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万見
- PDB-7z3w: Crystal structure of the AAL160 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z3w
タイトルCrystal structure of the AAL160 Fab
要素
  • AAL160 Fab heavy-chain
  • AAL160 Fab light-chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody
機能・相同性Chem-ETE
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rondeau, J.M. / Lehmann, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: "Redirecting an anti-IL-1 beta antibody to bind a new, unrelated and computationally predicted epitope on hIL-17A".
著者: Fischman, S. / Levin, I. / Rondeau, J.M. / Strajbl, M. / Lehmann, S. / Huber, T. / Nimrod, G. / Cebe, R. / Omer, D. / Kovarik, J. / Bernstein, S. / Sasson, Y. / Demishtein, A. / Shlamkovich, ...著者: Fischman, S. / Levin, I. / Rondeau, J.M. / Strajbl, M. / Lehmann, S. / Huber, T. / Nimrod, G. / Cebe, R. / Omer, D. / Kovarik, J. / Bernstein, S. / Sasson, Y. / Demishtein, A. / Shlamkovich, T. / Bluvshtein, O. / Grossman, N. / Barak-Fuchs, R. / Zhenin, M. / Fastman, Y. / Twito, S. / Vana, T. / Zur, N. / Ofran, Y.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: AAL160 Fab heavy-chain
L: AAL160 Fab light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1869
ポリマ－47,7282
非ポリマー1,4587
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.173, 89.832, 123.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 AAL160 Fab heavy-chain


分子量: 24228.166 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab heavy-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 AAL160 Fab light-chain


分子量: 23500.119 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab light-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1M CHES pH 9.5, 50% (w/v) PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.7998 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月18日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28 Å / Num. obs: 47440 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.34 % / Biso Wilson estimate: 35.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.891 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.070.38146700.671100
2.07-2.150.26846500.6991100
2.15-2.250.20546670.727199.9
2.25-2.370.17247120.769199.9
2.37-2.520.14746590.794199.9
2.52-2.710.11247310.8761100
2.71-2.990.07647210.9831100
2.99-3.420.04947531.112199.9
3.42-4.30.03547921.072199.6
4.3-280.03350030.876199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20001.96.1データ削減
SCALEPACK1.96.1データスケーリング
AMoRE3.4位相決定
BUSTER2.11.8精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MIM.PDB

1mim


解像度: 2→16.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 4778 10.07 %RANDOM
Rwork0.1957 ---
obs0.1979 47440 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 88.28 Å2 / Biso mean: 37.5 Å2 / Biso min: 23.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6312 Å20 Å20 Å2
2---4.7977 Å20 Å2
3---4.1665 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→16.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3271 0 98 317 3686
Biso mean--61.29 47.18 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1180SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes556HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3447HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion444SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2894SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3447HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4653HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.72
LS精密化 シェル解像度: 2→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 99 10.43 %
Rwork0.2195 850 -
all0.221 949 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6706-0.4031-0.32160.75960.48110.682-0.0527-0.0230.0977-0.04330.0735-0.02290.1093-0.0502-0.0208-0.0341-0.0311-0.0054-0.03110.0213-0.014211.423351.941656.2875
20.5051-0.2843-0.36510.20240.25531.6935-0.0557-0.0907-0.01340.06870.0315-0.02710.16940.09830.02430.0042-0.0176-0.0076-0.05410.0157-0.041716.098437.00564.7283
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|* }H1 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2{ L|* }L1 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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