
3.73-3.90.21161430.1852671X-RAY DIFFRACTION99.96
3.9-4.10.20661340.1772662X-RAY DIFFRACTION99.79
4.1-4.360.23151440.16852631X-RAY DIFFRACTION99.86
4.36-4.70.22541390.16292649X-RAY DIFFRACTION99.79
4.7-5.170.19151390.1562653X-RAY DIFFRACTION99.71
5.17-5.910.22261440.17462684X-RAY DIFFRACTION99.68
5.92-7.450.20581410.19982693X-RAY DIFFRACTION99.79
7.45-46.510.2041450.18982774X-RAY DIFFRACTION99.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2534233232030.1796735002550.4852058686140.5627113416860.3617955897650.8174943065140.0143220749795-0.3657514356560.2998617536570.04925719071740.5243547180180.5163942575420.962597268285-0.01275670668020.007850800159520.776670913056-0.06426706542020.1785906147320.7200724182280.02206056867070.776105291794-9.168590870713.7937042302164.1440848741
20.5063785399290.03979150163680.5922605826870.6821441609990.1309846721791.476654167050.193553003310.2134172194860.258755799405-0.0611595461441-0.0409495359596-0.1644885375120.178305874650.3773696599870.1224957309170.447246184308-0.0827316153035-0.04529265843420.517178850098-0.06562148518220.420447472579.024676499810.52580195049822.121105325
30.8624223122080.5124130673310.934826642410.6417855349870.4718577087721.034110848430.0275686129834-0.1195282584790.969096641096-0.04162626323060.01959679499110.303785704004-0.9257661427670.1447580050470.1703953469370.704239726567-0.362493535450.06848408132750.674595276352-0.08652853357961.01846003381-37.761346160911.284466142736.0895275195
40.8201667583690.0941147033380.2099465180870.18889170446-0.03304786937820.9602550145330.08004296982160.1339490077270.08403246206120.0354569004158-0.02807041809530.0148696847076-0.01906093645560.1502247262310.05882090309550.410980621826-0.132022354619-0.01065717511010.402183669217-0.0994591813010.462656635435-0.8086838696015.958501366531.358402996
50.324834220130.0778938483816-0.08840471032710.0264064745359-0.1078407951780.116905297484-0.1473588508260.27256493488-0.07825912181330.364364208647-0.1233274624430.250496083928-0.02479297699110.581299074095-8.03856595832E-50.79168637612-0.110618107230.09606853991040.819127280098-0.04951183451820.5800200995531.7794013211-3.837066966860.2065116056
60.565454200299-0.189024228449-0.1708712473881.00754970002-0.3978163707871.450075586970.105825331031-0.1658277666260.02104896155250.580760780153-0.08958511801170.05752149157530.1843904991090.8306753859950.05553061809910.503970786768-0.0522387133081-0.04121716517980.662662405021-0.003975098647990.40117803613124.6054323553-3.0653098813843.5410064909
70.88920236430.01916243943490.1509577656671.23952058278-0.6301890681311.16900956267-0.0403282481261-0.0580589332765-0.1687800274630.7712131428990.1523107795230.104347218484-0.689639331805-0.1883335800940.115984704610.985167113461-0.07855794691320.1149316479080.308914077099-0.02390815867430.520395173076-3.9737840850318.531904714274.3051935281
81.34040874630.0729354618107-0.361426370670.596767273626-0.1219293817950.946585712301-0.06976132373860.0452973346259-0.1460978543080.122687375530.1056223874770.09066064665750.25146944775-0.3705829715690.1238022889090.544000784394-0.306108172046-0.001503118672470.467538366963-0.07702777900780.435970002484-29.801071019-12.805045627842.3087816929
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100.1020520779650.184861520128-0.127278353970.324263812888-0.228071881630.158038197114-0.04494593740870.0504379789179-0.3562348289810.113383959716-0.395075129421-0.02512907664650.08066684121390.0966134306637-0.03778631657490.644611961869-0.213763604663-0.1062792086380.443028443689-0.06527757304080.57773808235-2.20416072513-10.733665797331.1896379758
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -2 through 17 )AA-2 - 17
22chain 'A' and (resid 18 through 67 )AA18 - 67
33chain 'A' and (resid 68 through 82 )AA68 - 82
44chain 'B' and (resid 3 through 163 )BB3 - 1631 - 161
55chain 'B' and (resid 164 through 245 )BB164 - 245162 - 243
66chain 'B' and (resid 246 through 445 )BB246 - 445244 - 443
77chain 'B' and (resid 446 through 730 )BB446 - 730444 - 723
88chain 'B' and (resid 731 through 1366 )BB731 - 1366724 - 1169
99chain 'C' and (resid -7 through -3 )CC-7 - -3
1010chain 'C' and (resid -2 through 2 )CC-2 - 2
1111chain 'C' and (resid 3 through 12 )CC3 - 12
1212chain 'C' and (resid 13 through 17 )CC13 - 17
1313chain 'C' and (resid 18 through 20 )CC18 - 20
1414chain 'D' and (resid -2 through 7 )DD-2 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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