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万見
- PDB-7z43: Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z43
タイトルInfluenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 1B and 2B
要素
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
  • SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Influenza RNA-dependent RNA polymerase / transcription / cap-snatching / Pol II CTD
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IC5 / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.123 Å
データ登録者Cusack, S. / Drncova, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0028 フランス
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: Type B and type A influenza polymerases have evolved distinct binding interfaces to recruit the RNA polymerase II CTD.
著者: Krischuns, T. / Isel, C. / Drncova, P. / Lukarska, M. / Pflug, A. / Paisant, S. / Navratil, V. / Cusack, S. / Naffakh, N.
履歴
登録2022年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Polymerase acidic protein
BBB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
CCC: Polymerase basic protein 2
RRR: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
VVV: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
MaM: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*CP*A)-3')
XXX: SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO
YYY: SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,11410
ポリマ－283,5608
非ポリマー5532
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)200.819, 200.819, 257.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 AAABBBCCC

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 85822.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag C-terminal linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q5V8Z9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86207.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal linker C-terminal linker and TEV protease site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Y6, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 90844.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal linker C-terminal STREP-tag and TEV protease site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8X3

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 RRRVVVMaM

#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')


分子量: 5584.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA template
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4557.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5' vRNA hook
由来: (合成) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
#6: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*CP*A)-3')


分子量: 4110.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Capped RNA primer / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 XXXYYY

#7: タンパク質・ペプチド SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP-PRO


分子量: 3216.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Four repeats of Pol II CTD heptad with pSer5 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 化合物 ChemComp-IC5 / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-二りん酸


分子量: 458.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 200 mM di-ammonium phosphate, and 100 mM sodium acetate at pH 4.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→76.972 Å / Num. obs: 77848 / % possible obs: 73.1 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.12→3.32 Å / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3951 / CC1/2: 0.536 / Rrim(I) all: 1.49

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MSG

5msg


解像度: 3.123→76.972 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 25.401 / SU ML: 0.388 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 17.94 / ESU R Free: 0.48 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 3951 5.075 %
Rwork0.2396 73897 -
all0.241 --
obs-77848 73.077 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 108.854 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.025 Å2-0.012 Å2-0 Å2
2---0.025 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.123→76.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17684 745 34 1 18464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01318890
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01517781
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.2310.011193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1711.65425635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9931.58441091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.79552216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.6822.492927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg6.123102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.411153388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.19615119
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.22521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0220580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1590.23440
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1460.216267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1510.28652
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.28966
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0570.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1220.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1430.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.16511.5998885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.16511.5998884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.78517.39411094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.78517.39411095
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72811.6810005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.72811.6810002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.20817.43214541
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.20817.43114536
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.33213821409
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.332138.00421410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.123-3.2040.398540.3691087X-RAY DIFFRACTION14.5815
3.204-3.2920.3311130.3631901X-RAY DIFFRACTION26.4895
3.292-3.3870.3281320.3572456X-RAY DIFFRACTION35.1439
3.387-3.4910.3461430.3523064X-RAY DIFFRACTION44.5355
3.491-3.6060.3542010.343530X-RAY DIFFRACTION53.3839
3.606-3.7320.3182010.3224178X-RAY DIFFRACTION64.826
3.732-3.8730.3342910.315350X-RAY DIFFRACTION86.8113
3.873-4.0310.3553160.2985908X-RAY DIFFRACTION99.061
4.031-4.210.33160.2735680X-RAY DIFFRACTION99.4856
4.21-4.4160.2793090.2525386X-RAY DIFFRACTION98.5124
4.416-4.6540.2882940.2415119X-RAY DIFFRACTION98.3645
4.654-4.9360.2512300.2244803X-RAY DIFFRACTION97.4066
4.936-5.2770.272210.2254461X-RAY DIFFRACTION94.6624
5.277-5.6990.2712200.2274206X-RAY DIFFRACTION96.849
5.699-6.2430.262130.2163987X-RAY DIFFRACTION99.5969
6.243-6.9780.2762110.2113606X-RAY DIFFRACTION99.2202
6.978-8.0560.1861650.183187X-RAY DIFFRACTION98.5303
8.056-9.8610.1811490.1562664X-RAY DIFFRACTION96.6667
9.861-13.9230.1841050.1592089X-RAY DIFFRACTION96.482
13.923-76.9720.373670.3021235X-RAY DIFFRACTION97.0194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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