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- PDB-7za3: GPC3-Unc5D octamer structure and role in cell migration -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7za3
タイトルGPC3-Unc5D octamer structure and role in cell migration
要素
  • Glypican-3グリピカン
  • Netrin receptor UNC5D
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / Cell migration (遊走) / Glycan-Glycan Interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-dipeptidase inhibitor activity / mesonephric duct morphogenesis / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / body morphogenesis / cell proliferation involved in kidney development / regulation of protein localization to membrane / netrin receptor activity / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway ...peptidyl-dipeptidase inhibitor activity / mesonephric duct morphogenesis / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / body morphogenesis / cell proliferation involved in kidney development / regulation of protein localization to membrane / netrin receptor activity / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / Retinoid metabolism and transport / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / cell proliferation involved in metanephros development / cell migration involved in gastrulation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / regulation of neuron migration / negative regulation of growth / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / pyramidal neuron differentiation / positive regulation of BMP signaling pathway / coronary vasculature development / positive regulation of smoothened signaling pathway / embryonic hindlimb morphogenesis / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of growth / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior axis specification / smoothened signaling pathway / branching involved in ureteric bud morphogenesis / bone mineralization / positive regulation of endocytosis / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of smoothened signaling pathway / side of membrane / osteoclast differentiation / epithelial cell proliferation / kidney development / 軸索誘導 / positive regulation of glucose import / response to bacterium / animal organ morphogenesis / lung development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Golgi lumen / positive regulation of protein catabolic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of epithelial cell proliferation / 遊走 / collagen-containing extracellular matrix / リソソーム / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / 細胞膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
UNC5D, Death domain / Glypican, conserved site / Glypicans signature. / UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / グリピカン / グリピカン / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain ...UNC5D, Death domain / Glypican, conserved site / Glypicans signature. / UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / グリピカン / グリピカン / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Netrin receptor UNC5D / Glypican-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Akkermans, O. / Delloye-Bourgeois, C. / Peregrina, C. / Carrasquero, M. / Kokolaki, M. / Berbeira-Santana, M. / Chavent, M. / Reynaud, F. / Ritu, R. / Agirre, J. ...Akkermans, O. / Delloye-Bourgeois, C. / Peregrina, C. / Carrasquero, M. / Kokolaki, M. / Berbeira-Santana, M. / Chavent, M. / Reynaud, F. / Ritu, R. / Agirre, J. / Aksu, M. / White, E. / Lowe, E. / Ben Amar, D. / Zaballa, S. / Huo, J. / Pakos, I. / McCubbin, P. / Comoletti, D. / Owens, R. / Robinson, C. / Castellani, V. / del Toro, D. / Seiradake, E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust202827/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: GPC3-Unc5 receptor complex structure and role in cell migration.
著者: Akkermans, O. / Delloye-Bourgeois, C. / Peregrina, C. / Carrasquero-Ordaz, M. / Kokolaki, M. / Berbeira-Santana, M. / Chavent, M. / Reynaud, F. / Raj, R. / Agirre, J. / Aksu, M. / White, E.S. ...著者: Akkermans, O. / Delloye-Bourgeois, C. / Peregrina, C. / Carrasquero-Ordaz, M. / Kokolaki, M. / Berbeira-Santana, M. / Chavent, M. / Reynaud, F. / Raj, R. / Agirre, J. / Aksu, M. / White, E.S. / Lowe, E. / Ben Amar, D. / Zaballa, S. / Huo, J. / Pakos, I. / McCubbin, P.T.N. / Comoletti, D. / Owens, R.J. / Robinson, C.V. / Castellani, V. / Del Toro, D. / Seiradake, E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glypican-3
B: Glypican-3
C: Glypican-3
D: Glypican-3
E: Netrin receptor UNC5D
F: Netrin receptor UNC5D
G: Netrin receptor UNC5D
H: Netrin receptor UNC5D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,38826
ポリマ－334,3268
非ポリマー4,06218
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Native mass spectrometry Molecular dynamics Mutational analysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.577, 119.577, 257.936
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Glypican-3 / グリピカン


分子量: 53323.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gpc3 / プラスミド: pHl-sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTi- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8CFZ4
#2: タンパク質
Netrin receptor UNC5D / Protein unc-5 homolog D


分子量: 30257.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Unc5d / プラスミド: pHl-sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTi- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F1LW30
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8
詳細: 0.1M Tris (pH 7.8) 5% w/v gamma-PGA, 20% w/vPEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→80.878 Å / Num. obs: 26038 / % possible obs: 73.8 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 269.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 4→4.227 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1287 / CC1/2: 0.761

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FTT, GPC3

5ftt


解像度: 4→80.878 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.861 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 457.993 / SU ML: 2.334 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.53 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3846 1333 5.119 %
Rwork0.3553 24705 -
all0.357 --
obs-26038 74.8 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 301.314 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.071 Å21.036 Å2-0 Å2
2--2.071 Å20 Å2
3----6.719 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→80.878 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19188 0 257 0 19445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01319883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01518735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.65826919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4851.59343163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.90752384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.39822.5281060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.758153504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.20815132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.22609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0222251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.24161
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2090.218175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.29386
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.211382
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1630.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.7150.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.5590.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.5080.211
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.3240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.80621.3519608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.80721.3519607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it18.85232.01211968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other18.85232.01111969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.14121.71910275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.14121.71810276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it15.02732.44914951
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.02632.44914952
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it39.988404.23879229
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other39.988404.23579230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4-4.1040.415440.458646X-RAY DIFFRACTION26.9637
4.104-4.2170.383280.444748X-RAY DIFFRACTION31.1272
4.217-4.3390.475500.454843X-RAY DIFFRACTION36.4341
4.339-4.4720.386410.443971X-RAY DIFFRACTION43.1741
4.472-4.6180.472640.4581151X-RAY DIFFRACTION51.9453
4.618-4.780.464700.4721313X-RAY DIFFRACTION62.6927
4.78-4.960.48910.4461745X-RAY DIFFRACTION84.9607
4.96-5.1620.404920.3911960X-RAY DIFFRACTION100
5.162-5.3910.4571120.3641852X-RAY DIFFRACTION100
5.391-5.6530.414520.3421866X-RAY DIFFRACTION100
5.653-5.9580.4491140.3771668X-RAY DIFFRACTION100
5.958-6.3180.4551200.3861597X-RAY DIFFRACTION100
6.318-6.7530.423660.4221525X-RAY DIFFRACTION100
6.753-7.2910.425840.4171402X-RAY DIFFRACTION100
7.291-7.9830.473780.3611300X-RAY DIFFRACTION100
7.983-8.9190.474400.3081173X-RAY DIFFRACTION100
8.919-10.2860.257580.2831039X-RAY DIFFRACTION100
10.286-12.5660.339550.252873X-RAY DIFFRACTION99.8924
12.566-17.6420.299610.26665X-RAY DIFFRACTION100
17.642-80.8780.302130.531368X-RAY DIFFRACTION94.5409
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.74-2.43083.14584.8433-3.48475.34690.35840.06210.64130.3809-0.4769-0.2183-0.79570.75130.11840.847-0.58190.45210.5121-0.48170.728238.571517.26558.9965
27.7505-1.38456.73742.5157-3.352710.0158-0.5717-0.55050.3276-0.20260.5086-0.2874-1.65420.16250.06312.2826-0.34380.22350.7449-0.62061.181556.15368.1448-36.9798
33.3595-0.0662-2.27771.0530.56558.8643-0.3754-0.1713-1.1542-0.161-0.24990.05250.73290.13120.62530.23320.0126-0.13410.11970.23871.159939.699-44.9116-4.7729
44.6614-0.4673-4.14232.08990.11917.1064-0.0020.1626-0.3061-0.1737-0.47110.73720.0109-1.05270.47320.2353-0.0918-0.23580.4931-0.00141.27811.0759-22.8768-22.4749
57.14623.1399-1.24844.86350.43281.8560.5426-1.26211.3445-0.0005-0.4391-0.0498-0.63580.5291-0.10350.2311-0.2885-0.03521.20330.5531.046957.3994-7.8716-7.5768
62.34683.3158-0.77813.7755-0.221.09410.198-0.01040.485-0.5554-0.0942-0.4751-0.2150.1099-0.10380.74340.1397-0.40270.8747-0.19220.741923.959111.5676-20.3987
75.55173.4155-1.68915.4569-0.84222.0282-0.3938-0.1649-0.8181-0.56050.36430.07150.3266-0.43010.02950.4832-0.0445-0.34680.725-0.01430.559416.6084-18.26195.7014
84.42392.4713-0.36778.29852.18583.00920.00930.0723-0.9037-0.1761-0.35960.66330.58030.26210.35030.56970.0202-0.12770.55080.3250.792235.8166-29.2202-33.4806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA61 - 476
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB61 - 476
3X-RAY DIFFRACTION2ALLB477
4X-RAY DIFFRACTION3ALLC61 - 476
5X-RAY DIFFRACTION3ALLC477
6X-RAY DIFFRACTION4ALLD61 - 476
7X-RAY DIFFRACTION4ALLD477
8X-RAY DIFFRACTION5ALLE51 - 301
9X-RAY DIFFRACTION5ALLE303
10X-RAY DIFFRACTION5ALLE304
11X-RAY DIFFRACTION6ALLF51 - 301
12X-RAY DIFFRACTION6ALLF302
13X-RAY DIFFRACTION6ALLF303
14X-RAY DIFFRACTION7ALLG51 - 301
15X-RAY DIFFRACTION7ALLG302
16X-RAY DIFFRACTION7ALLG303
17X-RAY DIFFRACTION8ALLH51 - 301
18X-RAY DIFFRACTION8ALLH302
19X-RAY DIFFRACTION8ALLH303

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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