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- PDB-7z1q: X-ray crystal structure of SLPYL1-E151D mutant with NIO molecules -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z1q
タイトルX-ray crystal structure of SLPYL1-E151D mutant with NIO molecules
要素SlPYL1-E151D
キーワードPLANT PROTEIN / SLPYL1 / ABA receptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINIC ACID / Abscisic acid receptor PYL1
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.683 Å
データ登録者Infantes, L. / Albert, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-119805RB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Modulation of the Ligand Sensitivity of a Tomato Dimeric Abscisic Acid Receptor Through a Glu to Asp Mutation in the Latch Loop.
著者: Infantes, L. / Rivera-Moreno, M. / Daniel-Mozo, M. / Benavente, J.L. / Ocana-Cuesta, J. / Coego, A. / Lozano-Juste, J. / Rodriguez, P.L. / Albert, A.
履歴
登録2022年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SlPYL1-E151D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2516
ポリマ－25,7241
非ポリマー5265
水1,78399
1
A: SlPYL1-E151D
ヘテロ分子

A: SlPYL1-E151D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,50212
ポリマ－51,4492
非ポリマー1,05310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.160, 87.160, 55.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 SlPYL1-E151D


分子量: 25724.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: 101268417 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q7HTY9
#2: 化合物 ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID


分子量: 123.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium sulfate 1.8M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Synchrotron / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.683→44.6 Å / Num. obs: 27741 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 29.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04322 / Rpim(I) all: 0.01428 / Rrim(I) all: 0.04557 / Net I/σ(I): 31.29
反射 シェル解像度: 1.683→1.744 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.9637 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 2726 / CC1/2: 0.79 / CC star: 0.939 / Rpim(I) all: 0.3954 / Rrim(I) all: 1.045

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210205データ削減
XDSVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210205データスケーリング
PHENIX1.20_4459精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MOA

5moa


解像度: 1.683→44.6 Å / SU ML: 0.2467 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.9899
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 1431 5.16 %
Rwork0.1998 26296 -
obs0.2011 27727 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.683→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1506 0 35 99 1640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00651585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87322156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3539218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.683-1.740.49591120.392612X-RAY DIFFRACTION99.05
1.74-1.810.37071200.30652617X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.90.26081650.22932595X-RAY DIFFRACTION100
1.9-20.24731330.19652588X-RAY DIFFRACTION99.82
2-2.120.21751270.22912634X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.280.25821490.2112620X-RAY DIFFRACTION99.86
2.28-2.510.23231300.21912646X-RAY DIFFRACTION99.93
2.51-2.880.26311650.22122604X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.630.22551590.19482647X-RAY DIFFRACTION99.96
3.63-44.60.17381710.16562733X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.645937524430.1479360871470.1559817075363.058822700330.03806360168411.129221797740.0450038332263-0.08256077894040.1019179566140.01585811918580.02319226861280.2947635063-0.0289146926204-0.153726105748-0.0663730054490.2139139569540.0063875216729-0.01498931512210.2492412079640.03031489176930.205002297763-0.95972816038234.3595582243-1.15902712989
24.98944850101-2.148610935251.02311312223.300993364630.1309996828041.553327169870.4677739011690.359083623904-0.288207180947-1.03788038164-0.1793974028650.4448873654910.345263704933-0.0771849636676-0.2432707149030.432352255355-0.00414253737165-0.1095458632690.30024186063-0.02959461536910.268834602462.28407588419.4626844633-16.3033996758
32.370787439580.684445316265-0.2999793858412.825417788240.1368744717072.47302052852-0.0310580925526-0.00443513148767-0.154401552592-0.2120869243090.1417628794540.3397250383970.077866984752-0.101676753676-0.09962824207160.218967579393-0.000183438212277-0.07710101638670.2280277431730.01985849224270.282133468085-4.1980803042324.1188020121-9.17643249649
42.957656589111.2235743023-0.1950816962274.41290970951-1.217917120762.60422214845-0.0036291100523-0.189282021055-0.154198120453-0.03756200764570.076770413956-0.0217935622231-0.0707081056438-0.0253574031198-0.04041383194190.1866948386610.0216748755650.0006584198504670.2357775516220.01143119595410.1740338355190.17907539155934.2390038708-0.0599767947823
55.643616165041.78561340544-1.601303618387.25885828196-3.423722127985.341531701030.18083920452-0.4450482767610.06682206874770.224303072506-0.199379603684-0.300337038252-0.2072543832050.229730023420.05819145330160.2160108102890.0254975858638-0.03757486073710.209324319904-0.04619492627040.1940039588918.7160046941229.1586707384-0.844566644586
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 29 through 98 )29 - 981 - 70
22chain 'A' and (resid 99 through 126 )99 - 12671 - 98
33chain 'A' and (resid 127 through 157 )127 - 15799 - 129
44chain 'A' and (resid 158 through 189 )158 - 189130 - 161
55chain 'A' and (resid 190 through 219 )190 - 219162 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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