PDB-7zgs: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zgs

タイトル

Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum with bound inhibitor 2-phenylethan-1-amine

要素

Aspartate carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aspartate transcarbamoylase / Plasmodium falciparum / fragment-based screening / inhibitor / malaria

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.349 Å

データ登録者

Wang, C. / Zhang, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials.
著者: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R.

履歴

登録	2022年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.2	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zgs.cif.gz	743.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zgs.ent.gz	604.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zgs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zgs_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zgs_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7zgs_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	7zgs_validation.cif.gz	52 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zczC 7zeaC 7zhiC 7zidC 7zp2C 7zstC 5ilqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase

C: Aspartate carbamoyltransferase

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.850, 104.368, 87.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.525, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
2	1	1	TYR	TYR	B	B	39 - 383	3 - 347
3	2	2	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
4	2	2	TYR	TYR	C	C	39 - 383	3 - 347
5	3	3	PHE	PHE	B	B	38 - 383	2 - 347
6	3	3	PHE	PHE	C	C	38 - 383	2 - 347

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase 分子量: 40350.762 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1344800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1K910, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PRA / 3-PHENYLPROPYLAMINE / 3-フェニルプロピルアミン分子量: 135.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.349→45.131 Å / Num. obs: 56561 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.459 / Num. unique obs: 4298 / CC_1/2: 0.824 / R_pim(I) all: 0.448 / R_rim(I) all: 0.642

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ILQ

5ilq

解像度: 2.349→45.131 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / WR_factor R_free: 0.265 / WR_factor R_work: 0.21 / SU B: 21.436 / SU ML: 0.229 / Average fsc free: 0.8494 / Average fsc work: 0.8693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.256 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2723	2711	4.796 %
R_work	0.2167	53820	-
all	0.219	-	-
obs	-	56531	98.264 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.972 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.848 Å²	0 Å²	0.865 Å²
2-	-	3.492 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.649 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.349→45.131 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8117	0	41	59	8217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	8311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.832	1.64	11223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.234	1.586	18327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.349	5	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.374	24.048	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.542	15	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.256	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	7684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	4008
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	4145
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.078	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.09	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.23	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.44	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.115	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.855	4.281	4002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.855	4.281	4001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.424	6.417	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.424	6.417	4993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.875	4.495	4309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.844	4.493	4302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.36	6.634	6231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.34	6.631	6220
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.692	49.744	9123
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.678	49.727	9114
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.116	0.05	10329
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.116	0.05	10406
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.121	0.05	10600

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11613	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11613	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1161	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1161	0.05008
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12091	0.05008
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12091	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.349-2.41	0.371	182	0.317	3925	X-RAY DIFFRACTION	97.0922
2.41-2.476	0.331	195	0.3	3906	X-RAY DIFFRACTION	98.6766
2.476-2.548	0.322	177	0.27	3760	X-RAY DIFFRACTION	98.4989
2.548-2.626	0.307	182	0.255	3656	X-RAY DIFFRACTION	98.5366
2.626-2.712	0.276	180	0.257	3574	X-RAY DIFFRACTION	98.5819
2.712-2.807	0.283	185	0.207	3408	X-RAY DIFFRACTION	98.6546
2.807-2.913	0.292	227	0.214	3270	X-RAY DIFFRACTION	98.8691
2.913-3.032	0.251	172	0.208	3165	X-RAY DIFFRACTION	99.0208
3.032-3.166	0.285	149	0.215	3091	X-RAY DIFFRACTION	98.6602
3.166-3.321	0.277	170	0.204	2904	X-RAY DIFFRACTION	98.6205
3.321-3.5	0.267	130	0.206	2802	X-RAY DIFFRACTION	98.5546
3.5-3.712	0.261	112	0.205	2620	X-RAY DIFFRACTION	97.711
3.712-3.968	0.276	122	0.211	2486	X-RAY DIFFRACTION	97.8245
3.968-4.286	0.238	83	0.191	2306	X-RAY DIFFRACTION	98.1512
4.286-4.694	0.203	80	0.182	2135	X-RAY DIFFRACTION	97.2344
4.694-5.247	0.262	85	0.203	1925	X-RAY DIFFRACTION	97.7626
5.247-6.056	0.305	141	0.237	1633	X-RAY DIFFRACTION	97.419
6.056-7.411	0.317	67	0.231	1471	X-RAY DIFFRACTION	98.653
7.411-10.454	0.21	39	0.194	1140	X-RAY DIFFRACTION	97.7612

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9518	-0.8209	-0.2753	0.7314	0.0365	1.5398	-0.0322	0.1989	-0.1427	-0.03	0.0458	-0.0569	0.1392	0.2165	-0.0136	0.0575	-0.0092	0.0106	0.1858	-0.0031	0.0361	50.6817	0.2121	13.288
2	1.9917	-0.0484	-0.9825	1.0821	-1.1266	3.0599	-0.0478	0.0261	-0.1683	0.1069	0.0136	0.1033	0.2011	-0.0969	0.0343	0.0824	-0.0271	0.0188	0.0241	-0.0017	0.0477	21.5641	-4.7241	45.4852
3	1.8395	0.2196	0.7294	1.0145	-0.3466	3.2764	-0.0215	0.4114	0.0284	-0.1319	0.0484	0.277	0.0517	-0.2	-0.0268	0.0217	-0.0255	-0.0295	0.3003	0.0321	0.149	8.8233	9.2119	6.5509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	39 - 383
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	38 - 383
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	38 - 383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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