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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z4o | ||||||
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タイトル | Influenza A/H7N9 polymerase core dimer with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2A | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / Influenza RNA-dependent RNA polymerase / transcription / cap-snatching / Pol II CTD | ||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cusack, S. / Pflug, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Type B and type A influenza polymerases have evolved distinct binding interfaces to recruit the RNA polymerase II CTD. 著者: Krischuns, T. / Isel, C. / Drncova, P. / Lukarska, M. / Pflug, A. / Paisant, S. / Navratil, V. / Cusack, S. / Naffakh, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 536.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 537.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 559.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 79.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 108.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7z42C ![]() 7z43C ![]() 6tu5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 AAADDDBBBEEECCCFFF
#1: タンパク質 | 分子量: 59383.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PA subunit residues 201-716 only i.e. excluding the endonuclease 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9) / 遺伝子: PA / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: M9TI86, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 86496.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PB2 subunit residues 1-127 only 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/Anhui/1-BALF_RG43/2013(H7N9) / 遺伝子: PB1 / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 17453.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PB2 subunit residues 1-127 only 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9) / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: ![]() |
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-タンパク質・ペプチド / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 6分子 JJJKKKUUUVVV

#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3216.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Four repeats of the Pol II CTD heptad with pSer5. / 由来: (合成) ![]() #5: RNA鎖 | 分子量: 3883.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA 5' hook 由来: (合成) ![]() ![]() #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Tris pH 7.0, 13 % PEG 8K, 0.2 M MgCl2, 0.1 M guanidine hydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.41→49.211 Å / Num. obs: 37875 / % possible obs: 73.3 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.283 / Rrim(I) all: 0.306 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.41→3.57 Å / Rmerge(I) obs: 1.873 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1852 / CC1/2: 0.696 / Rrim(I) all: 1.946 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6TU5 解像度: 3.412→49.211 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / SU B: 39.215 / SU ML: 0.572 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.782 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 86.143 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.412→49.211 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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