[日本語] English
万見
- PDB-7zaw: GPC3-Unc5D octamer structure and role in cell migration -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zaw
タイトルGPC3-Unc5D octamer structure and role in cell migration
要素Glypican-3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Glycoprotein / Migration
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-dipeptidase inhibitor activity / mesonephric duct morphogenesis / body morphogenesis / cell proliferation involved in kidney development / regulation of protein localization to membrane / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD ...peptidyl-dipeptidase inhibitor activity / mesonephric duct morphogenesis / body morphogenesis / cell proliferation involved in kidney development / regulation of protein localization to membrane / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / cell proliferation involved in metanephros development / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / cell migration involved in gastrulation / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / negative regulation of growth / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / coronary vasculature development / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of smoothened signaling pathway / embryonic hindlimb morphogenesis / regulation of canonical Wnt signaling pathway / anterior/posterior axis specification / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / branching involved in ureteric bud morphogenesis / smoothened signaling pathway / bone mineralization / RSV-host interactions / positive regulation of endocytosis / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / anatomical structure morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / Retinoid metabolism and transport / side of membrane / negative regulation of smoothened signaling pathway / lysosomal lumen / osteoclast differentiation / epithelial cell proliferation / positive regulation of D-glucose import / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / lung development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of protein catabolic process / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell migration / collagen-containing extracellular matrix / Attachment and Entry / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glypican, conserved site / Glypicans signature. / Glypican / Glypican
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Akkermans, O. / Delloye-Bourgeois, C. / Peregrina, C. / Carrasquero, M. / Kokolaki, M. / Berbeira-Santana, M. / Chavent, M. / Reynaud, F. / Ritu, R. / Agirre, J. ...Akkermans, O. / Delloye-Bourgeois, C. / Peregrina, C. / Carrasquero, M. / Kokolaki, M. / Berbeira-Santana, M. / Chavent, M. / Reynaud, F. / Ritu, R. / Agirre, J. / Aksu, M. / White, E. / Lowe, E. / Ben Amar, D. / Zaballa, S. / Huo, J. / Pakos, I. / McCubbin, P. / Comoletti, D. / Owens, R. / Robinson, C. / Castellani, V. / del Toro, D. / Seiradake, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust202827/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: GPC3-Unc5 receptor complex structure and role in cell migration.
著者: Akkermans, O. / Delloye-Bourgeois, C. / Peregrina, C. / Carrasquero-Ordaz, M. / Kokolaki, M. / Berbeira-Santana, M. / Chavent, M. / Reynaud, F. / Raj, R. / Agirre, J. / Aksu, M. / White, E.S. ...著者: Akkermans, O. / Delloye-Bourgeois, C. / Peregrina, C. / Carrasquero-Ordaz, M. / Kokolaki, M. / Berbeira-Santana, M. / Chavent, M. / Reynaud, F. / Raj, R. / Agirre, J. / Aksu, M. / White, E.S. / Lowe, E. / Ben Amar, D. / Zaballa, S. / Huo, J. / Pakos, I. / McCubbin, P.T.N. / Comoletti, D. / Owens, R.J. / Robinson, C.V. / Castellani, V. / Del Toro, D. / Seiradake, E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2022年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glypican-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8263
ポリマ－53,3841
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.190, 100.190, 90.186
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Glypican-3 / GTR2-2 / Intestinal protein OCI-5 / MXR7


分子量: 53383.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPC3, OCI5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51654
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% ethylene glycol, 10% w/v PEG 8000, 0.1 M Tris/BICINE (pH 8.5) and 0.02 M of amino acids (L-Na-glutamate, alanine, glycine, lysine-HCl, and serine)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→86.86 Å / Num. obs: 16895 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.5 % / Biso Wilson estimate: 87.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1239 / CC1/2: 0.324 / Rpim(I) all: 1.39 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YWT

4ywt


解像度: 2.58→50.09 Å / SU ML: 0.5552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.5576
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 818 4.85 %
Rwork0.2302 16042 -
obs0.2329 16860 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→50.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 28 0 2864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00352912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67883933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0405458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6435394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.740.37551220.35622612X-RAY DIFFRACTION98.99
2.74-2.950.44861540.3572625X-RAY DIFFRACTION99.89
2.95-3.250.38091150.31532660X-RAY DIFFRACTION99.96
3.25-3.720.35351430.27012659X-RAY DIFFRACTION99.93
3.72-4.680.25551330.21312696X-RAY DIFFRACTION100
4.68-50.090.24451510.19472790X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.0789262058 Å / Origin y: -23.9386677376 Å / Origin z: 11.8014785731 Å
111213212223313233
T0.818257475334 Å20.0615209378506 Å2-0.039922496047 Å2-0.83969118456 Å2-0.00248050472335 Å2--0.591832218749 Å2
L3.26197361155 °2-3.990197851 °21.3850225706 °2-5.23242240651 °2-1.93121244437 °2--0.726101189782 °2
S-0.333783836443 Å °-0.377385236967 Å °-0.0497013788211 Å °0.371115289397 Å °0.40926492713 Å °0.215633045534 Å °-0.186824814298 Å °-0.178554187641 Å °-0.0704988733664 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る