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- PDB-7zme: CryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zme
タイトルCryoEM structure of mitochondrial complex I from Chaetomium thermophilum (state 2) - membrane arm
要素
  • (NADH dehydrogenase ...) x 4
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 6
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase-like ...) x 2
  • Acyl carrier protein
  • Complex I-B22
  • Complex I-ESSS
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase
  • Subunit NDUFA1 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NDUFA3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NDUFB10 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NDUFB2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NDUFB3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NDUFB4 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NDUFB5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NDUFB6 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NDUFC2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NDUFS5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Proton transporter / Mitochondrial membrane protein / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-flap endonuclease activity / replication fork reversal / respiratory chain complex I / single-stranded DNA helicase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / ubiquinone binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly ...5'-flap endonuclease activity / replication fork reversal / respiratory chain complex I / single-stranded DNA helicase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / ubiquinone binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / mitochondrial membrane / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA helicase / DNA repair / mitochondrion / ATP binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone oxidoreductase 17.8kDa subunit / : / Dna2 Rift barrel domain / DNA replication factor Dna2, N-terminal / DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease Dna2 / DNA replication factor Dna2 / Dna2/Cas4, domain of unknown function DUF83 / Domain of unknown function DUF83 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit ...NADH-ubiquinone oxidoreductase 17.8kDa subunit / : / Dna2 Rift barrel domain / DNA replication factor Dna2, N-terminal / DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease Dna2 / DNA replication factor Dna2 / Dna2/Cas4, domain of unknown function DUF83 / Domain of unknown function DUF83 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / : / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / DNA2/NAM7-like helicase / AAA domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Complex 1 protein (LYR family) / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase / CHCH / CHCH domain / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase (Ubiquinone)-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase (Ubiquinone)-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / DNA replication ATP-dependent helicase/nuclease DNA2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Acyl carrier protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Laube, E. / Kuehlbrandt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Conformational changes in mitochondrial complex I of the thermophilic eukaryote .
著者: Eike Laube / Jakob Meier-Credo / Julian D Langer / Werner Kühlbrandt /
要旨: Mitochondrial complex I is a redox-driven proton pump that generates proton-motive force across the inner mitochondrial membrane, powering oxidative phosphorylation and ATP synthesis in eukaryotes. ...Mitochondrial complex I is a redox-driven proton pump that generates proton-motive force across the inner mitochondrial membrane, powering oxidative phosphorylation and ATP synthesis in eukaryotes. We report the structure of complex I from the thermophilic fungus , determined by cryoEM up to 2.4-Å resolution. We show that the complex undergoes a transition between two conformations, which we refer to as state 1 and state 2. The conformational switch is manifest in a twisting movement of the peripheral arm relative to the membrane arm, but most notably in substantial rearrangements of the Q-binding cavity and the E-channel, resulting in a continuous aqueous passage from the E-channel to subunit ND5 at the far end of the membrane arm. The conformational changes in the complex interior resemble those reported for mammalian complex I, suggesting a highly conserved, universal mechanism of coupling electron transport to proton pumping.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
2: NADH dehydrogenase subunit 2
3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
9: Subunit NDUFS5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
D: Subunit NDUFA1 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
Q: Acyl carrier protein
R: Complex I-B22
S: Complex I-ESSS
U: NADH-ubiquinone oxidoreductase
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
X: NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein
a: NADH dehydrogenase (Ubiquinone)-like protein
b: Subunit NDUFC2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
c: Subunit NDUFB3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
d: Subunit NDUFB10 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
e: Subunit NDUFB2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
g: Subunit NDUFA3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
i: Subunit NDUFB6 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
j: Subunit NDUFB4 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
n: Subunit NDUFB5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)729,59958
ポリマ－701,19526
非ポリマー28,40532
水11,403633
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, gel filtration, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 6分子 13456L

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / Subunit ND1 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 41716.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
参照: UniProt: G1DJA6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / Subunit ND3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 16330.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
参照: UniProt: G1DJ99, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / Subunit ND4 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 60810.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
参照: UniProt: G1DJA7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#5: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / Subunit ND5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 75872.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Discrepancy with annotated entry sequence. Probably wrong intron-exon boundaries. Amino acids added according to map density, genome sequence and MS data.
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
参照: UniProt: G1DJA3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Subunit ND6 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 24819.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
参照: UniProt: G1DJ96, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / Subunit ND4L of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9837.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
参照: UniProt: G1DJA2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase ... , 4種, 4分子 28Wa

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 2 / Subunit ND2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 64129.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G1DJ98
#7: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Subunit NDUFB7 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10312.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SAE9
#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Subunit NDUFA13 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14039.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SB83
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase (Ubiquinone)-like protein / Subunit NDUFB8 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 89210.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Discrepancy with annotated entry sequence. Probably wrong intron-exon boundaries. Amino acids removed and added according to map density, genome sequence and MS data.
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RXU4

-
タンパク質 , 13種, 13分子 9DQRSUbcdgijn

#8: タンパク質 Subunit NDUFS5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFS5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 87142.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Discrepancy with annotated entry sequence. Probably wrong intron-exon boundaries. One additional amino acid modelled according to map density and genome sequence.
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SG48
#9: タンパク質 Subunit NDUFA1 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFA1 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9833.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: No entry (not annotated). Sequence modelled according to map density, genome sequence and MS data. Last five amino acids unknown and modelled as Poly-Ala
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
#12: タンパク質 Acyl carrier protein / Subunit NDUFAB1 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 15593.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SBG9
#13: タンパク質 Complex I-B22 / Subunit NDUFB9 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 11636.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SAY0
#14: タンパク質 Complex I-ESSS / Subunit NDUFB11 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 15847.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence renumbered (compared to entry sequence) according to map density and genome sequence.
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SAN0, DNA helicase
#15: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase / Subunit NDUFA8 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 21517.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S0R3
#19: タンパク質 Subunit NDUFC2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFC2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10823.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S812
#20: タンパク質 Subunit NDUFB3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFB3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 11153.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S681
#21: タンパク質 Subunit NDUFB10 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFB10 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 12514.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SEZ1
#23: タンパク質 Subunit NDUFA3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFA3 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9076.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0RZZ2
#24: タンパク質 Subunit NDUFB6 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFB6 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10857.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S569
#25: タンパク質 Subunit NDUFB4 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFB4 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 8760.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S5C8
#26: タンパク質 Subunit NDUFB5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFB5 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 20824.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Discrepancy with annotated entry sequence. Probably wrong intron-exon boundaries. Amino acids added and removed according to map density and genome sequence.
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S086

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase-like ... , 2種, 2分子 JX

#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / Subunit NDUFA11 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 21612.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S2B3
#17: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein / Subunit NUXM of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 21645.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S0S8

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 e

#22: タンパク質・ペプチド Subunit NDUFB2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I) / Subunit NDUFB2 of NADH-ubiquinone oxidoreductase (Complex I)


分子量: 5278.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: No entry (not annotated). Sequence modelled according to map density, genome sequence and MS data.
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719

-
非ポリマー , 6種, 665分子

#27: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#30: 化合物 ChemComp-LMN / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22 / コメント: 可溶化剤*YM
#31: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS
#32: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase in LMNG
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#26 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.97 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (pH adjusted with sodium hydroxide)Hepes/NaOH1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
30.0015 % [w/v]lauryl maltose neopentyl glycolLMNG1
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.11 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6503
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.13CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9PHENIX1.19モデル精密化
10Coot0.9.2モデル精密化
11cryoSPARC3.0.1初期オイラー角割当
13RELION3.0.8分類
14cryoSPARC3.0.1分類
15cryoSPARC3.0.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1087651
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21989 / 詳細: Local refinement on membrane arm of complex I / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
16RFR

6rfr

1
26RFQ

6rfq

1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00437194
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62350280
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.8875619
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0445611
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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