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- PDB-7z32: Escherichia coli periplasmic phytase AppA D304A mutant, phosphohi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z32
タイトルEscherichia coli periplasmic phytase AppA D304A mutant, phosphohistidine intermediate
要素Acidphosphatase
キーワードHYDROLASE / histidine acid phosphatase / phytase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-phytase / inositol hexakisphosphate 4-phosphatase activity / sugar-phosphatase activity / acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Histidine acid phosphatases active site signature. / : / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Acidphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Acquistapace, I.M. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M022978/1 英国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Insights to the Structural Basis for the Stereospecificity of the Escherichia coli Phytase, AppA.
著者: Acquistapace, I.M. / Thompson, E.J. / Kuhn, I. / Bedford, M.R. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2022年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9812
ポリマ－44,9231
非ポリマー591
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.750, 47.960, 65.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Acidphosphatase / AppA family phytase/histidine-type acid phosphatase / AppA_2 protein / Bifunctional acid ...AppA family phytase/histidine-type acid phosphatase / AppA_2 protein / Bifunctional acid phosphatase/4-phytase / Hypothetical protein / Periplasmic AppA protein / Periplasmic AppA protein [includes: phosphoanhydrid phosphohydrolase and 4-phytase] / Phosphoanhydride phosphohydrolase (pH 2.5 acid phosphatase) (AP) / 4- phytase / Phosphoanhydride phosphorylase / Phytase AppA


分子量: 44922.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: appA, appA_1, appA_2, A8C65_14190, ABE90_015325, ACN81_22175, ACU57_13335, AM464_22895, AML23_15750, AT845_000200, B7C15_002169, BANRA_01347, BANRA_01497, BANRA_01938, BANRA_04663, BHS87_ ...遺伝子: appA, appA_1, appA_2, A8C65_14190, ABE90_015325, ACN81_22175, ACU57_13335, AM464_22895, AML23_15750, AT845_000200, B7C15_002169, BANRA_01347, BANRA_01497, BANRA_01938, BANRA_04663, BHS87_05220, BJI68_21075, BJJ90_16615, BO068_002094, BON73_13465, BON93_08495, BON98_05845, BTQ06_12390, BUE81_23535, BvCms2454_01079, BvCmsHHP019_04940, BvCmsHHP056_02151, BvCmsKKP061_02619, BvCmsKSNP073_03019, BvCmsKSP011_04200, BvCmsKSP067_04712, C2U48_04610, C3F40_07155, C5F72_16390, C5N07_03615, C5Y87_10555, C6N50_004791, C7B02_01415, C9160_17160, CA593_23620, CG831_002343, D0X26_04185, D3O91_18420, D3Y67_02885, D5H22_11490, D9D77_12200, D9J11_05545, DAH34_01475, DAH37_00935, DEN89_03775, DEN95_10355, DIV22_11465, DM968_16120, DRW19_20065, DTL43_09820, DXT71_05565, DXT73_09385, E2119_16940, E2135_21350, E4K51_09405, E4K54_00245, EAI46_03420, EC1094V2_2850, EC95NR1_05304, EGC08_19360, EI041_12345, EIZ93_00240, ERS139208_02859, ETECE36_03929, ETECE925_02991, F2N31_24545, F9400_05360, F9407_14150, F9V24_04715, F9X20_013415, F9X20_13515, FDM60_03565, FOI11_008030, FOI11_12015, FQE77_13130, FQF29_10640, FV293_21365, G4A38_18295, G5632_05905, G7635_003041, GBE29_03585, GF646_03565, GKF89_10795, GKG12_05120, GP662_14105, GQE64_05300, GQE87_11110, GQM04_09625, GQM06_15635, GRQ19_09290, GRW05_05690, GRW57_05130, GRW80_07395, GRW81_11950, H4P50_16180, H4P51_16030, HJN04_004452, HJO75_001864, HMS79_12845, HMV95_15325, HNC36_01680, HNC52_01435, HPE39_08845, HVV53_00565, HVY77_16815, HVZ33_15560, HX136_16165, HZ71_004423, I6H02_23730, NCTC11022_00303, NCTC11181_00321, NCTC13216_03584, NCTC8008_02712, NCTC8960_00665, NCTC9048_03264, NCTC9706_00521, NCTC9962_02002, SAMEA3472044_00046, SAMEA3472064_00229, SAMEA3472080_00519, SAMEA3484427_04507, SAMEA3484429_04453, SAMEA3751407_00914, SAMEA3752386_03823, SAMEA3752557_01451, SAMEA3753300_02779, WP2S18E08_29460, WQ89_13085, WR15_11565
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle Express T7 / 参照: UniProt: G0ZGJ8, 4-phytase, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 18 % w/v PEG 8000, 200 mM calcium acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→38.54 Å / Num. obs: 32709 / % possible obs: 97.12 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 16.31 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 10.04
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 3234 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.407

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DKL

1dkl


解像度: 1.85→38.54 Å / SU ML: 0.2122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5347
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2244 1676 5.12 %
Rwork0.163 31031 -
obs0.1662 32707 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3155 0 1 399 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00743223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86514400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5302440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.30081480.242546X-RAY DIFFRACTION97.01
1.9-1.970.31231370.2162542X-RAY DIFFRACTION97.24
1.97-2.040.27421190.19882594X-RAY DIFFRACTION96.75
2.04-2.120.27831570.19052523X-RAY DIFFRACTION96.51
2.12-2.210.27521640.17792544X-RAY DIFFRACTION96.34
2.21-2.330.25651380.16552538X-RAY DIFFRACTION96.4
2.33-2.480.23331490.15612558X-RAY DIFFRACTION96.47
2.48-2.670.23951170.14932587X-RAY DIFFRACTION96.16
2.67-2.940.19191180.1472606X-RAY DIFFRACTION97.81
2.94-3.360.18651230.14192653X-RAY DIFFRACTION98.37
3.36-4.230.18361460.13592641X-RAY DIFFRACTION98.34
4.24-38.540.19721600.16522699X-RAY DIFFRACTION98.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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