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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ymr | ||||||
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タイトル | Complex structure of lysoplasmalogen specific phopholipase D, F211L mutant with LPC | ||||||
![]() | Lysoplasmalogenase | ||||||
![]() | HYDROLASE / phospholipase D / lysoplasalogen / lysoPAF / LPC | ||||||
機能・相同性 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding / Chem-KIP / Lysoplasmalogenase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Sugimori, D. / Shirouzu, M. / Hamana, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the substrate specificity switching of lysoplasmalogen-specific phospholipase D from Thermocrispum sp. RD004668. 著者: Hamana, H. / Yasutake, Y. / Kato-Murayama, M. / Hosaka, T. / Shirouzu, M. / Sakasegawa, S.I. / Sugimori, D. / Murayama, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 260.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34418.059 Da / 分子数: 4 / 変異: F211L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lyspls / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-KIP / [( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Sodium Chloride, HEPES, Ammonium Sulfate, LPC |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→49.56 Å / Num. obs: 73238 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 29.6 % / Biso Wilson estimate: 81.2 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.75 Å / Num. unique obs: 4425 / CC1/2: 0.568 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2pz0 解像度: 2.69→48.38 Å / SU ML: 0.3814 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3518 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→48.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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